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- PDB-7fh3: Crystal structure of the ATP sulfurylase domain of human PAPSS2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fh3
タイトルCrystal structure of the ATP sulfurylase domain of human PAPSS2
要素Bifunctional 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate synthase 2
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / ATP sulfurylase
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective PAPSS2 causes SEMD-PA / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate biosynthetic process / Transport and synthesis of PAPS / adenylyl-sulfate kinase / sulfate adenylyltransferase / adenylylsulfate kinase activity / sulfate adenylyltransferase (ATP) activity / Metabolism of ingested H2SeO4 and H2SeO3 into H2Se / sulfate assimilation / hormone metabolic process ...Defective PAPSS2 causes SEMD-PA / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate biosynthetic process / Transport and synthesis of PAPS / adenylyl-sulfate kinase / sulfate adenylyltransferase / adenylylsulfate kinase activity / sulfate adenylyltransferase (ATP) activity / Metabolism of ingested H2SeO4 and H2SeO3 into H2Se / sulfate assimilation / hormone metabolic process / nucleotidyltransferase activity / bone development / blood coagulation / phosphorylation / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sulphate adenylyltransferase / Sulphate adenylyltransferase catalytic domain / ATP-sulfurylase PUA-like domain / ATP-sulfurylase / PUA-like domain / Adenylylsulphate kinase / Adenylyl-sulfate kinase / PUA-like superfamily / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / Bifunctional 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zhang, P. / Zhang, L. / Zhang, L.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91853118 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22077081 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21722802 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Structural basis for the substrate recognition mechanism of ATP-sulfurylase domain of human PAPS synthase 2.
著者: Zhang, P. / Zhang, L. / Hou, Z. / Lin, H. / Gao, H. / Zhang, L.
履歴
登録2021年7月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate synthase 2
B: Bifunctional 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,55116
ポリマ－90,0382
非ポリマー1,51314
水14,034779
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5670 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area33120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)179.859, 179.859, 79.289
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate synthase 2 / ATP sulfurylase / PAPS synthase 2 / PAPSS 2 / Sulfurylase kinase 2 / SK 2 / SK2


分子量: 45018.793 Da / 分子数: 2 / 断片: Sulfate adenylyltransferase,ATP sulfurylase / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAPSS2, ATPSK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O95340, sulfate adenylyltransferase, adenylyl-sulfate kinase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 779 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.9 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 200mM (NH4)2SO4, 0.1M HEPES, pH7.5, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 86380 / % possible obs: 98.13 % / 冗長度: 9.1 % / CC1/2: 0.979 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Num. unique obs: 8727 / CC1/2: 0.365

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1X6V

1x6v


解像度: 1.8→47.27 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 19.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1987 4441 5.14 %
Rwork0.1687 81939 -
obs0.1703 86380 98.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 86 Å2 / Biso mean: 26.1442 Å2 / Biso min: 5.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→47.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6290 0 84 779 7153
Biso mean--41.15 34.13 -
残基数----782
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.820.28051180.25532115223378
1.82-1.850.26411310.25272585271691
1.85-1.870.30181330.2362625275895
1.87-1.890.26611750.21652612278795
1.89-1.920.25321490.20432716286597
1.92-1.940.2441650.19762679284497
1.94-1.970.25731360.19182752288898
1.97-20.2281160.1912788290499
2-2.030.23071470.18292737288499
2.03-2.070.21621370.177527682905100
2.07-2.10.1971640.178127932957100
2.1-2.140.20221550.17732745290099
2.14-2.180.21221270.18082805293299
2.18-2.220.2191630.176327282891100
2.22-2.270.22631620.168127722934100
2.27-2.330.21551770.176927492926100
2.33-2.380.21421530.17427692922100
2.38-2.450.21011290.170727912920100
2.45-2.520.22721540.168627812935100
2.52-2.60.19061700.161527672937100
2.6-2.690.21681490.159527942943100
2.69-2.80.18971250.174428202945100
2.8-2.930.16831380.164527772915100
2.93-3.080.2051380.16727902928100
3.08-3.280.20631830.164827752958100
3.28-3.530.20951270.162728012928100
3.53-3.890.16531640.145627732937100
3.89-4.450.18721410.135927992940100
4.45-5.60.13871550.151427822937100
5.6-47.270.17441600.17352751291199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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