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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7fd8 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Thermostabilised full length human mGluR5-5M bound with L-quisqualic acid | ||||||||||||||||||
要素 | Metabotropic glutamate receptor 5 | ||||||||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / G protein coupled receptors / Signal transduction / Metabotropic glutamate receptor 5 (GRM5) | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 A2A adenosine receptor binding / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / astrocyte projection ...A2A adenosine receptor binding / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / astrocyte projection / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / : / glutamate receptor activity / Neurexins and neuroligins / protein tyrosine kinase activator activity / : / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / protein tyrosine kinase binding / dendritic shaft / learning / locomotory behavior / G protein-coupled receptor activity / postsynaptic density membrane / synapse organization / Schaffer collateral - CA1 synapse / cognition / cellular response to amyloid-beta / G alpha (q) signalling events / chemical synaptic transmission / positive regulation of MAPK cascade / dendritic spine / learning or memory / glutamatergic synapse / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Vinothkumar, K.R. / Cannone, G. / Lebon, G. | ||||||||||||||||||
資金援助 | インド, 英国, フランス, 5件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021 タイトル: Agonists and allosteric modulators promote signaling from different metabotropic glutamate receptor 5 conformations. 著者: Chady Nasrallah / Giuseppe Cannone / Julie Briot / Karine Rottier / Alice E Berizzi / Chia-Ying Huang / Robert B Quast / Francois Hoh / Jean-Louis Banères / Fanny Malhaire / Ludovic Berto / ...著者: Chady Nasrallah / Giuseppe Cannone / Julie Briot / Karine Rottier / Alice E Berizzi / Chia-Ying Huang / Robert B Quast / Francois Hoh / Jean-Louis Banères / Fanny Malhaire / Ludovic Berto / Anaëlle Dumazer / Joan Font-Ingles / Xavier Gómez-Santacana / Juanlo Catena / Julie Kniazeff / Cyril Goudet / Amadeu Llebaria / Jean-Philippe Pin / Kutti R Vinothkumar / Guillaume Lebon / 要旨: Metabotropic glutamate receptors (mGluRs) are dimeric G-protein-coupled receptors activated by the main excitatory neurotransmitter, L-glutamate. mGluR activation by agonists binding in the venus ...Metabotropic glutamate receptors (mGluRs) are dimeric G-protein-coupled receptors activated by the main excitatory neurotransmitter, L-glutamate. mGluR activation by agonists binding in the venus flytrap domain is regulated by positive (PAM) or negative (NAM) allosteric modulators binding to the 7-transmembrane domain (7TM). We report the cryo-electron microscopy structures of fully inactive and intermediate-active conformations of mGlu receptor bound to an antagonist and a NAM or an agonist and a PAM, respectively, as well as the crystal structure of the 7TM bound to a photoswitchable NAM. The agonist induces a large movement between the subunits, bringing the 7TMs together and stabilizing a 7TM conformation structurally similar to the inactive state. Using functional approaches, we demonstrate that the PAM stabilizes a 7TM active conformation independent of the conformational changes induced by agonists, representing an alternative mode of mGlu activation. These findings provide a structural basis for different mGluR activation modes. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7fd8.cif.gz | 305.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7fd8.ent.gz | 250.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7fd8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7fd8_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7fd8_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7fd8_validation.xml.gz | 60.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7fd8_validation.cif.gz | 88.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/7fd8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/7fd8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 96953.977 Da / 分子数: 2 / 変異: H350L, N445A, T742A, S753A, T777A, I799A, A813L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRM5, GPRC1E, MGLUR5 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 GNTI(-) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P41594 #2: 糖 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human FL mGluR5-5M with L-quisqualic acid and PAM VU0424465, agonist bound state タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.194 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293S GnTI- / プラスミド: BacMam | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2.85 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: mGluR5 with L-quisqualic acid and ago PAM (VU0424464) purified in DDM/CHS | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283.15 K / 詳細: Blot force was 10, 3.5 seconds blotting time |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 倍率(補正後): 44500 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 67 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 14604 詳細: Dose rate was 5.894 e/p/s. Total number of frames is 48 and each frame had a dose of 1.39 e/A2 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum 詳細: Imaging was done in EFTEM mode. Images were collected using beam shift in a series of 3x3 holes before stage shift. Active beam tilt compensation was turned on during the acquisition. エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 48 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 655344 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 118016 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 113.4 / プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / 詳細: Refinement was performed with jelly body restraints | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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