[日本語] English
万見
- PDB-7f8y: Crystal structure of the cholecystokinin receptor CCKAR in comple... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f8y
タイトルCrystal structure of the cholecystokinin receptor CCKAR in complex with devazepide
要素fusion protein of Cholecystokinin receptor type A and Endolysin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / G protein-coulped receptor / Cholecystokinin receptor CCKAR / devazepide
機能・相同性
機能・相同性情報


cholecystokinin receptor activity / cholecystokinin signaling pathway / regulation of hormone secretion / neuropeptide receptor activity / peptide hormone binding / viral release from host cell by cytolysis / forebrain development / cellular response to hormone stimulus / peptidoglycan catabolic process / Peptide ligand-binding receptors ...cholecystokinin receptor activity / cholecystokinin signaling pathway / regulation of hormone secretion / neuropeptide receptor activity / peptide hormone binding / viral release from host cell by cytolysis / forebrain development / cellular response to hormone stimulus / peptidoglycan catabolic process / Peptide ligand-binding receptors / axonogenesis / peptide binding / neuron migration / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / G protein-coupled receptor signaling pathway / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cholecystokinin receptor type A / Cholecystokinin A receptor, N-terminal / Cholecystokinin A receptor, N-terminal domain superfamily / Cholecystokinin A receptor, N-terminal / Cholecystokinin receptor / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme ...Cholecystokinin receptor type A / Cholecystokinin A receptor, N-terminal / Cholecystokinin A receptor, N-terminal domain superfamily / Cholecystokinin A receptor, N-terminal / Cholecystokinin receptor / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1OZ / Endolysin / Cholecystokinin receptor type A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zhang, X. / He, C. / Wang, M. / Zhou, Q. / Yang, D. / Zhu, Y. / Wu, B. / Zhao, Q.
資金援助 中国, 10件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)21704064 中国
National Science Foundation (NSF, China)81773792 中国
National Science Foundation (NSF, China)81973373 中国
National Science Foundation (NSF, China)31800621 中国
National Science Foundation (NSF, China)31770796 中国
National Science Foundation (NSF, China)31971178 中国
National Science Foundation (NSF, China)81872915 中国
National Science Foundation (NSF, China)82073904 中国
National Science Foundation (NSF, China)31825010 中国
National Science Foundation (NSF, China)81525024 中国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2021
タイトル: Structures of the human cholecystokinin receptors bound to agonists and antagonists.
著者: Xuefeng Zhang / Chenglin He / Mu Wang / Qingtong Zhou / Dehua Yang / Ya Zhu / Wenbo Feng / Hui Zhang / Antao Dai / Xiaojing Chu / Jia Wang / Zhenlin Yang / Yi Jiang / Ulrich Sensfuss / ...著者: Xuefeng Zhang / Chenglin He / Mu Wang / Qingtong Zhou / Dehua Yang / Ya Zhu / Wenbo Feng / Hui Zhang / Antao Dai / Xiaojing Chu / Jia Wang / Zhenlin Yang / Yi Jiang / Ulrich Sensfuss / Qiuxiang Tan / Shuo Han / Steffen Reedtz-Runge / H Eric Xu / Suwen Zhao / Ming-Wei Wang / Beili Wu / Qiang Zhao /
要旨: Cholecystokinin receptors, CCKR and CCKR, are important neurointestinal peptide hormone receptors and play a vital role in food intake and appetite regulation. Here, we report three crystal ...Cholecystokinin receptors, CCKR and CCKR, are important neurointestinal peptide hormone receptors and play a vital role in food intake and appetite regulation. Here, we report three crystal structures of the human CCKR in complex with different ligands, including one peptide agonist and two small-molecule antagonists, as well as two cryo-electron microscopy structures of CCKR-gastrin in complex with G and G, respectively. These structures reveal the recognition pattern of different ligand types and the molecular basis of peptide selectivity in the cholecystokinin receptor family. By comparing receptor structures in different conformational states, a stepwise activation process of cholecystokinin receptors is proposed. Combined with pharmacological data, our results provide atomic details for differential ligand recognition and receptor activation mechanisms. These insights will facilitate the discovery of potential therapeutics targeting cholecystokinin receptors.
履歴
登録2021年7月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: fusion protein of Cholecystokinin receptor type A and Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8592
ポリマ－60,4501
非ポリマー4081
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area22330 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)54.780, 72.420, 86.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.284, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 fusion protein of Cholecystokinin receptor type A and Endolysin / CCK-A receptor / CCK-AR / Cholecystokinin-1 receptor / CCK1-R / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 60450.367 Da / 分子数: 1 / 変異: D87N,F130W,R1251G,G1293T,C1336A,I385R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: CCKAR, CCKRA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P32238, UniProt: P00720, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-1OZ / N-[(3S)-1-methyl-2-oxidanylidene-5-phenyl-3H-1,4-benzodiazepin-3-yl]-1H-indole-2-carboxamide / デバゼピド


