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万見
- PDB-7fdc: CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, state3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fdc
タイトルCryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, state3
要素
  • (V-type proton ATPase subunit ...) x 11
  • (Yeast Vacuolar ATPase ...) x 3
  • Fusion of yeast V-type proton ATPase subunit H(NT) and human V-type proton ATPase subunit H(CT)
  • V0 assembly protein 1
キーワードMOTOR PROTEIN / ATPase / proton pump / rotary motor enzyme / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Blockage of phagosome acidification / Ion channel transport / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in lysosome biogenesis and autophagy / vacuole-mitochondrion membrane contact site / intracellular pH reduction / Nef Mediated CD8 Down-regulation / cell wall mannoprotein biosynthetic process / protein localization to vacuolar membrane / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / cellular response to alkaline pH ...Blockage of phagosome acidification / Ion channel transport / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in lysosome biogenesis and autophagy / vacuole-mitochondrion membrane contact site / intracellular pH reduction / Nef Mediated CD8 Down-regulation / cell wall mannoprotein biosynthetic process / protein localization to vacuolar membrane / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / cellular response to alkaline pH / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / polyphosphate metabolic process / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / proteasome storage granule assembly / P-type proton-exporting transporter activity / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / Transferrin endocytosis and recycling / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / vacuolar transport / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / clathrin-coated vesicle membrane / lysosomal lumen acidification / endosomal lumen acidification / vacuole organization / protein targeting to vacuole / proton-transporting V-type ATPase complex / Amino acids regulate mTORC1 / pexophagy / fungal-type vacuole / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / Nef Mediated CD4 Down-regulation / ROS and RNS production in phagocytes / cellular hyperosmotic response / vacuolar acidification / fungal-type vacuole membrane / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / proton transmembrane transporter activity / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / intracellular copper ion homeostasis / regulation of macroautophagy / ATP metabolic process / Insulin receptor recycling / enzyme regulator activity / Neutrophil degranulation / RNA endonuclease activity / proton transmembrane transport / cell periphery / transmembrane transport / endocytosis / intracellular calcium ion homeostasis / cytoplasmic stress granule / ATPase binding / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / endosome membrane / membrane raft / Golgi membrane / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / extracellular exosome / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
ATPase, V1 complex, subunit H / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal domain superfamily / V-ATPase subunit H / V-ATPase subunit H / : / V-type proton ATPase subunit f-like / ATPase, V1 complex, subunit C / Vacuolar ATP synthase subunit C superfamily / V-ATPase subunit C ...ATPase, V1 complex, subunit H / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal domain superfamily / V-ATPase subunit H / V-ATPase subunit H / : / V-type proton ATPase subunit f-like / ATPase, V1 complex, subunit C / Vacuolar ATP synthase subunit C superfamily / V-ATPase subunit C / Ribonuclease kappa / V-type proton ATPase subunit S1/VOA1, transmembrane domain / V0 complex accessory subunit Ac45/VOA1 transmembrane domain / ATPase, V1 complex, subunit B / ATPase, V1 complex, subunit F, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2 / ATP synthase subunit H / ATPase, V0 complex, subunit d / V-ATPase proteolipid subunit C, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit 116kDa, eukaryotic / ATPase, V0 complex, c/d subunit / V-type ATPase subunit C/d / V-type ATP synthase subunit c/d subunit superfamily / V-type ATP synthase c/d subunit, domain 3 superfamily / ATP synthase (C/AC39) subunit / V-ATPase proteolipid subunit / V-type ATPase, V0 complex, 116kDa subunit family / V-type ATPase 116kDa subunit family / V-type ATPase subunit E / V-type ATPase subunit E, C-terminal domain superfamily / ATP synthase (E/31 kDa) subunit / ATPase, V1 complex, subunit D / ATPase, V1 complex, subunit F / ATPase, V1 complex, subunit F superfamily / ATP synthase subunit D / ATP synthase (F/14-kDa) subunit / V-type ATP synthase regulatory subunit B/beta / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C / : / C-terminal domain of V and A type ATP synthase / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
V-type proton ATPase subunit f / V-type proton ATPase subunit B / V-type proton ATPase subunit E / V-type proton ATPase subunit c'' / V-type proton ATPase subunit c / V-type proton ATPase subunit C / V-type proton ATPase subunit d / V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform / V-type proton ATPase subunit D / V-type proton ATPase subunit c' ...V-type proton ATPase subunit f / V-type proton ATPase subunit B / V-type proton ATPase subunit E / V-type proton ATPase subunit c'' / V-type proton ATPase subunit c / V-type proton ATPase subunit C / V-type proton ATPase subunit d / V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform / V-type proton ATPase subunit D / V-type proton ATPase subunit c' / V-type proton ATPase subunit F / V-type proton ATPase subunit H / V0 assembly protein 1 / V-type proton ATPase subunit e / V-type proton ATPase subunit H
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.6 Å
データ登録者Khan, M.M. / Lee, S. / Oot, R.A. / Couoh-Cardel, S. / KIm, H. / Wilkens, S. / Roh, S.H.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM058600 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA228340 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM141908 米国
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2022
タイトル: Oxidative stress protein Oxr1 promotes V-ATPase holoenzyme disassembly in catalytic activity-independent manner.
著者: Md Murad Khan / Seowon Lee / Sergio Couoh-Cardel / Rebecca A Oot / Hyunmin Kim / Stephan Wilkens / Soung-Hun Roh /
要旨: The vacuolar ATPase (V-ATPase) is a rotary motor proton pump that is regulated by an assembly equilibrium between active holoenzyme and autoinhibited V -ATPase and V proton channel subcomplexes. ...The vacuolar ATPase (V-ATPase) is a rotary motor proton pump that is regulated by an assembly equilibrium between active holoenzyme and autoinhibited V -ATPase and V proton channel subcomplexes. Here, we report cryo-EM structures of yeast V-ATPase assembled in vitro from lipid nanodisc reconstituted V and mutant V . Our analysis identified holoenzymes in three active rotary states, indicating that binding of V to V provides sufficient free energy to overcome V autoinhibition. Moreover, the structures suggest that the unequal spacing of V 's proton-carrying glutamic acid residues serves to alleviate the symmetry mismatch between V and V motors, a notion that is supported by mutagenesis experiments. We also uncover a structure of free V bound to Oxr1, a conserved but poorly characterized factor involved in the oxidative stress response. Biochemical experiments show that Oxr1 inhibits V -ATPase and causes disassembly of the holoenzyme, suggesting that Oxr1 plays a direct role in V-ATPase regulation.
履歴
登録2021年7月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月12日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-31540
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Yeast Vacuolar ATPase A subunit
B: V-type proton ATPase subunit B
C: Yeast Vacuolar ATPase A subunit
D: V-type proton ATPase subunit B
E: Yeast Vacuolar ATPase A subunit
F: V-type proton ATPase subunit B
G: V-type proton ATPase subunit E
H: V-type proton ATPase subunit G
I: V-type proton ATPase subunit E
J: V-type proton ATPase subunit G
K: V-type proton ATPase subunit E
L: V-type proton ATPase subunit G
M: V-type proton ATPase subunit D
N: V-type proton ATPase subunit F
O: V-type proton ATPase subunit C
P: Fusion of yeast V-type proton ATPase subunit H(NT) and human V-type proton ATPase subunit H(CT)
Q: Yeast Vacuolar ATPase a subunit
S: V-type proton ATPase subunit d
T: V-type proton ATPase subunit c''
U: V-type proton ATPase subunit c'
V: V-type proton ATPase subunit c
W: V-type proton ATPase subunit c
X: V-type proton ATPase subunit c
Y: V-type proton ATPase subunit c
Z: V-type proton ATPase subunit c
a: V-type proton ATPase subunit c
b: V-type proton ATPase subunit c
c: V-type proton ATPase subunit c
d: V-type proton ATPase subunit e
e: V0 assembly protein 1
f: Yeast Vacuolar ATPase f subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)991,82531
ポリマ－991,82531
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy, Concanamycin A sensitive MgATPase activity
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area119050 Å2
ΔGint-887 kcal/mol
Surface area366840 Å2

