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- PDB-7jmk: GTP-specific succinyl-CoA synthetase complexed with Mg-GDP in spa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jmk
タイトルGTP-specific succinyl-CoA synthetase complexed with Mg-GDP in space group P32
要素
  • (Succinate--CoA ligase ...) x 2
  • Succinyl-CoA ligase [GDP-forming] subunit beta, mitochondrial
キーワードLIGASE / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


succinate-CoA ligase (GDP-forming) / succinate-CoA ligase (GDP-forming) activity / succinate-CoA ligase complex (ADP-forming) / Citric acid cycle (TCA cycle) / succinate-CoA ligase (ADP-forming) / succinate-CoA ligase complex / succinate-CoA ligase (ADP-forming) activity / succinyl-CoA metabolic process / tricarboxylic acid cycle / nucleotide binding ...succinate-CoA ligase (GDP-forming) / succinate-CoA ligase (GDP-forming) activity / succinate-CoA ligase complex (ADP-forming) / Citric acid cycle (TCA cycle) / succinate-CoA ligase (ADP-forming) / succinate-CoA ligase complex / succinate-CoA ligase (ADP-forming) activity / succinyl-CoA metabolic process / tricarboxylic acid cycle / nucleotide binding / GTP binding / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Succinate--CoA ligase [GDP-forming] subunit beta, mitochondrial / Succinyl-CoA ligase, alpha subunit / Succinate--CoA synthetase, beta subunit / ATP-grasp fold, succinyl-CoA synthetase-type / ATP-grasp domain / Succinyl-CoA synthetase domains / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, active site / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, conserved site / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family active site. / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family signature 1. ...Succinate--CoA ligase [GDP-forming] subunit beta, mitochondrial / Succinyl-CoA ligase, alpha subunit / Succinate--CoA synthetase, beta subunit / ATP-grasp fold, succinyl-CoA synthetase-type / ATP-grasp domain / Succinyl-CoA synthetase domains / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, active site / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, conserved site / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family active site. / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family signature 1. / Succinyl-CoA synthetase, beta subunit, conserved site / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family signature 3. / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase / CoA-ligase / CoA binding domain / Succinyl-CoA synthetase-like / CoA binding domain / CoA-binding / ATP-grasp fold, subdomain 1 / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Succinate--CoA ligase [ADP/GDP-forming] subunit alpha, mitochondrial / Succinate--CoA ligase [GDP-forming] subunit beta, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Huang, J. / Fraser, M.E.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)04815-2019 カナダ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2021
タイトル: Second distinct conformation of the phosphohistidine loop in succinyl-CoA synthetase
著者: Huang, J. / Fraser, M.E.
履歴
登録2020年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Succinate--CoA ligase [ADP/GDP-forming] subunit alpha, mitochondrial
B: Succinate--CoA ligase [GDP-forming] subunit beta, mitochondrial
C: Succinate--CoA ligase [ADP/GDP-forming] subunit alpha, mitochondrial
D: Succinyl-CoA ligase [GDP-forming] subunit beta, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,9956
ポリマ－149,5274
非ポリマー4682
水1,18966
1
A: Succinate--CoA ligase [ADP/GDP-forming] subunit alpha, mitochondrial
B: Succinate--CoA ligase [GDP-forming] subunit beta, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,1934
ポリマ－74,7262
非ポリマー4682
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5710 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area27750 Å2
手法PISA
2
C: Succinate--CoA ligase [ADP/GDP-forming] subunit alpha, mitochondrial
D: Succinyl-CoA ligase [GDP-forming] subunit beta, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8022
ポリマ－74,8022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3950 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area28190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.762, 99.762, 134.206
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 182 or resid 184 through 253 or resid 258 or resid 260 through 306))
21(chain C and (resid 2 through 182 or resid 184 through 264 or resid 270 through 306))
12(chain B and (resid 1 through 24 or resid 38...
22(chain D and (resid 1 through 58 or resid 64 through 331 or resid 333 through 393))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSERLEULEU(chain A and (resid 2 through 182 or resid 184 through 253 or resid 258 or resid 260 through 306))AA2 - 1821 - 181
121VALVALPROPRO(chain A and (resid 2 through 182 or resid 184 through 253 or resid 258 or resid 260 through 306))AA184 - 253183 - 252
131GLYGLYGLYGLY(chain A and (resid 2 through 182 or resid 184 through 253 or resid 258 or resid 260 through 306))AA258257
141ALAALALEULEU(chain A and (resid 2 through 182 or resid 184 through 253 or resid 258 or resid 260 through 306))AA260 - 306259 - 305
211SERSERLEULEU(chain C and (resid 2 through 182 or resid 184 through 264 or resid 270 through 306))CC2 - 1821 - 181
221VALVALILEILE(chain C and (resid 2 through 182 or resid 184 through 264 or resid 270 through 306))CC184 - 264183 - 263
231GLYGLYLEULEU(chain C and (resid 2 through 182 or resid 184 through 264 or resid 270 through 306))CC270 - 306269 - 305
112METMETVALVAL(chain B and (resid 1 through 24 or resid 38...BB1 - 241 - 24
122LEULEUGLUGLU(chain B and (resid 1 through 24 or resid 38...BB38 - 4238 - 42
132LYSLYSGLYGLY(chain B and (resid 1 through 24 or resid 38...BB46 - 5246 - 52
142LYSLYSGLYGLY(chain B and (resid 1 through 24 or resid 38...BB64 - 6564 - 65
152VALVALVALVAL(chain B and (resid 1 through 24 or resid 38...BB7575
162LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 1 through 24 or resid 38...BB8181
172GLYGLYASNASN(chain B and (resid 1 through 24 or resid 38...BB85 - 33185 - 331
182ALAALATHRTHR(chain B and (resid 1 through 24 or resid 38...BB333 - 393333 - 393
212METMETVALVAL(chain D and (resid 1 through 58 or resid 64 through 331 or resid 333 through 393))DD1 - 581 - 58
222LYSLYSASNASN(chain D and (resid 1 through 58 or resid 64 through 331 or resid 333 through 393))DD64 - 33164 - 331
232ALAALATHRTHR(chain D and (resid 1 through 58 or resid 64 through 331 or resid 333 through 393))DD333 - 393333 - 393