分子量: 408.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H20N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: アンタゴニスト*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% (v/v) PEG400 and 350 mM ammonium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 39065 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 68.07 Å2 / CC1/2: 0.986 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2194 / CC1/2: 0.679

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSVERSION Jan 26, 2018データ削減
XSCALEVERSION Jan 26, 2018データスケーリング
PHASER1.19.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZBQ

5zbq


解像度: 2.5→29.77 Å / SU ML: 0.4634 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.5385
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2676 3524 9.02 %
Rwork0.2149 35541 -
obs0.2197 39065 89.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 80.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3468 0 31 0 3499
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00793576
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10274857
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0554571
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062593
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.29171283
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.530.40021350.39231347X-RAY DIFFRACTION87.13
2.53-2.570.35951450.36211398X-RAY DIFFRACTION87.03
2.57-2.610.38551460.34111409X-RAY DIFFRACTION88.35
2.61-2.650.42741280.31771394X-RAY DIFFRACTION88.69
2.65-2.690.34731350.33041381X-RAY DIFFRACTION87.38
2.69-2.740.33741470.3061463X-RAY DIFFRACTION89.69
2.74-2.790.33481380.29831378X-RAY DIFFRACTION89.02
2.79-2.840.35761320.30111427X-RAY DIFFRACTION88.68
2.84-2.90.32431340.28821436X-RAY DIFFRACTION87.81
2.9-2.960.32771370.28051444X-RAY DIFFRACTION92.08
2.96-3.030.36111470.27071471X-RAY DIFFRACTION91.62
3.03-3.110.2841410.26171420X-RAY DIFFRACTION90.6
3.11-3.190.31311400.24731442X-RAY DIFFRACTION90.4
3.19-3.290.28881480.22791466X-RAY DIFFRACTION90.62
3.29-3.390.27781500.22931435X-RAY DIFFRACTION91.46
3.39-3.510.29521280.23991443X-RAY DIFFRACTION90.55
3.51-3.650.30391470.21941439X-RAY DIFFRACTION88.7
3.65-3.820.25941340.20781354X-RAY DIFFRACTION87.27
3.82-4.020.29451430.19181434X-RAY DIFFRACTION90.01
4.02-4.270.231530.1971425X-RAY DIFFRACTION89.97
4.27-4.60.23551440.17591442X-RAY DIFFRACTION90.53
4.6-5.060.25941470.18091426X-RAY DIFFRACTION90.09
5.06-5.790.25551430.21061371X-RAY DIFFRACTION86.81
5.79-7.270.22691480.20781454X-RAY DIFFRACTION91.6
7.28-29.770.20551340.1631442X-RAY DIFFRACTION89.75
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.92821277326 Å / Origin y: 17.7892190846 Å / Origin z: 24.340940478 Å
111213212223313233
T0.516487852149 Å20.0671387261289 Å2-0.014340854785 Å2-0.477442425502 Å20.0146756860076 Å2--0.515209659206 Å2
L0.215196971379 °20.228695396766 °2-0.258559216409 °2--0.0920763494096 °2-0.0103012101912 °2--0.911391475391 °2
S-0.0870713418506 Å °0.0381169190857 Å °0.0458050165167 Å °0.0233837089094 Å °-0.0280275985622 Å °0.0188253363518 Å °0.0138522728184 Å °-0.00784168004447 Å °4.16157560407E-11 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る