PDB-7fi2: Crystal structure of Multi-functional Polysaccharide lyase Smlt14...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7fi2

タイトル

Crystal structure of Multi-functional Polysaccharide lyase Smlt1473-H168A from Stenotrophomonas maltophilia (strain K279a) at pH-5.0

要素

Polysaccharide lyase

キーワード

LYASE / Anionic Polysaccharide lyase

機能・相同性

機能・相同性情報

glucuronan lyase / glucuronan lyase activity / mannuronate-specific alginate lyase / poly(beta-D-mannuronate) lyase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する / hyaluronate lyase / hyaluronate lyase activity / polysaccharide catabolic process / cell outer membrane / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Stenotrophomonas maltophilia K279a (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Pandey, S. / Berger, B.W. / Acharya, R.

資金援助

インド,

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural insights into the mechanism of pH-selective substrate specificity of the polysaccharide lyase Smlt1473.
著者: Pandey, S. / Mahanta, P. / Berger, B.W. / Acharya, R.

履歴

登録	2021年7月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7fi2.cif.gz	80.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7fi2.ent.gz	55.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7fi2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7fi2_validation.pdf.gz	445.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7fi2_full_validation.pdf.gz	446.4 KB	表示
XML形式データ	7fi2_validation.xml.gz	13.7 KB	表示
CIF形式データ	7fi2_validation.cif.gz	18.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/7fi2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/7fi2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7fhuSC 7fhvC 7fhwC 7fhxC 7fhyC 7fhzC 7fi0C 7fi1C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7fhz-d 7fhx-1 7fhw-1 7fhw-2 7ci8-1 1e5n-1 4mhb-6 4h8n-2 7fhx-2 7fhv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Polysaccharide lyase

ヘテロ分子

35.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.564, 75.564, 112.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Polysaccharide lyase / PL / Alginate lyase / Endolytic polysaccharide lyase / Hyaluronate lyase / Multifunctional ...PL / Alginate lyase / Endolytic polysaccharide lyase / Hyaluronate lyase / Multifunctional polysaccharide lyase / Poly-beta-D-glucuronate lyase 分子量: 35361.633 Da / 分子数: 1 / 変異: H168A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia K279a (バクテリア) 株: K279a / 遺伝子: Smlt1473 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: B2FHL8, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.03 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.2M LiSo4 Monohydrate, 0.1M Sodium acetate trihdyrate pH-5.0 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2018年12月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→65.44 Å / Num. obs: 11515 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 10.07 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 16.59
反射シェル	解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 4.25 % / R_merge(I) obs: 0.3313 / Num. unique obs: 1013 / CC_1/2: 0.909 / % possible all: 78.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PROTEUM PLUS		データ削減
PROTEUM PLUS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7FHU

7fhu

解像度: 2.6→65.309 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.891 / SU B: 9.059 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.844 / ESU R Free: 0.297 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2316	515	4.497 %
R_work	0.1873	10936	-
all	0.189	-	-
obs	-	11451	96.389 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.782 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.272 Å²	-0.136 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.272 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.881 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→65.309 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2402	0	31	80	2513

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	2495
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2277
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.568	1.64	3391
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.319	1.585	5196
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.399	5	307
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.998	20.719	153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.381	15	362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.006	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	302
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2908
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	636
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	616
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	2162
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	1212
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1108
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.254	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.053	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.471	2.086	1231
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.437	2.083	1230
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.43	3.121	1537
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.438	3.125	1538
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.653	2.316	1264
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.646	2.308	1257
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.735	3.381	1854
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.74	3.368	1843
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.441	24.328	2910
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.424	24.336	2904

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.6-2.667	0.279	26	0.275	630	0.275	852	0.886	0.896	76.9953	0.233
2.667-2.74	0.422	33	0.24	681	0.247	845	0.82	0.919	84.497	0.193
2.74-2.82	0.285	33	0.217	712	0.22	813	0.907	0.933	91.6359	0.18
2.82-2.906	0.24	43	0.212	744	0.214	802	0.927	0.932	98.1297	0.173
2.906-3.001	0.244	32	0.204	716	0.206	754	0.927	0.935	99.2042	0.165
3.001-3.107	0.238	30	0.202	711	0.203	745	0.927	0.937	99.4631	0.169
3.107-3.224	0.311	26	0.19	701	0.194	727	0.904	0.944	100	0.161
3.224-3.355	0.264	12	0.194	679	0.195	691	0.949	0.953	100	0.174
3.355-3.504	0.167	30	0.181	642	0.18	672	0.962	0.959	100	0.165
3.504-3.674	0.194	27	0.167	617	0.168	644	0.959	0.964	100	0.152
3.674-3.872	0.274	33	0.17	578	0.176	612	0.929	0.961	99.8366	0.156
3.872-4.106	0.17	20	0.159	567	0.16	587	0.949	0.964	100	0.147
4.106-4.388	0.29	15	0.154	538	0.157	554	0.936	0.967	99.8195	0.148
4.388-4.738	0.252	34	0.148	469	0.155	503	0.939	0.968	100	0.142
4.738-5.188	0.248	33	0.166	444	0.172	477	0.947	0.965	100	0.158
5.188-5.795	0.132	23	0.205	411	0.201	434	0.959	0.959	100	0.184
5.795-6.683	0.161	26	0.189	367	0.188	393	0.963	0.963	100	0.179
6.683-8.164	0.179	19	0.162	319	0.163	339	0.963	0.976	99.705	0.159
8.164-11.456	0.177	14	0.15	247	0.151	262	0.968	0.977	99.6183	0.157
11.456-65.309	0.354	6	0.374	162	0.373	172	0.837	0.9	97.6744	0.328

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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