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
Succinate--CoA ligase ... , 2種, 3分子 ACB

#1: タンパク質 Succinate--CoA ligase [ADP/GDP-forming] subunit alpha, mitochondrial / Succinyl-CoA synthetase subunit alpha / SCS-alpha


分子量: 32089.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: SUCLG1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O19069, succinate-CoA ligase (GDP-forming), succinate-CoA ligase (ADP-forming)
#2: タンパク質 Succinate--CoA ligase [GDP-forming] subunit beta, mitochondrial / GTP-specific succinyl-CoA synthetase subunit beta / GTPSCS / Succinyl-CoA synthetase beta-G chain / SCS-betaG


分子量: 42635.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: SUCLG2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P53590, succinate-CoA ligase (GDP-forming)

-
タンパク質 , 1種, 1分子 D

#3: タンパク質 Succinyl-CoA ligase [GDP-forming] subunit beta, mitochondrial / GTP-specific succinyl-CoA synthetase subunit beta / Succinyl-CoA synthetase beta-G chain / SCS-betaG


分子量: 42711.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: SUCLG2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P53590, succinate-CoA ligase (GDP-forming)

-
非ポリマー , 3種, 68分子

#4: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.27 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.0 M sodium citrate, Tris-HCl pH 7.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→72.65 Å / Num. obs: 51719 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.528 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 2593 / CC1/2: 0.84 / Rpim(I) all: 0.259

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3885精密化
xia2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FP4

2fp4


解像度: 2.5→53 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 32.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2694 2676 5.19 %
Rwork0.2399 48918 -
obs0.2415 51594 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 276.97 Å2 / Biso mean: 99.9117 Å2 / Biso min: 37.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9955 0 87 66 10108
Biso mean--115.66 51.32 -
残基数----1327
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2701X-RAY DIFFRACTION9.166TORSIONAL
12C2701X-RAY DIFFRACTION9.166TORSIONAL
21B3190X-RAY DIFFRACTION9.166TORSIONAL
22D3190X-RAY DIFFRACTION9.166TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.550.35691560.36472523267998
2.55-2.590.37511510.354125472698100
2.59-2.650.37051520.342926052757100
2.65-2.70.34951660.336725552721100
2.71-2.770.34711320.33925732705100
2.77-2.840.30971660.328625402706100
2.84-2.910.3256800.321426092689100
2.91-30.33291320.308725952727100
3-3.10.3209950.296726472742100
3.1-3.210.32421320.279625832715100
3.21-3.340.2861680.273625702738100
3.34-3.490.31591500.267925482698100
3.49-3.670.28711630.237425512714100
3.67-3.90.28531250.231926062731100
3.9-4.20.22421420.212225702712100
4.2-4.620.22481400.205425942734100
4.62-5.290.23591420.196125772719100
5.29-6.660.24661370.229625812718100
6.67-530.22821470.18162544269199
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -9.1914 Å / Origin y: 18.052 Å / Origin z: 32.2748 Å
111213212223313233
T0.4247 Å20.0241 Å20.0539 Å2-0.3546 Å2-0.0298 Å2--0.4038 Å2
L2.203 °20.8719 °2-0.1306 °2-1.4944 °2-0.1219 °2--1.0089 °2
S0.1049 Å °0.332 Å °-0.0489 Å °0.2205 Å °-0.1318 Å °0.0214 Å °0.26 Å °0.0151 Å °0.047 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 306
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 401
3X-RAY DIFFRACTION1allC2 - 306
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 393
5X-RAY DIFFRACTION1allE1
6X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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