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- PDB-7fj2: Structure of FOXM1 homodimer bound to a palindromic DNA site -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fj2
タイトルStructure of FOXM1 homodimer bound to a palindromic DNA site
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*GP*T)-3')
  • Forkhead box protein M1
キーワードTRANSCRIPTION / Forkhead transcription factors / FOXM1 / Dimer / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of Ras protein signal transduction / Polo-like kinase mediated events / regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of double-strand break repair / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / regulation of cell growth / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / G2/M transition of mitotic cell cycle ...regulation of Ras protein signal transduction / Polo-like kinase mediated events / regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of double-strand break repair / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / regulation of cell growth / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / G2/M transition of mitotic cell cycle / regulation of cell population proliferation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of cell cycle / DNA-binding transcription factor activity / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Forkhead box protein M1 / Fork head domain conserved site1 / Fork head domain signature 1. / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. ...: / Forkhead box protein M1 / Fork head domain conserved site1 / Fork head domain signature 1. / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Forkhead box protein M1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.098 Å
データ登録者Dai, S.Y. / Li, J. / Zhang, H.J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81570537 中国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Mechanistic Insights into the Preference for Tandem Binding Sites in DNA Recognition by FOXM1.
著者: Zhang, H. / Dai, S. / Liang, X. / Li, J. / Chen, Y.
履歴
登録2021年8月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Forkhead box protein M1
B: Forkhead box protein M1
C: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*GP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*GP*T)-3')
E: Forkhead box protein M1
F: Forkhead box protein M1
G: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*GP*T)-3')
H: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,2548
ポリマ－79,2548
非ポリマー00
水00
1
A: Forkhead box protein M1
B: Forkhead box protein M1
C: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*GP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6274
ポリマ－39,6274
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5490 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area13800 Å2
手法PISA
2
E: Forkhead box protein M1
F: Forkhead box protein M1
G: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*GP*T)-3')
H: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6274
ポリマ－39,6274
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5460 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area14180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.387, 45.456, 133.591
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.850, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain C
21chain D
31chain G
41chain H
12(chain A and (resid 236 through 273 or (resid 274...
22(chain B and (resid 236 through 252 or (resid 253...
32(chain E and (resid 236 through 273 or (resid 274...
42(chain F and (resid 236 through 252 or (resid 253...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111DADADTDTchain CCC7 - 261 - 20
211DADADTDTchain DDD7 - 261 - 20
311DADADTDTchain GGG7 - 261 - 20
411DADADTDTchain HHH7 - 261 - 20
112ARGARGPHEPHE(chain A and (resid 236 through 273 or (resid 274...AA236 - 27316 - 53
122LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 236 through 273 or (resid 274...AA27454
132VALVALHISHIS(chain A and (resid 236 through 273 or (resid 274...AA233 - 31113 - 91
142VALVALHISHIS(chain A and (resid 236 through 273 or (resid 274...AA233 - 31113 - 91
152VALVALHISHIS(chain A and (resid 236 through 273 or (resid 274...AA233 - 31113 - 91
162VALVALHISHIS(chain A and (resid 236 through 273 or (resid 274...AA233 - 31113 - 91
212ARGARGTHRTHR(chain B and (resid 236 through 252 or (resid 253...BB236 - 25216 - 32
222GLUGLUARGARG(chain B and (resid 236 through 252 or (resid 253...BB253 - 25433 - 34
232ARGARGHISHIS(chain B and (resid 236 through 252 or (resid 253...BB236 - 31116 - 91
242ARGARGHISHIS(chain B and (resid 236 through 252 or (resid 253...BB236 - 31116 - 91
252ARGARGHISHIS(chain B and (resid 236 through 252 or (resid 253...BB236 - 31116 - 91
262ARGARGHISHIS(chain B and (resid 236 through 252 or (resid 253...BB236 - 31116 - 91
312ARGARGPHEPHE(chain E and (resid 236 through 273 or (resid 274...EE236 - 27316 - 53
322LYSLYSLYSLYS(chain E and (resid 236 through 273 or (resid 274...EE27454
332VALVALHISHIS(chain E and (resid 236 through 273 or (resid 274...EE233 - 31113 - 91
342VALVALHISHIS(chain E and (resid 236 through 273 or (resid 274...EE233 - 31113 - 91
352VALVALHISHIS(chain E and (resid 236 through 273 or (resid 274...EE233 - 31113 - 91
362VALVALHISHIS(chain E and (resid 236 through 273 or (resid 274...EE233 - 31113 - 91
412ARGARGTHRTHR(chain F and (resid 236 through 252 or (resid 253...FF236 - 25216 - 32
422GLUGLUARGARG(chain F and (resid 236 through 252 or (resid 253...FF253 - 25433 - 34
432SERSERHISHIS(chain F and (resid 236 through 252 or (resid 253...FF232 - 31112 - 91
442SERSERHISHIS(chain F and (resid 236 through 252 or (resid 253...FF232 - 31112 - 91
452SERSERHISHIS(chain F and (resid 236 through 252 or (resid 253...FF232 - 31112 - 91
462SERSERHISHIS(chain F and (resid 236 through 252 or (resid 253...FF232 - 31112 - 91

