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- PDB-7jgm: Crystal Structure of the Ni-bound Human Heavy-chain variant 122H-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jgm
タイトルCrystal Structure of the Ni-bound Human Heavy-chain variant 122H-delta C-star with meta-benzenedihyrdoxamate
要素Ferritin heavy chain
キーワードOXIDOREDUCTASE / Protein-MOF / Ferritin-MOF / Self-Assembly / Ferritin
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion sequestering activity / : / autolysosome / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding ...iron ion sequestering activity / : / autolysosome / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / tertiary granule lumen / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / immune response / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / N~1~,N~3~-dihydroxybenzene-1,3-dicarboxamide / Ferritin heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Bailey, J.B. / Tezcan, F.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0003844 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Tunable and Cooperative Thermomechanical Properties of Protein-Metal-Organic Frameworks.
著者: Bailey, J.B. / Tezcan, F.A.
履歴
登録2020年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin heavy chain
B: Ferritin heavy chain
C: Ferritin heavy chain
D: Ferritin heavy chain
E: Ferritin heavy chain
F: Ferritin heavy chain
G: Ferritin heavy chain
H: Ferritin heavy chain
I: Ferritin heavy chain
J: Ferritin heavy chain
K: Ferritin heavy chain
L: Ferritin heavy chain
M: Ferritin heavy chain
N: Ferritin heavy chain
O: Ferritin heavy chain
P: Ferritin heavy chain
Q: Ferritin heavy chain
R: Ferritin heavy chain
S: Ferritin heavy chain
T: Ferritin heavy chain
U: Ferritin heavy chain
V: Ferritin heavy chain
W: Ferritin heavy chain
X: Ferritin heavy chain
a: Ferritin heavy chain
b: Ferritin heavy chain
c: Ferritin heavy chain
d: Ferritin heavy chain
e: Ferritin heavy chain
f: Ferritin heavy chain
g: Ferritin heavy chain
h: Ferritin heavy chain
i: Ferritin heavy chain
j: Ferritin heavy chain
k: Ferritin heavy chain
l: Ferritin heavy chain
m: Ferritin heavy chain
n: Ferritin heavy chain
o: Ferritin heavy chain
p: Ferritin heavy chain
q: Ferritin heavy chain
r: Ferritin heavy chain
s: Ferritin heavy chain
t: Ferritin heavy chain
u: Ferritin heavy chain
v: Ferritin heavy chain
w: Ferritin heavy chain
x: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,020,268148
ポリマ－1,013,87048
非ポリマー6,398100
水46,1722563
1
A: Ferritin heavy chain
B: Ferritin heavy chain
C: Ferritin heavy chain
D: Ferritin heavy chain
E: Ferritin heavy chain
F: Ferritin heavy chain
G: Ferritin heavy chain
H: Ferritin heavy chain
I: Ferritin heavy chain
J: Ferritin heavy chain
K: Ferritin heavy chain
L: Ferritin heavy chain
M: Ferritin heavy chain
N: Ferritin heavy chain
O: Ferritin heavy chain
P: Ferritin heavy chain
Q: Ferritin heavy chain
R: Ferritin heavy chain
S: Ferritin heavy chain
T: Ferritin heavy chain
U: Ferritin heavy chain
V: Ferritin heavy chain
W: Ferritin heavy chain
X: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)510,13474
ポリマ－506,93524
非ポリマー3,19950
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
m: Ferritin heavy chain
n: Ferritin heavy chain
o: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子

g: Ferritin heavy chain
h: Ferritin heavy chain
i: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子

j: Ferritin heavy chain
k: Ferritin heavy chain
l: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子

p: Ferritin heavy chain
q: Ferritin heavy chain
r: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子

a: Ferritin heavy chain
b: Ferritin heavy chain
c: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子

d: Ferritin heavy chain
e: Ferritin heavy chain
f: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子

s: Ferritin heavy chain
t: Ferritin heavy chain
u: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子

v: Ferritin heavy chain
w: Ferritin heavy chain
x: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)510,13474
ポリマ－506,93524
非ポリマー3,19950
水30617
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_564x,y+1,z-11
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
crystal symmetry operation2_654-x+1,y+1/2,-z-11
crystal symmetry operation2_655-x+1,y+1/2,-z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,y+1/2,-z1
crystal symmetry operation2_754-x+2,y+1/2,-z-11
単位格子
Length a, b, c (Å)213.550, 213.750, 155.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.048, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 ...
Ferritin heavy chain / Ferritin H subunit / Cell proliferation-inducing gene 15 protein


