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- PDB-7jjc: Crystal structure of neuropilin-1 b1 domain in complex with SARS-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jjc
タイトルCrystal structure of neuropilin-1 b1 domain in complex with SARS-CoV-2 S1 C-end rule (CendR) peptide
要素
  • Neuropilin-1
  • Spike protein S1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Neuropilin-1 / receptor binding / Coronavirus / SARS-CoV-2 / spike protein
機能・相同性
機能・相同性情報


endothelial tip cell fate specification / basal dendrite development / otic placode development / protein localization to early endosome / basal dendrite arborization / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / vestibulocochlear nerve structural organization / dorsal root ganglion morphogenesis / ventral trunk neural crest cell migration ...endothelial tip cell fate specification / basal dendrite development / otic placode development / protein localization to early endosome / basal dendrite arborization / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / vestibulocochlear nerve structural organization / dorsal root ganglion morphogenesis / ventral trunk neural crest cell migration / sympathetic neuron projection guidance / facioacoustic ganglion development / trigeminal ganglion development / trigeminal nerve structural organization / sensory neuron axon guidance / postsynapse organization / facial nerve structural organization / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus / branchiomotor neuron axon guidance / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / axon extension involved in axon guidance / renal artery morphogenesis / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / neurofilament / sympathetic neuron projection extension / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / vascular endothelial growth factor binding / endothelial cell chemotaxis / motor neuron migration / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / sympathetic ganglion development / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / axonogenesis involved in innervation / CHL1 interactions / semaphorin receptor complex / regulation of vesicle-mediated transport / Signaling by ROBO receptors / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / neuropilin signaling pathway / substrate-dependent cell migration, cell extension / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / coronary artery morphogenesis / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / CRMPs in Sema3A signaling / semaphorin receptor activity / outflow tract septum morphogenesis / commissural neuron axon guidance / motor neuron axon guidance / regulation of Cdc42 protein signal transduction / axonal fasciculation / cell migration involved in sprouting angiogenesis / neural crest cell migration / sprouting angiogenesis / positive regulation of filopodium assembly / artery morphogenesis / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / retinal ganglion cell axon guidance / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of smooth muscle cell migration / positive chemotaxis / growth factor binding / cytokine binding / sorting endosome / semaphorin-plexin signaling pathway / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / positive regulation of focal adhesion assembly / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of phosphorylation / vasculogenesis / coreceptor activity / positive regulation of stress fiber assembly / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of endothelial cell migration / GTPase activator activity / axon guidance / animal organ morphogenesis / Signal transduction by L1 / integrin-mediated signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / mitochondrial membrane / vascular endothelial growth factor receptor activity / response to wounding / neuron migration / positive regulation of angiogenesis / cell-cell signaling / heparin binding / cytoplasmic vesicle / angiogenesis / Maturation of spike protein / viral translation / negative regulation of neuron apoptotic process / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space
類似検索 - 分子機能
Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein / MAM domain signature. / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. ...Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein / MAM domain signature. / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Neuropilin-1 / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Chen, K.-E. / Collins, B.M.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP160101743 オーストラリア
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Neuropilin-1 is a host factor for SARS-CoV-2 infection.
著者: Daly, J.L. / Simonetti, B. / Klein, K. / Chen, K.E. / Williamson, M.K. / Anton-Plagaro, C. / Shoemark, D.K. / Simon-Gracia, L. / Bauer, M. / Hollandi, R. / Greber, U.F. / Horvath, P. / ...著者: Daly, J.L. / Simonetti, B. / Klein, K. / Chen, K.E. / Williamson, M.K. / Anton-Plagaro, C. / Shoemark, D.K. / Simon-Gracia, L. / Bauer, M. / Hollandi, R. / Greber, U.F. / Horvath, P. / Sessions, R.B. / Helenius, A. / Hiscox, J.A. / Teesalu, T. / Matthews, D.A. / Davidson, A.D. / Collins, B.M. / Cullen, P.J. / Yamauchi, Y.
履歴
登録2020年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22021年1月27日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / entity_name_com / Item: _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuropilin-1
B: Neuropilin-1
C: Neuropilin-1
D: Neuropilin-1
E: Spike protein S1
F: Spike protein S1
G: Spike protein S1
H: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,20115
ポリマ－78,5008
非ポリマー7017
水2,306128
1
A: Neuropilin-1
E: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7313
ポリマ－19,6252
非ポリマー1061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Neuropilin-1
F: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7313
ポリマ－19,6252
非ポリマー1061
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Neuropilin-1
G: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9155
ポリマ－19,6252
非ポリマー2903
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Neuropilin-1
H: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8234
ポリマ－19,6252
非ポリマー1982
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.930, 89.890, 108.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Neuropilin-1 / Vascular endothelial cell growth factor 165 receptor


分子量: 18766.152 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NRP1, NRP, VEGF165R / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-Gami 2 / 参照: UniProt: O14786
#2: タンパク質・ペプチド
Spike protein S1 / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein / Spike glycoprotein


分子量: 858.970 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
参照: UniProt: P0DTC2
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M Sodium Citrate pH 5, 20% PEG 6K / PH範囲: 5 - 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→46.39 Å / Num. obs: 36732 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 50.58 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.36-2.457.61.4782783736560.6130.5651.584196.2
8.83-46.397.10.0256798000.9990.0080.02246.799.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.62 Å46.38 Å
Translation6.62 Å46.38 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KEX

1kex


解像度: 2.36→46.3830147666 Å / SU ML: 0.370203315951 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35013224637 / 位相誤差: 28.7832434993
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24993728705 1852 5.05182760502 %
Rwork0.203249081691 34808 -
obs0.205604973312 36660 99.5546382794 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.6212059302 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→46.3830147666 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5312 0 46 128 5486
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003366356508925532
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.709053571237480
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0527758095496794
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00396482820838952
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.33490174382070
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.36-2.42270.3540791947491120.3182414999612541X-RAY DIFFRACTION94.7838513755
2.4227-2.4940.3737091759291160.2958776382352677X-RAY DIFFRACTION99.9642090193
2.494-2.57450.3333325256831390.2888873395072642X-RAY DIFFRACTION99.964054637
2.5745-2.66650.3577019003671500.2684907043832625X-RAY DIFFRACTION99.9279798344
2.6665-2.77330.3377767676751510.2599565297172640X-RAY DIFFRACTION100
2.7733-2.89940.3041086102461430.2619026123712670X-RAY DIFFRACTION99.9644633973
2.8994-3.05230.2913350725871410.2486982308962660X-RAY DIFFRACTION100
3.0523-3.24350.3019130422171550.2295884992082663X-RAY DIFFRACTION99.9645264278
3.2435-3.49380.2711493786011540.2187426630922675X-RAY DIFFRACTION100
3.4938-3.84530.2494421993581330.1946515901212706X-RAY DIFFRACTION99.8944405348
3.8453-4.40130.1913131691731630.1705296356232698X-RAY DIFFRACTION99.965059399
4.4013-5.54370.1978633652871450.1382859193482742X-RAY DIFFRACTION99.9653739612

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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