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Forkhead box protein M1


分子量: 13680.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FOXM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08050
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*GP*T)-3')


分子量: 6132.991 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.67 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: 50 mM Sodium acetate pH 4.7 250 mM Sodium chloride 15% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.58 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.58 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.098→49.303 Å / Num. obs: 12865 / % possible obs: 87.7 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 73.27 Å2 / CC1/2: 0.978 / CC star: 0.994 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / Num. unique obs: 810 / CC1/2: 0.946

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3G73

3g73


解像度: 3.098→49.303 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2654 1274 9.91 %
Rwork0.216 11578 -
obs0.2208 12852 82.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 96.65 Å2 / Biso mean: 65.6844 Å2 / Biso min: 44.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.098→49.303 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2556 1624 0 0 4180
残基数----394
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084464
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9046400
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05691
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007529
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.4652308
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11C780X-RAY DIFFRACTION8.624TORSIONAL
12D780X-RAY DIFFRACTION8.624TORSIONAL
13G780X-RAY DIFFRACTION8.624TORSIONAL
14H780X-RAY DIFFRACTION8.624TORSIONAL
21A1435X-RAY DIFFRACTION8.624TORSIONAL
22B1435X-RAY DIFFRACTION8.624TORSIONAL
23E1435X-RAY DIFFRACTION8.624TORSIONAL
24F1435X-RAY DIFFRACTION8.624TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.098-3.22160.401910.314680153
3.2216-3.36820.30551070.281396162
3.3682-3.54580.30941240.2608108971
3.5458-3.76780.29381360.2552127381
3.7678-4.05860.27141460.2324136188
4.0586-4.46680.24221600.2013145494
4.4668-5.11260.2661610.2002152897
5.1126-6.43910.24571800.1915155698
6.4391-49.3030.24331690.197155595
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.550.1299-0.14190.1247-0.15080.09970.4781-0.77780.75960.5404-0.56260.13150.25361.39760.01750.7430.0540.10540.824-0.32960.5871-54.170310.7-21.5468
20.0527-0.05680.08630.17770.40650.86410.0468-0.5506-0.43120.98020.1335-0.171-0.81310.5637-0.00010.6079-0.0188-0.04440.6751-0.05520.6196-42.935715.0133-30.8085
30.6813-0.77480.11190.8325-0.12660.01250.5088-0.43120.0567-0.20850.1803-0.301-0.35320.54330.00230.58390.1345-0.02450.72020.00250.6233-42.16676.2378-31.0272
40.8003-0.3390.24590.38780.15250.50950.1545-0.614-0.5482-0.4485-0.01480.2012-0.1231-0.8668-0.00010.5488-0.04040.01780.6125-0.02240.6037-52.56655.8689-32.4727
50.2246-0.1074-0.19470.1855-0.27750.7862-0.90050.6411-0.77830.3080.51851.55630.2954-0.2237-0.00420.7301-0.04870.07860.52420.10290.6705-43.301116.2975-42.0655
65.2134-1.6834-0.39069.6677-0.96190.16961.18530.3652-0.55040.69280.73870.8465-0.50920.86020.61470.69230.0057-0.68610.6681-0.022-0.6898-36.222510.5643-42.1304
72.0025-3.20843.86055.4898-5.5189.2758-0.53860.46780.2727-0.3627-0.7182-1.5781-1.0643-0.3259-2.06370.75360.14160.08560.1814-0.39750.9893-37.6575-6.0879-72.2042
82.0028-1.6459-0.53231.7772-0.41060.18320.34612.03631.1793-0.40910.3486-0.62880.42630.0870.08420.82230.01910.02180.5752-0.13750.252-34.61031.8431-65.8925
90.76790.5648-0.34490.327-0.32880.74790.4210.15480.5510.30080.11711.218-0.2376-0.28380.01290.55080.0264-0.09880.56560.07720.4637-42.45285.3258-67.1367
100.89920.1141-1.25331.1595-0.11251.5336-0.077-0.1758-0.27841.0477-0.2407-0.19910.4194-0.2632-0.04550.7862-0.05680.10360.57620.03480.4111-38.7741-0.6259-56.8971
110.0972-0.025-0.13680.10390.15940.17840.39630.16450.34080.088-0.1337-0.2826-0.0079-0.2076-0.00040.68180.02040.11330.4241-0.06890.3518-36.716711.4762-53.8282
120.87881.1545-0.1231.25140.2334-0.04790.08820.49720.13650.346-0.49860.1882-0.0444-1.1926-0.00120.82610.08710.04290.746-0.00010.8815-59.750510.1486-41.4708
130.21731.30510.4012.18711.11340.16970.01310.2978-0.07450.03020.0941-0.55260.2111-0.2065-0.00090.80960.04050.02970.49210.02060.5125-41.6744-11.5076-54.4893
140.1774-0.1190.09010.12110.0530.1239-0.9326-1.8343-0.2020.45380.91370.63120.0092-0.4576-0.00120.98990.06790.0540.71320.01860.592-36.4772-13.7046-61.1058
15-0.0309-0.20990.18250.6175-0.42650.215-0.16940.20450.32210.4263-0.20710.46870.3527-0.2086-0.00020.701-0.03380.03750.5616-0.07380.6428-50.38850.1497-48.2337
160.2209-0.0516-0.22290.01080.14560.24961.54370.81761.5570.54690.5836-0.6787-0.7793-0.00360.00480.77360.1506-0.01141.2793-0.22491.0112-68.188714.4387-37.8804
