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- PDB-4oov: Crystal structure of P domain from norovirus strain Farmington Hi... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4oov | ||||||
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Title | Crystal structure of P domain from norovirus strain Farmington Hills 2004 | ||||||
![]() | Major capsid protein | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / VIRAL CAPSID PROTEIN / Protruding Domain | ||||||
Function / homology | ![]() Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit ...Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Beta Barrel / Mainly Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Singh, B.K. / Leuthold, M. / Hansman, G.S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Human noroviruses' fondness for histo-blood group antigens. Authors: Singh, B.K. / Leuthold, M.M. / Hansman, G.S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 243.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 194.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 433.4 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 434.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 29.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 47.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4oosC ![]() 4ooxC ![]() 4op7C ![]() 4opoC ![]() 4opsC ![]() 4wzeC ![]() 4wzkC ![]() 4wzlC ![]() 4wztC ![]() 4x05C ![]() 4x06C ![]() 4x07C ![]() 4x0cC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Auth seq-ID: 224 - 530 / Label seq-ID: 1 - 307
| |||||||||||||||||||||
Details | biological unit is the same as asym. |
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Components
#1: Protein | Mass: 33786.648 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: unp residues 225-530 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: JQ478408 / Plasmid: MBP-HTSHP / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: PEG 3350, Magnesium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 20, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97939 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→99.219 Å / Num. obs: 99095 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 12.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 0.941 / Net I/σ(I): 14.21 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 63.84 Å2 / Biso mean: 15.8 Å2 / Biso min: 5.21 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.53→99.219 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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