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Yorodumi- PDB-4opo: Crystal structure of P domain from norovirus strain Saga4 in comp... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4opo | |||||||||
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Title | Crystal structure of P domain from norovirus strain Saga4 in complex with HBGA type Leb (tetraglycan) | |||||||||
Components | VP1 | |||||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / Norovirus / Viral Capsid Protein / Histo Blood Group Antigen (HBGA) / Protruding Domain | |||||||||
Function / homology | Function and homology information Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit ...Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Beta Barrel / Mainly Beta Similarity search - Domain/homology | |||||||||
Biological species | Norovirus Hu/GII-4/Kumamoto5/2006/JP | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.4 Å | |||||||||
Authors | Singh, B.K. / Hansman, G.S. | |||||||||
Citation | Journal: J.Virol. / Year: 2015 Title: Human noroviruses' fondness for histo-blood group antigens. Authors: Singh, B.K. / Leuthold, M.M. / Hansman, G.S. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4opo.cif.gz | 366.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4opo.ent.gz | 302.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4opo.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4opo_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4opo_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | 4opo_validation.xml.gz | 32.5 KB | Display | |
Data in CIF | 4opo_validation.cif.gz | 50.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/4opo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/4opo | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4oosC 4oovC 4ooxC 4op7C 4opsC 4wzeC 4wzkC 4wzlC 4wztC 4x05C 4x06C 4x07C 4x0cC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34041.059 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: P domain Saga4 (UNP residues 225-530) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Norovirus Hu/GII-4/Kumamoto5/2006/JP / Gene: AB447457 / Plasmid: MBP-HTSHP / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: B5BTT5 #2: Polysaccharide | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.9 Details: Sodium acetate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.979701 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 23, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979701 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.38→46.42 Å / Num. obs: 124462 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 11.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 12.76 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.4→46.42 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.99 / Phase error: 17.76 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 15.25 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.4→46.42 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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