171.79771.32650.33591.5496-0.24810.38870.05471.3432-1.5767-0.1466-0.3282-1.3056-0.6532-0.42940.03250.8880.1310.25130.80510.05230.667112.7089-9.6071-18.5874
181.0676-1.5278-2.90863.1843.07912.00770.4622-0.447-0.9831-0.56360.0206-0.0744-0.59211.19651.2215-0.15820.2542-0.3390.72960.20761.10762.9258-14.1804-8.1919
190.78820.87310.00751.1522-0.31440.2431-0.2037-0.2610.35330.7110.0838-0.5761-0.91920.7317-0.00110.4862-0.0537-0.12030.89480.07210.49264.8904-3.9697-10.8943
200.0592-0.07670.08030.41710.04980.175-0.53670.50820.93870.98040.8437-0.60380.317-0.4265-0.00290.43170.0565-0.0620.54540.06330.9886-3.3829-7.2714-18.1192
210.72350.21090.22170.09080.36381.26050.01410.0211-0.1271-0.01470.19130.25931.1145-0.42570.0390.6099-0.06780.06370.67690.27531.1838-8.2403-15.7427-9.2747
220.0981-0.39310.05991.1782-0.26610.0276-0.70590.11710.7559-1.16960.7206-0.91820.6288-0.635-0.00470.397-0.03530.04930.6826-0.14760.8408-8.9356-10.0052-2.502
232.0191.94631.96510.35850.6623.0788-0.95471.18091.6580.6294-0.3695-1.26790.2907-0.3003-0.6120.50210.2035-0.04570.5124-0.12280.5996-42.2027.7103-10.5381
243.22020.0517-1.01870.6743-1.19981.8705-0.1655-0.0236-0.2153-0.41330.0639-0.26410.3708-0.37720.00050.34410.0044-0.0620.47010.03370.4105-31.5666-2.0744-9.2591
250.4177-0.78220.91221.4916-1.73932.01380.0899-0.4032-0.19311.2511-0.8487-0.8222-0.64811.1064-0.18740.5574-0.075-0.07220.64570.30810.8993-21.9072-3.1928-0.0135
260.08170.0772-0.06250.0649-0.02140.0076-0.3498-0.0776-0.5449-0.0973-0.0640.33620.54490.38260.00090.37430.00410.06880.4560.07890.4657-21.154-10.9526-3.9353
270.5991-0.1828-0.63910.6338-0.791.01180.28220.54060.46640.2672-0.2067-0.42540.258-0.3151-0.00050.92220.08820.17030.71360.02360.6151-6.6602-9.5192-25.8549
280.1898-0.50850.25882.1561-1.62990.7892-0.35680.61890.32060.32560.1052-0.4970.0947-0.67990.00010.5773-0.0250.03460.6286-0.02910.8808-21.095111.9013-8.5268
290.1484-0.0862-0.45440.1981-0.24780.7777-0.0516-0.25850.84640.1255-0.2242-0.19760.26510.10370.00060.4732-0.04920.05970.584-0.01090.7171-21.775111.5165-9.9227
301.64750.8629-2.46430.4312-1.30882.3954-0.3140.63160.35450.21630.1615-0.65930.4583-0.1826-0.00070.68970.15320.06780.7404-0.00910.7535-7.3832-11.0169-26.2744
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 233 through 240 )A233 - 240
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 241 through 255 )A241 - 255
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 256 through 269 )A256 - 269
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 270 through 291 )A270 - 291
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 292 through 299 )A292 - 299
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 300 through 311 )A300 - 311
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 236 through 240 )B236 - 240
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 241 through 251 )B241 - 251
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 252 through 278 )B252 - 278
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 279 through 299 )B279 - 299
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 300 through 311 )B300 - 311
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 7 through 16 )C7 - 16
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 17 through 26 )C17 - 26
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 7 through 11 )D7 - 11
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 12 through 21 )D12 - 21
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 22 through 26 )D22 - 26
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 233 through 240 )E233 - 240
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 241 through 255 )E241 - 255
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 256 through 278 )E256 - 278
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 279 through 291 )E279 - 291
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 292 through 299 )E292 - 299
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 300 through 311 )E300 - 311
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 232 through 240 )F232 - 240
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 241 through 291 )F241 - 291
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 292 through 299 )F292 - 299
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 300 through 311 )F300 - 311
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'G' and (resid 7 through 16 )G7 - 16
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'G' and (resid 17 through 26 )G17 - 26
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'H' and (resid 7 through 16 )H7 - 16
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'H' and (resid 17 through 26 )H17 - 26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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