分子量: 21122.291 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02794, ferroxidase
#2: 化合物...
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-V9D / N~1~,N~3~-dihydroxybenzene-1,3-dicarboxamide / N,N′-ジヒドロキシイソフタルアミド


分子量: 196.160 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2563 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Reservoir: 500 uL total volume: 40 mM CHES (pH 8.5), 120 mM NaCl, 0.474 mM NiCl2, 10% PEP Sitting Drop: 7.6 uL reservoir, 2 uL of 25 uM ferritin, 2.4 uL of 5 mM m-bdh in 50 mM CHES (pH 9.5) with 150 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→50 Å / Num. obs: 598668 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 37.69 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.31→2.37 Å / Num. unique obs: 44404 / CC1/2: 0.503

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CMQ

5cmq


解像度: 2.31→38.46 Å / SU ML: 0.3254 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.0225
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2455 59800 10 %
Rwork0.187 538448 -
obs0.1929 598248 98.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→38.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数68688 0 204 2563 71455
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089105448
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9985142108
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048414765
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005518922
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.934513650
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.31-2.340.337520090.279517953X-RAY DIFFRACTION98.51
2.34-2.360.334819940.261818004X-RAY DIFFRACTION98.46
2.36-2.390.342819920.27117918X-RAY DIFFRACTION98.54
2.39-2.420.329519950.261417988X-RAY DIFFRACTION98.43
2.42-2.450.32819680.255217931X-RAY DIFFRACTION98.32
2.45-2.490.32519810.252617902X-RAY DIFFRACTION97.98
2.49-2.520.328419780.246317867X-RAY DIFFRACTION97.93
2.52-2.560.324219380.249717392X-RAY DIFFRACTION95.56
2.56-2.60.339519970.253617969X-RAY DIFFRACTION98.18
2.6-2.640.295420150.223118149X-RAY DIFFRACTION99.11
2.64-2.690.279719910.217517983X-RAY DIFFRACTION98.97
2.69-2.740.283620130.210618091X-RAY DIFFRACTION98.94
2.74-2.790.28919990.217917929X-RAY DIFFRACTION98.73
2.79-2.850.267320210.205618058X-RAY DIFFRACTION98.61
2.85-2.910.27719980.202118006X-RAY DIFFRACTION98.69
2.91-2.980.268819960.192618001X-RAY DIFFRACTION98.57
2.98-3.050.265319960.197117910X-RAY DIFFRACTION98
3.05-3.130.256419530.187917439X-RAY DIFFRACTION95.86
3.13-3.230.259319810.186517982X-RAY DIFFRACTION98.13
3.23-3.330.255920040.187118121X-RAY DIFFRACTION99.06
3.33-3.450.254420060.180418073X-RAY DIFFRACTION98.9
3.45-3.590.226719980.165218049X-RAY DIFFRACTION98.56
3.59-3.750.213920170.149517985X-RAY DIFFRACTION98.44
3.75-3.950.213420010.155818045X-RAY DIFFRACTION98.39
3.95-4.20.190119610.140617608X-RAY DIFFRACTION96.05
4.2-4.520.181320190.129618112X-RAY DIFFRACTION99.41
4.52-4.970.177820190.133218221X-RAY DIFFRACTION99.11
4.97-5.690.204519910.162317973X-RAY DIFFRACTION98.12
5.69-7.160.262119840.213617903X-RAY DIFFRACTION97.07
7.16-38.460.241819850.220617886X-RAY DIFFRACTION96.22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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