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- PDB-7fjl: Crystal Structure of phthalate dioxygenase from Comamonas testost... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fjl
タイトルCrystal Structure of phthalate dioxygenase from Comamonas testosteroni KF1
要素Rieske (2Fe-2S) domain protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / dioxygenase / bacterial protein / metalloprotein / Rieske domain
機能・相同性
機能・相同性情報


2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
LigXa-like, C-terminal domain / LigXa C-terminal domain like / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / S,R MESO-TARTARIC ACID / L(+)-TARTARIC ACID / Rieske (2Fe-2S) domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Comamonas testosteroni (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Mahto, J.K. / Kumar, P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/HRD/NBA/37/01/2015 (VIII) インド
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Molecular insights into substrate recognition and catalysis by phthalate dioxygenase from Comamonas testosteroni.
著者: Mahto, J.K. / Neetu, N. / Waghmode, B. / Kuatsjah, E. / Sharma, M. / Sircar, D. / Sharma, A.K. / Tomar, S. / Eltis, L.D. / Kumar, P.
履歴
登録2021年8月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rieske (2Fe-2S) domain protein
B: Rieske (2Fe-2S) domain protein
C: Rieske (2Fe-2S) domain protein
D: Rieske (2Fe-2S) domain protein
E: Rieske (2Fe-2S) domain protein
F: Rieske (2Fe-2S) domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)298,29440
ポリマ－295,0106
非ポリマー3,28434
水47,3432628
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27610 Å2
ΔGint-226 kcal/mol
Surface area89030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.248, 121.375, 161.533
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.950, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Rieske (2Fe-2S) domain protein


分子量: 49168.383 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Comamonas testosteroni (strain DSM 14576 / KF-1) (バクテリア)
株: DSM 14576 / KF-1 / 遺伝子: CtesDRAFT_PD2022 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7WQT1

-
非ポリマー , 6種, 2662分子

#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#5: 化合物
ChemComp-SRT / S,R MESO-TARTARIC ACID / meso-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2628 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG4000, magnesium chloride, calcium chloride, sodium potassium tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.965 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月17日 / 詳細: VERTICAL CRL
放射モノクロメーター: C(110) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.965 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→158.59 Å / Num. obs: 191985 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 0.968 / Net I/σ(I): 3.9
反射 シェル解像度: 2.11→2.15 Å / Num. unique obs: 9011 / CC1/2: 0.828 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALSデータ削減
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7FHR

7fhr


解像度: 2.11→158.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 9.87 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2195 9468 4.9 %RANDOM
Rwork0.166 ---
obs0.1686 182379 98.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 174.94 Å2 / Biso mean: 37.679 Å2 / Biso min: 14.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20 Å20.03 Å2
2---0.15 Å2-0 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.11→158.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19344 0 154 2630 22128
Biso mean--44.11 47.69 -
残基数----2459
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01220049
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0461.64627265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8152459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.22621.3071132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.683153112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.14215171
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.22545
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0215679
LS精密化 シェル解像度: 2.11→2.164 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 664 -
Rwork0.259 13012 -
obs--95.47 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.12790.04660.01320.1101-0.05080.22880.0020.01580.02660.034-0.0377-0.0243-0.02720.02980.03570.0213-0.0249-0.01240.03410.02590.0429-26.32830.132142.2941
20.09420.0636-0.03090.26130.08080.18910.0567-0.0417-0.04590.0483-0.0428-0.03040.00770.0027-0.01390.0437-0.0392-0.03740.05220.03370.0334-37.6832-37.110968.5998
30.0980.00840.00650.2974-0.14770.26190.05770.0195-0.0458-0.0623-0.01370.02510.0318-0.0189-0.0440.04930.0233-0.03610.0508-0.02830.0397-66.21-37.48811.4296
40.0992-0.009-0.02030.17490.04490.2660.0220.02130.02490.0045-0.01690.0154-0.0331-0.0371-0.00510.01950.0230.00790.03150.00210.0474-67.35724.711732.0703
50.09420.0490.07010.1455-0.07370.34950.04950.0519-0.0388-0.0057-0.0348-0.02240.05470.0645-0.01470.03210.0437-0.01750.0679-0.02280.0545-25.5202-42.810523.6281
60.10560.04740.07960.40740.02080.10650.0415-0.0748-0.02330.02170.00720.04030.0104-0.0658-0.04870.0238-0.02960.00270.07860.0350.0367-78.5027-33.867556.4181
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 428
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 428
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 423
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 428
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 423
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 425

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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