+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4oos | ||||||
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Title | Crystal structure of P domain from norovirus strain NSW0514 | ||||||
Components | VP1 | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / VIRAL CAPSID PROTEIN | ||||||
Function / homology | Function and homology information Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit ...Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Beta Barrel / Mainly Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | Norovirus Hu/GII.4/Sydney/NSW0514/2012/AU | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.64 Å | ||||||
Authors | Singh, B.K. / Hansman, G.S. | ||||||
Citation | Journal: J.Virol. / Year: 2015 Title: Human noroviruses' fondness for histo-blood group antigens. Authors: Singh, B.K. / Leuthold, M.M. / Hansman, G.S. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4oos.cif.gz | 185.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4oos.ent.gz | 148.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4oos.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4oos_validation.pdf.gz | 428.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4oos_full_validation.pdf.gz | 428.5 KB | Display | |
Data in XML | 4oos_validation.xml.gz | 15.6 KB | Display | |
Data in CIF | 4oos_validation.cif.gz | 23.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/4oos ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/4oos | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4oovC 4ooxC 4op7C 4opoC 4opsC 4wzeC 4wzkC 4wzlC 4wztC 4x05C 4x06C 4x07C 4x0cC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34219.117 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Norovirus Hu/GII.4/Sydney/NSW0514/2012/AU Gene: JX459908 / Plasmid: MBP-HTSHP / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: K4LM89 | ||
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#2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.46 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: PEG 3350, Sodium formate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM30A / Wavelength: 0.978174 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 9, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.978174 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Highest resolution: 1.6 Å / Num. obs: 38171 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 10.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Χ2: 1.001 / Net I/σ(I): 20.84 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.64→42.599 Å / FOM work R set: 0.9244 / SU ML: 0.11 / σ(F): 2 / Phase error: 14.06 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 58.94 Å2 / Biso mean: 14.18 Å2 / Biso min: 4.62 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.64→42.599 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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