PDB-7fhx: Crystal structure of Multi-functional Polysaccharide lyase Smlt14...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7fhx

タイトル

Crystal structure of Multi-functional Polysaccharide lyase Smlt1473 (WT) from Stenotrophomonas maltophilia (strain K279a) in apo form at pH 5.0

要素

Polysaccharide lyase

キーワード

LYASE (リアーゼ) / Anionic Polysaccharide lyase

機能・相同性

機能・相同性情報

glucuronan lyase /

glucuronan lyase activity /

mannuronate-specific alginate lyase /

poly(beta-D-mannuronate) lyase activity /

付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する /

hyaluronate lyase /

hyaluronate lyase activity / polysaccharide catabolic process / cell outer membrane /

ペリプラズム
類似検索 - 分子機能

生物種

Stenotrophomonas maltophilia K279a (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.63 Å

データ登録者

Pandey, S. / Berger, B.W. / Acharya, R.

資金援助

インド,

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural insights into the mechanism of pH-selective substrate specificity of the polysaccharide lyase Smlt1473.
著者: Pandey, S. / Mahanta, P. / Berger, B.W. / Acharya, R.

履歴

登録	2021年7月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7fhx.cif.gz	136.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7fhx.ent.gz	101.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7fhx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/7fhx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/7fhx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7fhuSC 7fhvC 7fhwC 7fhyC 7fhzC 7fi0C 7fi1C 7fi2C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7fhw-1 7fhz-d 7fhv-1 7fi2-d 4bh6-7 7fhw-2 7fhy-2 4mhb-2 7fhx-2 1hju-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Polysaccharide lyase

B: Polysaccharide lyase

ヘテロ分子

71.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Polysaccharide lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Polysaccharide lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.131, 94.737, 160.499
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Polysaccharide lyase / PL / Alginate lyase / Endolytic polysaccharide lyase / Hyaluronate lyase / Multifunctional ...PL / Alginate lyase / Endolytic polysaccharide lyase / Hyaluronate lyase / Multifunctional polysaccharide lyase / Poly-beta-D-glucuronate lyase 分子量: 35428.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia K279a (バクテリア) 株: K279a / 遺伝子: Smlt1473 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: B2FHL8, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.63 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.2M LiSo4 Monohydrate, 0.1M sodium acetate trihydrate pH 5.0, 30% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2017年12月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.63→47.36 Å / Num. obs: 21068 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 10.35 % / CC_1/2: 0.988 / R_merge(I) obs: 0.1598 / Net I/σ(I): 14.36
反射シェル	解像度: 2.63→2.73 Å / 冗長度: 3.86 % / R_merge(I) obs: 0.5177 / Mean I/σ(I) obs: 2.62 / Num. unique obs: 1737 / CC_1/2: 0.635 / % possible all: 71.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PROTEUM PLUS		データ削減
PROTEUM PLUS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7FHU

7fhu

解像度: 2.63→47.304 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.884 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.82 / SU B: 13.257 / SU ML: 0.271 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 2.633 / ESU R Free: 0.372 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2719	1031	4.904 %
R_work	0.2247	19993	-
all	0.227	-	-
obs	-	21024	91.175 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.07 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.513 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.716 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.203 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.63→47.304 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4840	0	19	71	4930

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	4992
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.017	4560
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.412	1.64	6793
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.263	1.586	10416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.696	5	616
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.779	21.046	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.286	15	735
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.289	15	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	606
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5851
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1271
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	1156
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	4298
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.158	0.2	2393
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	2259
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	103
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.256	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.166	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.153	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.77	1.347	2470
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.767	1.345	2469
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.358	2.016	3084
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.358	2.017	3085
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.74	1.435	2522
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.74	1.433	2519
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.305	2.118	3709
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.305	2.116	3704
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.715	15.238	5679
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.715	15.245	5679

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.63-2.698	0.4	56	0.355	1141	0.357	1679	0.737	0.774	71.2924	0.318
2.698-2.772	0.347	79	0.282	1356	0.285	1621	0.808	0.861	88.5256	0.251
2.772-2.852	0.312	77	0.275	1316	0.277	1570	0.855	0.876	88.7261	0.248
2.852-2.94	0.287	60	0.259	1311	0.261	1548	0.832	0.862	88.5659	0.235
2.94-3.036	0.318	58	0.245	1312	0.248	1508	0.83	0.882	90.8488	0.218
3.036-3.142	0.258	76	0.246	1274	0.246	1441	0.886	0.886	93.6849	0.217
3.142-3.26	0.271	61	0.237	1292	0.238	1409	0.877	0.91	96.0256	0.209
3.26-3.392	0.296	57	0.23	1202	0.233	1317	0.905	0.923	95.5961	0.205
3.392-3.542	0.309	48	0.227	1205	0.23	1309	0.883	0.914	95.7219	0.2
3.542-3.714	0.244	56	0.223	1135	0.224	1251	0.906	0.92	95.2038	0.203
3.714-3.914	0.269	59	0.194	1048	0.199	1172	0.926	0.935	94.4539	0.175
3.914-4.149	0.237	55	0.181	1033	0.183	1141	0.939	0.95	95.3549	0.162
4.149-4.433	0.209	46	0.17	961	0.172	1066	0.948	0.96	94.4653	0.153
4.433-4.785	0.232	41	0.179	894	0.182	993	0.946	0.951	94.1591	0.161
4.785-5.236	0.253	50	0.186	813	0.19	920	0.932	0.954	93.8043	0.17
5.236-5.846	0.236	39	0.201	747	0.202	841	0.934	0.954	93.4602	0.175
5.846-6.733	0.232	31	0.206	670	0.208	759	0.943	0.939	92.3584	0.182
6.733-8.204	0.239	43	0.179	564	0.183	656	0.925	0.952	92.5305	0.166
8.204-11.432	0.187	19	0.171	447	0.172	513	0.969	0.965	90.8382	0.158
11.432-47.304	0.39	20	0.346	272	0.348	336	0.82	0.907	86.9048	0.319

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