PDB-7h63: THE 1.65 A CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CHYMASE IN COMPLEX WITH 4-[...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7h63

タイトル

THE 1.65 A CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CHYMASE IN COMPLEX WITH 4-[(5-fluoro-3-propan-2-yl-1H-indol-2-yl)-phenylmethyl]-3-hydroxy-2-propan-2-yl-1,2-dihydropyrrol-5-one (VINYLOGOUS ACID)

要素

Chymase

キーワード

HYDROLASE / HUMAN CHYMASE / SERINE PROTEINASE

機能・相同性

機能・相同性情報

chymase / basement membrane disassembly / cytokine precursor processing / peptide metabolic process / midbrain development / Activation of Matrix Metalloproteinases / extracellular matrix disassembly / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / angiotensin maturation / serine-type peptidase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Banner, D.W. / Benz, J.M. / Schlatter, D. / Hilpert, H.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structures of human Chymase and Cathepsin G
著者: Markus, R. / Tosstorff, A.

履歴

登録	2024年4月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月18日	Group: Advisory / カテゴリ: database_PDB_caveat

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7h63.cif.gz	112.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7h63.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7h63.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/7h63 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/7h63	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002292 (19エントリ) 7h60 7h61 7h62 7h63 7h64 7h65 7h66 7h67 7h68 7h69
タイトル	A set of chymase crystal structures for D3R plus two CatG off-target structures
タイプ	undefined
解説	A set of chymase crystal structures for D3R plus two CatG off-target structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (1) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (1) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chymase

ヘテロ分子

25.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.810, 74.810, 49.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質	Chymase / Alpha-chymase / Mast cell protease I 分子量: 25032.910 Da / 分子数: 1 / 変異: C28S, F135K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CMA1, CYH, CYM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23946, chymase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-A1AOZ / (5S)-3-[(S)-[5-fluoro-3-(propan-2-yl)-1H-indol-2-yl](phenyl)methyl]-4-hydroxy-5-(propan-2-yl)-1,5-dihydro-2H-pyrrol-2-one 分子量: 406.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₇FN₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5 詳細: Sample of human Chymase in 50 mM MES/NaOH pH 5.5, 150mM NaCl, 1mM TCEP, 10% Glycerol) at a concentration of 11mg/ml to 14mg/ml.Add [2-[(4-methylpyridin-2-yl)amino]-2-oxoethyl] 2- ...詳細: Sample of human Chymase in 50 mM MES/NaOH pH 5.5, 150mM NaCl, 1mM TCEP, 10% Glycerol) at a concentration of 11mg/ml to 14mg/ml.Add [2-[(4-methylpyridin-2-yl)amino]-2-oxoethyl] 2-methylquinoline-4-carboxylate at 10x molar ratio. The compound helps to obtain crystals but is not visible in the structures. Add 0.5 mM ZnCl2. Add inhibitor, incubate for 16h on ice. Crystallize using microbatch setups with Al's oil (Hampton Research), with total drop size 1ul with 50% protein sample, using crystallization reagent of 0.1M Tris/HCl pH 8.5, 0.2M NaCl, 25% PEG 3350.

結晶

マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.56 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5
詳細: Sample of human Chymase in 50 mM MES/NaOH pH 5.5, 150mM NaCl, 1mM TCEP, 10% Glycerol) at a concentration of 11mg/ml to 14mg/ml.Add [2-[(4-methylpyridin-2-yl)amino]-2-oxoethyl] 2- ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年11月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→19.91 Å / Num. obs: 33005 / % possible obs: 99.6 % / R_merge(I) obs: 0.062 / R_rim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 22.18 / Num. measured all: 231352

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs
1.65-1.77	98.5	0.54	39433	6173	0.588	3.5
1.77-1.89	100	0.253	32643	4739	0.274	7.35
1.89-2.04	100	0.144	31335	4512	0.156	12.39
2.04-2.23	100	0.084	29024	4088	0.091	20.16
2.23-2.49	100	0.06	27301	3780	0.064	28.52
2.49-2.87	100	0.05	24415	3328	0.054	34.61
2.87-3.49	100	0.039	20770	2808	0.042	44.06
3.49-4.86	100	0.032	16639	2237	0.035	53.87
4.86-19.91	98.2	0.033	9792	1340	0.035	52.33

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→19.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 3.095 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19317	1672	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1721	-	-	-
obs	0.17314	31333	99.64 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.521 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.1 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1759	0	35	306	2100

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	1915
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1837
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.174	1.83	2607
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.59	1.784	4237
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.363	5	241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.487	5	15
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.004	10	324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	282
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2274
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	454
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.406	1.068	940
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.406	1.068	940
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.722	1.925	1186
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.722	1.926	1187
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.467	1.145	975
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.467	1.147	976
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.798	2.093	1421
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.113	15.71	2089
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.935	14.21	2056
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.402	150	-
R_work	0.416	2220	-
obs	-	-	96.3 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0172	0.2782	0.4345	1.4894	0.2875	1.4779	-0.0952	0.034	0.0786	-0.0562	0.0595	0.0899	-0.0701	-0.0933	0.0357	0.0106	-0.0017	-0.0046	0.0132	0.0073	0.0398	-32.2548	12.6063	-2.7118
2	0.7983	0.4581	0.3652	1.2758	0.5537	1.209	0.0058	-0.014	-0.0113	0.0563	-0.0249	0.0285	0.0427	-0.02	0.0191	0.0074	-0.0027	0.0116	0.0021	-0.0018	0.0292	-31.6083	6.0452	0.8152
3	1.274	0.9252	0.0779	2.2521	0.0213	0.4728	0.1961	-0.1797	-0.1262	0.4427	-0.1604	-0.2228	0.0268	0.0009	-0.0357	0.0929	-0.0328	-0.0387	0.0398	0.0131	0.0391	-22.7269	8.4936	10.5976
4	1.0299	0.5838	0.6499	1.9052	0.7628	1.94	0.0171	0.046	-0.1138	0.0662	0.0356	-0.0897	0.171	0.1744	-0.0527	0.0219	0.0129	0.0144	0.0181	-0.0114	0.0594	-26.7328	-1.0806	-1.3031
5	2.9011	0.7041	0.0244	1.7209	0.7772	1.0685	-0.09	0.0239	0.0413	-0.169	0.1669	-0.0738	-0.1329	0.1415	-0.0769	0.0251	-0.022	0.0153	0.0251	-0.0071	0.028	-22.8523	17.4655	-5.722
6	3.0614	2.5477	1.3761	2.7679	1.027	1.4877	-0.2659	0.312	-0.0168	-0.3306	0.31	-0.1852	-0.1352	0.2841	-0.0441	0.0581	-0.0409	0.0366	0.0673	-0.0187	0.0697	-16.3145	23.4362	-7.3007
7	1.035	0.663	0.0388	1.6044	0.2697	0.5633	-0.0062	0.0503	-0.0593	-0.0103	0.0493	-0.1816	-0.054	0.1087	-0.0431	0.0116	-0.0043	0.0002	0.033	-0.0097	0.0602	-17.1311	17.7943	0.4427

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	16 - 39
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	40 - 80
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	81 - 103
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	104 - 123
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	124 - 155
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	156 - 168
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	169 - 245

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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