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- PDB-7jlm: Crystal structure of Bacillus subtilis UppS in complex with MAC-0... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jlm
タイトルCrystal structure of Bacillus subtilis UppS in complex with MAC-0547630
要素Isoprenyl transferase
キーワードTRANSFERASE / undecaprenyl / cis-prenyltransferase / carrier lipid / MAC-0547630
機能・相同性
機能・相同性情報


di-trans,poly-cis-undecaprenyl-diphosphate synthase activity / Z-farnesyl diphosphate synthase activity / polyprenol biosynthetic process / polyprenyltransferase activity / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / manganese ion binding / magnesium ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase-like, conserved site / Undecaprenyl pyrophosphate synthase family signature. / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Putative undecaprenyl diphosphate synthase / Decaprenyl diphosphate synthase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Chem-V07 / Isoprenyl transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Workman, S.D. / Strynadka, N.C.J.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural Insights into the Inhibition of Undecaprenyl Pyrophosphate Synthase from Gram-Positive Bacteria.
著者: Workman, S.D. / Day, J. / Farha, M.A. / El Zahed, S.S. / Bon, C. / Brown, E.D. / Organ, M.G. / Strynadka, N.C.J.
履歴
登録2020年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年10月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoprenyl transferase
B: Isoprenyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6616
ポリマ－59,6282
非ポリマー1,0334
水1,44180
1
A: Isoprenyl transferase
ヘテロ分子

A: Isoprenyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6616
ポリマ－59,6282
非ポリマー1,0334
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area4380 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area20530 Å2
手法PISA
2
B: Isoprenyl transferase
ヘテロ分子

B: Isoprenyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6616
ポリマ－59,6282
非ポリマー1,0334
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area21180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.724, 87.400, 159.024
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 Isoprenyl transferase / Undecaprenyl pyrophosphate synthase


分子量: 29814.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌)
遺伝子: uppS, A3772_08985, B4122_2664, B4417_3501, BS16045_01759, ETA10_09020, ETK61_09295, GII79_08795, SC09_Contig19orf01203
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A063XDJ9, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-V07 / 7-(azepan-1-yl)-3-(4-fluorophenyl)-5-methylpyrazolo[1,5-a]pyrimidine / MAC-0547630


分子量: 324.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H21FN4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.75 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG 3000, NaCitrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→79.51 Å / Num. obs: 26950 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 16.1 / Num. measured all: 637138 / Scaling rejects: 61
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.3-2.3823.50.986119626000.9530.2051.0023.1100
8.91-79.5121.20.0441128053210.010.04560.499.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
Aimless0.6.2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7JLI

7jli


解像度: 2.3→79.51 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 33.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 1374 5.12 %
Rwork0.1945 25458 -
obs0.1973 26832 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 169.44 Å2 / Biso mean: 73.0344 Å2 / Biso min: 29.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→79.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3810 0 74 80 3964
Biso mean--75.35 63.52 -
残基数----472
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.380.4159960.34125442640100
2.38-2.480.30391100.30682514262499
2.48-2.590.34361360.26725182654100
2.59-2.730.32111510.25962483263499
2.73-2.90.30131410.251725332674100
2.9-3.120.32811280.243525392667100
3.12-3.440.29781360.229725502686100
3.44-3.930.26411520.184925392691100
3.93-4.950.20921810.145125392720100
4.96-79.510.18751430.154126992842100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.34022.27731.20084.38220.31276.97750.0235-0.25930.21370.4453-0.13970.4192-0.9065-0.26940.1120.5280.12730.06950.7787-0.06130.3126-7.8879-4.4998-24.3456
27.4683-0.276-1.82116.1847-0.53026.38080.2035-0.2643-0.15981.0545-0.36280.2590.0428-0.46010.13580.6391-0.09550.0820.93990.00550.3317-10.5824-16.9909-16.681
30.7255-0.8099-0.20897.47940.82412.5056-0.1081-0.0001-0.00370.44780.05940.423-0.1514-0.39750.06070.28970.01870.00170.9131-0.02240.3021-6.4436-15.7285-35.8232
43.53913.0346-0.99476.8147-3.66616.9559-0.19290.4241-0.2292-0.15320.0237-0.23440.24760.39580.13630.60070.07250.04280.6256-0.06470.330437.0882-6.1795-16.4044
54.9712-1.70751.37988.732-0.5257.0865-0.3931.1612-0.0273-0.20720.17350.05980.5582-0.21060.2380.6566-0.20550.05880.9377-0.12680.338224.5884-8.2869-24.2511
63.5334-0.0212-0.29920.80230.01642.6817-0.08850.4798-0.28910.1098-0.0479-0.06390.21350.20710.15710.70640.00340.01160.3841-0.00830.293325.7684-5.962-4.6804
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 20 through 92 )A20 - 92
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 93 through 160 )A93 - 160
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 161 through 255 )A161 - 255
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 20 through 92 )B20 - 92
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 93 through 160 )B93 - 160
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 161 through 255 )B161 - 255

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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