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要素

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Yeast Vacuolar ATPase ... , 3種, 5分子 ACEQf

#1: タンパク質 Yeast Vacuolar ATPase A subunit


分子量: 67796.508 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 参照: H+-transporting two-sector ATPase
#9: タンパク質 Yeast Vacuolar ATPase a subunit / V-ATPase a 1 subunit


分子量: 95625.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P32563
#16: タンパク質 Yeast Vacuolar ATPase f subunit


分子量: 9369.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P0C5R9

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V-type proton ATPase subunit ... , 11種, 24分子 BDFGIKHJLMNOSTUVWXYZabcd

#2: タンパク質 V-type proton ATPase subunit B / V-ATPase subunit B


分子量: 57815.023 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P16140
#3: タンパク質 V-type proton ATPase subunit E / V-ATPase subunit E


分子量: 26508.393 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P22203
#4: タンパク質 V-type proton ATPase subunit G


分子量: 13735.680 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c
#5: タンパク質 V-type proton ATPase subunit D / V-ATPase subunit D


分子量: 29235.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P32610
#6: タンパク質 V-type proton ATPase subunit F / V-ATPase subunit F


分子量: 13479.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P39111
#7: タンパク質 V-type proton ATPase subunit C / V-ATPase subunit C


分子量: 44241.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: VMA5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: P31412
#10: タンパク質 V-type proton ATPase subunit d / V-ATPase subunit d


分子量: 39822.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P32366
#11: タンパク質 V-type proton ATPase subunit c'' / V-ATPase subunit c''


分子量: 22610.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P23968
#12: タンパク質 V-type proton ATPase subunit c' / V-ATPase subunit c'


分子量: 17046.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P32842
#13: タンパク質
V-type proton ATPase subunit c / V-ATPase subunit c


分子量: 16357.501 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P25515
#14: タンパク質 V-type proton ATPase subunit e / V-ATPase subunit e


分子量: 8387.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q3E7B6

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タンパク質 , 2種, 2分子 Pe

#8: タンパク質 Fusion of yeast V-type proton ATPase subunit H(NT) and human V-type proton ATPase subunit H(CT) / V-ATPase subunit H


分子量: 53885.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
株: S288c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: P41807, UniProt: Q9UI12
#15: タンパク質 V0 assembly protein 1


分子量: 29694.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P53262

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来詳細
1Yeast Vacuolar ATPase in rotary state 3COMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Yeast Vacuolar ATPase C subunitCOMPLEX#71RECOMBINANT
3Chimeric subunit HCOMPLEX#81RECOMBINANTFusion of yeast V-type proton ATPase subunit H(NT) and human V-type proton ATPase subunit H(CT)
4V-type proton ATPase subunitsCOMPLEX#2-#3, #5-#6, #9-#161NATURALV-ATPase subunits purified from natural source
分子量値: 1 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)559292
22Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)559292
32Homo sapiens (ヒト)9606
43Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)559292
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Escherichia coli (大腸菌)562
22Escherichia coli (大腸菌)562
32Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 15741
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19rc6_4061: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
11cryoSPARC最終オイラー角割当
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 6.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 15741 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00365666
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.56288844
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.1788920
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03810243
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00411334

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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