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- PDB-7f9m: Crystal structure of the variable region of Plasmodium RIFIN #4 (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f9m
タイトルCrystal structure of the variable region of Plasmodium RIFIN #4 (PF3D7_1000500) in complex with LAIR1 (with T67L, N69S and A77T mutations)
要素
  • Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1
  • Rifin
キーワードIMMUNE SYSTEM / malaria / Plasmodium falciparum / RIFIN / LAIR1
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response-regulating signaling pathway / tertiary granule membrane / specific granule membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / adaptive immune response / Neutrophil degranulation / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Variant surface antigen Rifin / Rifin / : / Immunoglobulin domain / EF-hand domain pair / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Rifin / Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Xie, Y. / Song, H. / Li, X. / Qi, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Structural basis of malarial parasite RIFIN-mediated immune escape against LAIR1.
著者: Xie, Y. / Li, X. / Chai, Y. / Song, H. / Qi, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2021年7月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rifin
B: Rifin
C: Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1
D: Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7054
ポリマ－62,7054
非ポリマー00
水00
1
A: Rifin
C: Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3522
ポリマ－31,3522
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1650 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area13830 Å2
手法PISA
2
B: Rifin
D: Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3522
ポリマ－31,3522
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1710 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area13760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.782, 73.782, 345.328
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Rifin


分子量: 18646.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_1000500 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A143ZWD5
#2: タンパク質 Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1 / LAIR-1 / hLAIR1


分子量: 12705.982 Da / 分子数: 2 / Mutation: T67L, N69S, A77T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAIR1, CD305 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6GTX8
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.18 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M citric acid pH 3.7, 8% w/v polyethylene glycol 1,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1.03662 Å
検出器タイプ: SDMS / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03662 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 22348 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.6 % / Biso Wilson estimate: 93.28 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 22.72
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Num. unique obs: 22348 / CC1/2: 0.606

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KGR

3kgr


解像度: 2.9→47.52 Å / SU ML: 0.5136 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 42.3623 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3099 1119 5.05 %
Rwork0.254 21022 -
obs0.2568 22141 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 105.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→47.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3896 0 0 0 3896
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01113960
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.33035370
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0599628
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065692
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.74792434
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.030.48651380.43712522X-RAY DIFFRACTION99.29
3.03-3.190.41781160.37842588X-RAY DIFFRACTION99.38
3.19-3.390.37061290.33282579X-RAY DIFFRACTION99.49
3.39-3.650.37221270.27582606X-RAY DIFFRACTION99.93
3.65-4.020.35691640.25382592X-RAY DIFFRACTION99.67
4.02-4.60.26661420.21252630X-RAY DIFFRACTION99.82
4.6-5.80.28081380.24072678X-RAY DIFFRACTION99.65
5.8-47.520.27671650.22942827X-RAY DIFFRACTION98.88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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