[日本語] English
万見
- PDB-7jlz: Crystal structure of 30S ribosomal A1408 methyltransferase from a... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jlz
タイトルCrystal structure of 30S ribosomal A1408 methyltransferase from an uncultured bacterium (UncKam)
要素16S rRNA methylase
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Ribosome methylation / Aminoglycoside resistance / A1408 methyltransferase
機能・相同性tRNA (guanine(46)-N7)-methyltransferase activity / tRNA (guanine-N-7) methyltransferase, Trmb type / Putative methyltransferase / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / 16S rRNA methylase
機能・相同性情報
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Nosrati, M. / Conn, G.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI088025 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Roles of conserved tryptophans in substrate recognition and catalysis by the aminoglycoside-resistance 16S rRNA (m1A1408) rRNA methyltransferases
著者: Nosrati, M. / Witek, M.A. / Dayne, W. / Zelinskaya, N. / Dunham, C.M. / Conn, G.L.
履歴
登録2020年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 16S rRNA methylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8846
ポリマ－24,4041
非ポリマー4805
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.370, 66.330, 133.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-405-

SO4

21A-609-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 16S rRNA methylase


分子量: 24403.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 遺伝子: ACD_24C00409G0003 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: K2DC64
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.96 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20-28% PEG 8000, 0.1M MES pH= 5.5-7.0, 0.2M Ammonium Sulfate
PH範囲: 5.5-7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→40.115 Å / Num. obs: 27763 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 44.1 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.08242 / Rpim(I) all: 0.02637 / Rrim(I) all: 0.08674 / Net I/σ(I): 13.55
反射 シェル解像度: 1.64→1.699 Å / 冗長度: 11.3 % / Num. unique obs: 2748 / CC1/2: 0.655 / CC star: 0.89 / Rpim(I) all: 0.6601 / % possible all: 99.78

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Swiss Model using 3MTE as template

3mte


解像度: 1.64→40.11 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2242 1999 7.2 %
Rwork0.1962 25748 -
obs0.1982 27747 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 127.68 Å2 / Biso mean: 43.7607 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.64→40.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1619 0 25 126 1770
Biso mean--91.31 50.09 -
残基数----204
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061681
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8032274
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055261
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006278
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3851022
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.64-1.6810.36071440.36481850
1.681-1.72640.39481390.35911803
1.7264-1.77720.32731400.3151787
1.7772-1.83460.37211410.28821815
1.8346-1.90010.30981420.25071829
1.9001-1.97620.27691420.22861827
1.9762-2.06620.271410.21441820
2.0662-2.17510.25771420.22191818
2.1751-2.31130.24311420.20031831
2.3113-2.48980.24531420.20441829
2.4898-2.74030.24021430.20761841
2.7403-3.13670.26081440.2041857
3.1367-3.95130.21981450.16511875
3.9513-40.110.15911520.16991966
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 66.6419 Å / Origin y: 70.3601 Å / Origin z: 16.9206 Å
111213212223313233
T0.2242 Å20.0138 Å2-0.0233 Å2-0.148 Å2-0.0301 Å2--0.2146 Å2
L2.1631 °2-1.2043 °20.3574 °2-2.1439 °2-0.2296 °2--2.7236 °2
S-0.1056 Å °-0.0725 Å °0.0169 Å °-0.1154 Å °0.0553 Å °0.1123 Å °-0.224 Å °-0.0982 Å °0.035 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 212
2X-RAY DIFFRACTION1allA401
3X-RAY DIFFRACTION1allA501 - 801
4X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 126

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る