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万見
- PDB-7fbp: FXIIa-cMCoFx1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fbp
タイトルFXIIa-cMCoFx1 complex
要素
  • Coagulation factor XIIa light chain第XII因子
  • cMCoFx1
キーワードBLOOD CLOTTING (凝固・線溶系) / Serine protease (セリンプロテアーゼ) / Inhibitor / macrocyclic peptide / Cyclotide (シクロチド)
機能・相同性
機能・相同性情報


第XII因子 / plasma kallikrein-kinin cascade / Factor XII activation / Defective SERPING1 causes hereditary angioedema / response to misfolded protein / positive regulation of plasminogen activation / blood coagulation, intrinsic pathway / positive regulation of fibrinolysis / misfolded protein binding / zymogen activation ...第XII因子 / plasma kallikrein-kinin cascade / Factor XII activation / Defective SERPING1 causes hereditary angioedema / response to misfolded protein / positive regulation of plasminogen activation / blood coagulation, intrinsic pathway / positive regulation of fibrinolysis / misfolded protein binding / zymogen activation / Defective factor XII causes hereditary angioedema / protein autoprocessing / positive regulation of blood coagulation / 小胞体 / fibrinolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / protein processing / 凝固・線溶系 / collagen-containing extracellular matrix / serine-type endopeptidase activity / 自然免疫系 / calcium ion binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Coagulation factor XII/hepatocyte growth factor activator / フィブロネクチンI型ドメイン / Fibronectin, type I / Fibronectin type-I domain signature. / Fibronectin type-I domain profile. / Fibronectin type 1 domain / フィブロネクチンII型ドメイン / Fibronectin type II domain superfamily / フィブロネクチンII型ドメイン / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. ...Coagulation factor XII/hepatocyte growth factor activator / フィブロネクチンI型ドメイン / Fibronectin, type I / Fibronectin type-I domain signature. / Fibronectin type-I domain profile. / Fibronectin type 1 domain / フィブロネクチンII型ドメイン / Fibronectin type II domain superfamily / フィブロネクチンII型ドメイン / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / EGF様ドメイン / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Epidermal growth factor-like domain. / Kringle-like fold / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF様ドメイン / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Sengoku, T. / Liu, W. / de Veer, S.J. / Huang, Y.H. / Okada, C. / Zdenek, C.N. / Fry, B.G. / Swedberg, J.E. / Passioura, T. / Craik, D.J. ...Sengoku, T. / Liu, W. / de Veer, S.J. / Huang, Y.H. / Okada, C. / Zdenek, C.N. / Fry, B.G. / Swedberg, J.E. / Passioura, T. / Craik, D.J. / Suga, H. / Ogata, K.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: An Ultrapotent and Selective Cyclic Peptide Inhibitor of Human beta-Factor XIIa in a Cyclotide Scaffold.
著者: Liu, W. / de Veer, S.J. / Huang, Y.H. / Sengoku, T. / Okada, C. / Ogata, K. / Zdenek, C.N. / Fry, B.G. / Swedberg, J.E. / Passioura, T. / Craik, D.J. / Suga, H.
履歴
登録2021年7月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coagulation factor XIIa light chain
B: cMCoFx1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7383
ポリマ－29,5832
非ポリマー1,1551
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint13 kcal/mol
Surface area12180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.190, 76.830, 41.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.392, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Coagulation factor XIIa light chain / 第XII因子 / Beta-factor XIIa part 2 / FXIIa


分子量: 25941.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00748
#2: タンパク質・ペプチド cMCoFx1


分子量: 3642.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1155.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-3DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-1-1/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d3-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpN]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.83 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 200mM sodium acetate trihydrate pH 7.0, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→41.01 Å / Num. obs: 65611 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.83 % / Biso Wilson estimate: 28.87 Å2 / CC1/2: 0.966 / Net I/σ(I): 8.89
反射 シェル解像度: 1.99→2.11 Å / Num. unique obs: 2745 / CC1/2: 0.572 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.18.2_3874精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6B77

6b77


解像度: 1.99→41.01 Å / SU ML: 0.2891 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.9954
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2475 1699 9.94 %
Rwork0.1983 15398 -
obs0.2031 17097 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→41.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2014 0 75 148 2237
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00452138
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72892909
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0464333
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005375
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.4135774
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.99-2.050.35671370.30151292X-RAY DIFFRACTION99.37
2.05-2.110.32531390.27511270X-RAY DIFFRACTION99.37
2.11-2.190.30321380.26661259X-RAY DIFFRACTION99.29
2.19-2.280.28881510.25931276X-RAY DIFFRACTION99.44
2.28-2.380.32211400.21761283X-RAY DIFFRACTION99.93
2.38-2.510.30211460.21971265X-RAY DIFFRACTION99.79
2.51-2.660.27291360.21561293X-RAY DIFFRACTION99.65
2.66-2.870.24041350.19961284X-RAY DIFFRACTION99.58
2.87-3.160.26311470.18851279X-RAY DIFFRACTION99.93
3.16-3.620.24491430.18211294X-RAY DIFFRACTION99.93
3.62-4.550.1911410.16131303X-RAY DIFFRACTION99.79
4.56-41.010.20951460.17621300X-RAY DIFFRACTION99.45
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.20427212871-0.1141982734970.4864626073174.1679665701-1.334841584713.24401348678-0.00262213316621-0.08266022791690.0111020362460.2923725109520.01957449039890.136152628534-0.0875835148831-0.0355524831479-0.0153821148520.1471280941180.00232818161330.01128142523010.179883473393-0.003440159507960.2453214378062.292-1.718.745
22.816923605690.5379983769640.355524342113.279936910940.382167560151.967139672150.0547796549048-0.0547043082886-0.1315263261680.121359856591-0.00738590797365-0.00534414151040.2340159265460.0341022271385-0.01665622537750.2256494175970.02067443180640.0216341821970.1862515054460.01495111292090.2406669595734.843-6.1857.791
34.205433718822.18870622824-1.263430562884.57611693810.4327153311354.47232620537-0.1394073489940.0973029475688-0.0130861199068-0.262803988325-0.039704060069-0.0871051562385-0.1210503906430.08008268077530.08165781468610.2380619100620.0134407069291-0.0734956301970.2077966297090.07720850602670.2261274629253.7738.474-2.789
42.83524767591-0.612798223640.4602932340163.09748991114-0.5096307601222.4259719286-0.007642751423860.1274203423230.132006905685-0.128515417281-0.0226821938704-0.288969190006-0.0930378412350.0556512344110.00116355332460.164214191632-0.02210269102590.03136804388260.186374040162-0.01296189808190.23046269798813.7474.253-1.309
54.728233330590.427740647451.343792046875.043202153532.695076256564.41461303751-0.004103291114370.2052287983020.3757485003390.440644992489-0.09938685279180.23741374724-0.812981043952-0.210210540199-0.01480339740350.407417783364-0.02351110516190.006520126124160.2664935424420.05070309276290.3990838889814.98515.39811.699
68.68857728096-0.8019719329981.288156514495.70913652796-2.698766400027.028636826180.253921709915-0.333472374245-0.5286234008940.673810307464-0.201115300790.562214537056-0.380050495005-0.400783930968-0.1030450312470.421467257608-0.000136083704966-0.009581275886290.28977745594-0.0254454276210.415734965913.24418.91811.772
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 373:427 )A373 - 427
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 428:504 )A428 - 504
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 505:532 )A505 - 532
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 533:613 )A533 - 613
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 1:14 )B1 - 14
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 15:34 )B15 - 34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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