+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7jli | |||||||||
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Title | Crystal structure of Bacillus subtilis UppS | |||||||||
Components | Isoprenyl transferase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / undecaprenyl / cis-prenyltransferase / carrier lipid | |||||||||
Function / homology | Function and homology information Z-farnesyl diphosphate synthase activity / polyprenyltransferase activity / di-trans,poly-cis-undecaprenyl-diphosphate synthase activity / polyprenol biosynthetic process / Transferases; Transferring alkyl or aryl groups, other than methyl groups / manganese ion binding / magnesium ion binding / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Bacillus subtilis (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | |||||||||
Authors | Workman, S.D. / Strynadka, N.C.J. | |||||||||
Funding support | Canada, 2items
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Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2021 Title: Structural Insights into the Inhibition of Undecaprenyl Pyrophosphate Synthase from Gram-Positive Bacteria. Authors: Workman, S.D. / Day, J. / Farha, M.A. / El Zahed, S.S. / Bon, C. / Brown, E.D. / Organ, M.G. / Strynadka, N.C.J. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7jli.cif.gz | 120 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7jli.ent.gz | 91.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7jli.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/7jli ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/7jli | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7jljC 7jlmC 7jlrC 3wyiS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 29814.117 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis (bacteria) Gene: uppS, A3772_08985, B4122_2664, B4417_3501, BS16045_01759, ETA10_09020, ETK61_09295, GII79_08795, SC09_Contig19orf01203 Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) References: UniProt: A0A063XDJ9, Transferases; Transferring alkyl or aryl groups, other than methyl groups |
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#2: Chemical | ChemComp-PEG / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.85 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 / Details: PEG 3000, sodium citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.97857 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 8, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97857 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→47.95 Å / Num. obs: 27983 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 12.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 17.5 / Num. measured all: 343175 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3WYI Resolution: 1.8→42.1 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.11 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 144.67 Å2 / Biso mean: 40.6529 Å2 / Biso min: 21.65 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→42.1 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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