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- PDB-7h6g: THE 1.21 A CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CATHEPSIN G IN COMPLEX WITH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7h6g
タイトルTHE 1.21 A CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CATHEPSIN G IN COMPLEX WITH N-[2-[6-fluoro-2-[(4-hydroxy-5-methyl-2-oxo-5-phenylfuran-3-yl)-phenylmethyl]-1H-indol-3-yl]ethyl]acetamide
要素Cathepsin G
キーワードHYDROLASE / HUMAN CATHEPSIN G / SERINE PROTEINASE / COMPLEX (SERINE PROTEASE-INHIBITOR) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cathepsin G / biofilm matrix disassembly / neutrophil-mediated killing of gram-positive bacterium / purinergic nucleotide receptor signaling pathway / caspase binding / negative regulation of T cell activation / neutrophil activation / Suppression of apoptosis / Interleukin-1 processing / positive regulation of platelet aggregation ...cathepsin G / biofilm matrix disassembly / neutrophil-mediated killing of gram-positive bacterium / purinergic nucleotide receptor signaling pathway / caspase binding / negative regulation of T cell activation / neutrophil activation / Suppression of apoptosis / Interleukin-1 processing / positive regulation of platelet aggregation / Antimicrobial peptides / Activation of Matrix Metalloproteinases / monocyte chemotaxis / extracellular matrix disassembly / defense response to fungus / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / angiotensin maturation / Degradation of the extracellular matrix / serine-type peptidase activity / secretory granule / protein maturation / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of immune response / protein processing / platelet activation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cytoplasmic stress granule / azurophil granule lumen / antibacterial humoral response / peptidase activity / heparin binding / cellular response to lipopolysaccharide / : / defense response to Gram-negative bacterium / lysosome / defense response to Gram-positive bacterium / protein phosphorylation / immune response / receptor ligand activity / serine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.21 Å
データ登録者Banner, D.W. / Benz, J.M. / Schlatter, D. / Hilpert, H.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Not funded スイス
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structures of human Chymase and Cathepsin G
著者: Markus, R. / Tosstorff, A.
履歴
登録2024年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cathepsin G
B: Cathepsin G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,45613
ポリマ－53,6042
非ポリマー1,85211
水7,927440
1
A: Cathepsin G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9298
ポリマ－26,8021
非ポリマー1,1277
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cathepsin G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5275
ポリマ－26,8021
非ポリマー7254
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.110, 74.450, 60.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cathepsin G / CG


分子量: 26801.787 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTSG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08311, cathepsin G

-
非ポリマー , 5種, 451分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-A1AOS / N-(2-{6-fluoro-2-[(R)-[(5R)-4-hydroxy-5-methyl-2-oxo-5-phenyl-2,5-dihydrofuran-3-yl](phenyl)methyl]-1H-indol-3-yl}ethyl)acetamide


分子量: 498.545 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H27FN2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M LiSO4 (Salt), 25 %w/v PEG3350 (Precipitant), 0.1 M HEPES 7.5 pH (Buffer), Protein was at 17 mg/mL.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.21→60.63 Å / Num. obs: 117974 / % possible obs: 88.9 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 16.66 / Num. measured all: 749223
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obsNum. measured obsNum. unique obsRrim(I) allNet I/σ(I) obs
1.21-1.28600.37852422123060.4324.15
1.28-1.3791.80.264113335189390.2897.15
1.37-1.4892.70.168114569175010.18310.84
1.48-1.6293.70.1105298160740.10915.99
1.62-1.8194.70.06996745148130.07521.4
1.81-2.0995.60.05685952132800.06125.91
2.09-2.4996.40.05364705101590.05827.93
2.49-397.10.0715381763890.07629.69
3-4.397.60.0714583856740.07824.04
4.3-60.6393.40.0631654228390.07121.84

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.21→60.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.255 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18106 5916 5 %RANDOM
Rwork0.15677 ---
obs0.15797 112057 88.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.404 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å20 Å2-0.14 Å2
2---0.73 Å20 Å2
3---0.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.21→60.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3621 0 112 440 4173
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0214110
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023813
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5381.9745579
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82938760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1465507
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.66820.196204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.62415708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8311579
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2572
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024687
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02990
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.2712
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1920.24073
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.21951
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.22710
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.2287
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1110.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1290.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2840.2118
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1470.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5971.53168
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6271.5985
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.89423958
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.42831919
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0714.51621
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.29239628
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.1833443
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.18137809
LS精密化 シェル解像度: 1.21→1.241 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 225 -
Rwork0.226 4458 -
obs--47.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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