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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jlk | ||||||
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タイトル | Crystal structure of glVRC01 Fab in complex with anti-idiotype iv1 scFv | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / iv1 / glVRC01 / Fab / scFv / HIV-1 / anti-idiotype | ||||||
機能・相同性 | DI(HYDROXYETHYL)ETHER![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Weidle, C. / Pancera, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Development of a VRC01-class germline targeting immunogen derived from anti-idiotypic antibodies. 著者: Seydoux, E. / Wan, Y.H. / Feng, J. / Wall, A. / Aljedani, S. / Homad, L.J. / MacCamy, A.J. / Weidle, C. / Gray, M.D. / Brumage, L. / Taylor, J.J. / Pancera, M. / Stamatatos, L. / McGuire, A.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 323.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 212.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 470 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 473.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 44.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-抗体 , 4種, 4分子 HABL
#1: 抗体 | 分子量: 14582.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 25319.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#3: 抗体 | 分子量: 23019.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#4: 抗体 | 分子量: 12738.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 5種, 522分子 ![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-NA / #6: 化合物 | ChemComp-CL / #7: 化合物 | ChemComp-PEG / #8: 化合物 | ChemComp-EDO / #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.32 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Hepes pH 7.0, PEG 8000 / Temp details: room temperture |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 44594 / % possible obs: 99.15 % / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 34.69 Å2 / CC1/2: 0.911 / Net I/σ(I): 4 |
反射 シェル | 解像度: 1.99→2.07 Å / Num. unique obs: 4230 / CC1/2: 0.822 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6MFT 解像度: 1.99→42.62 Å / SU ML: 0.2474 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.5853 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.67 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.99→42.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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