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- PDB-7jlk: Crystal structure of glVRC01 Fab in complex with anti-idiotype iv... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jlk
タイトルCrystal structure of glVRC01 Fab in complex with anti-idiotype iv1 scFv
要素
  • glVRC01 Heavy Chain
  • glVRC01 Light Chain
  • iv1 Heavy Chain
  • iv1 Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / iv1 / glVRC01 / Fab / scFv / HIV-1 / anti-idiotype
機能・相同性DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Weidle, C. / Pancera, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Development of a VRC01-class germline targeting immunogen derived from anti-idiotypic antibodies.
著者: Seydoux, E. / Wan, Y.H. / Feng, J. / Wall, A. / Aljedani, S. / Homad, L.J. / MacCamy, A.J. / Weidle, C. / Gray, M.D. / Brumage, L. / Taylor, J.J. / Pancera, M. / Stamatatos, L. / McGuire, A.T.
履歴
登録2020年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: iv1 Heavy Chain
A: glVRC01 Heavy Chain
B: glVRC01 Light Chain
L: iv1 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,32544
ポリマ－75,6594
非ポリマー1,66640
水8,683482
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Complex was further purified by size exclusion chromatography.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.019, 85.244, 113.636
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.733, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-370-

HOH

21B-550-

HOH

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要素

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抗体 , 4種, 4分子 HABL

#1: 抗体 iv1 Heavy Chain


分子量: 14582.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 glVRC01 Heavy Chain


分子量: 25319.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 glVRC01 Light Chain


分子量: 23019.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 iv1 Light Chain


分子量: 12738.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 5種, 522分子

#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 482 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Hepes pH 7.0, PEG 8000 / Temp details: room temperture

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.2 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 44594 / % possible obs: 99.15 % / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 34.69 Å2 / CC1/2: 0.911 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル解像度: 1.99→2.07 Å / Num. unique obs: 4230 / CC1/2: 0.822

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER1.15.2_3472位相決定
PHENIX1.15.2_3472精密化
Cootモデル構築
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6MFT

6mft


解像度: 1.99→42.62 Å / SU ML: 0.2474 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.5853
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2354 2272 5.1 %
Rwork0.1791 42308 -
obs0.182 44580 99.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→42.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5074 0 82 482 5638
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025237
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50597102
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0429783
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003910
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.27943084
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.99-2.040.30261170.26692414X-RAY DIFFRACTION90.17
2.04-2.080.31241360.27262619X-RAY DIFFRACTION98.92
2.08-2.140.29871450.242652X-RAY DIFFRACTION99.33
2.14-2.190.30151650.23662623X-RAY DIFFRACTION99.36
2.19-2.260.27621320.2342625X-RAY DIFFRACTION99.64
2.26-2.330.32691330.22382654X-RAY DIFFRACTION99.57
2.33-2.420.26681450.20482692X-RAY DIFFRACTION99.96
2.42-2.510.2911550.21212635X-RAY DIFFRACTION99.75
2.51-2.630.2761510.19612649X-RAY DIFFRACTION99.96
2.63-2.760.26861400.19892665X-RAY DIFFRACTION99.89
2.76-2.940.24741380.18922642X-RAY DIFFRACTION99.93
2.94-3.160.24611340.18592666X-RAY DIFFRACTION99.96
3.16-3.480.25031490.1652672X-RAY DIFFRACTION99.93
3.48-3.990.20451430.14822682X-RAY DIFFRACTION100
3.99-5.020.16231250.13112719X-RAY DIFFRACTION100
5.02-42.620.21171640.17642699X-RAY DIFFRACTION99.72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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