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- PDB-7fir: The crystal structure of beta-1,2-mannobiose phosphorylase in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fir
タイトルThe crystal structure of beta-1,2-mannobiose phosphorylase in complex with 1,4-mannobiose
要素Beta-1,2-mannobiose phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / Mannobiose / phosphorylase / thermoanaerobacter / crystallization / complex structure
機能・相同性beta-1,2-mannobiose phosphorylase / Mannoside phosphorylase / beta-1,4-mannooligosaccharide phosphorylase / GDP-mannose biosynthetic process / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / glycosyltransferase activity / TRIETHYLENE GLYCOL / Beta-1,2-mannobiose phosphorylase
機能・相同性情報
生物種Thermoanaerobacter sp.
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Dai, L. / Chang, Z. / Yang, J. / Liu, W. / Yang, Y. / Chen, C.-C. / Zhang, L. / Huang, J. / Sun, Y. / Guo, R.-T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)2021YFC2100300 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021
タイトル: Structural investigation of a thermostable 1,2-beta-mannobiose phosphorylase from Thermoanaerobacter sp. X-514.
著者: Dai, L. / Chang, Z. / Yang, J. / Liu, W. / Yang, Y. / Chen, C.C. / Zhang, L. / Huang, J.W. / Sun, Y. / Guo, R.T.
履歴
登録2021年8月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月9日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-1,2-mannobiose phosphorylase
B: Beta-1,2-mannobiose phosphorylase
C: Beta-1,2-mannobiose phosphorylase
D: Beta-1,2-mannobiose phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,29727
ポリマ－143,4284
非ポリマー2,87023
水22,9331273
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7770 Å2
ΔGint-571 kcal/mol
Surface area47790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)205.303, 205.303, 78.649
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
Beta-1,2-mannobiose phosphorylase / Beta-1 / 2-mannobiose:phosphate alpha-D-mannosyltransferase


分子量: 35856.902 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter sp. (strain X514) (バクテリア)
株: X514 / 遺伝子: Teth514_1789 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B0K2C3, beta-1,2-mannobiose phosphorylase
#2: 多糖
alpha-L-gulopyranose-(1-4)-alpha-L-allopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
LGulpa1-4LAllpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a1111h-1a_1-5][a1121h-1a_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-L-Allp]{[(4+1)][a-L-Gulp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 1292分子

#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 10 mM ZnCl2, 28% PEG3350, 160 mM Tris-HCl pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: LIQUID ANODE / タイプ: BRUKER METALJET / 波長: 1.34138 Å
検出器タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2020年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.34138 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→36.29 Å / Num. obs: 161051 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 3738

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1精密化
SAINTデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
SAINTデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5b0r

5b0r


解像度: 2.2→36.29 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2058 3926 2.44 %
Rwork0.1699 157125 -
obs0.1708 161051 98.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 86.39 Å2 / Biso mean: 27.0358 Å2 / Biso min: 5.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→36.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9941 0 135 1273 11349
Biso mean--37.11 32.31 -
残基数----1209
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.230.33051110.25154478458979
2.23-2.250.26551360.23125223535991
2.26-2.280.28051440.222456705814100
2.28-2.320.24111440.22656425786100
2.32-2.350.30971440.22756385782100
2.35-2.380.25281400.216156475787100
2.38-2.420.25971440.206656695813100
2.42-2.460.25311420.203757625904100
2.46-2.50.23911360.204456335769100
2.5-2.550.30771390.196956695808100
2.55-2.60.27841400.193956745814100
2.6-2.650.23541390.196756095748100
2.65-2.710.24961420.191456985840100
2.71-2.770.24711360.189656995835100
2.77-2.840.23981420.200557115853100
2.84-2.920.23541400.195656475787100
2.92-30.25241440.187756795823100
3-3.10.25451420.199556235765100
3.1-3.210.20841350.178356965831100
3.21-3.340.21480.166557015849100
3.34-3.490.17591360.160456795815100
3.49-3.680.17671440.142857025846100
3.68-3.90.13771460.137856175763100
3.91-4.210.19171380.13256765814100
4.21-4.630.14921460.115557035849100
4.63-5.30.15021460.122756675813100
5.3-6.660.15551500.149956945844100
6.67-36.290.18431320.17365619575199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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