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- PDB-7f8s: Pennisetum glaucum (Pearl millet) dehydroascorbate reductase (DHA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f8s
タイトルPennisetum glaucum (Pearl millet) dehydroascorbate reductase (DHAR) with catalytic cysteine (Cy20) in sulphenic and sulfinic acid forms.
要素(Dehydroascorbate reductase) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Pennisetum glaucum / DHAR / Dehydroascorbate reductase / sulphenic acid / sulfinic acid / cysteine oxidation
機能・相同性
機能・相同性情報


ascorbate glutathione cycle / glutathione dehydrogenase (ascorbate) / glutathione dehydrogenase (ascorbate) activity / glutathione transferase activity
類似検索 - 分子機能
Dehydroascorbate reductases DHAR1/2/3/4 / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione transferase family / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
glutathione dehydrogenase (ascorbate)
類似検索 - 構成要素
生物種Cenchrus americanus (植物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Das, B.K. / Kumar, A. / Sreeshma, N.S. / Arockiasamy, A.
資金援助 インド, 3件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR28080/BID/7/836/2018 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR28766/BRB/10/1701/2018 インド
Department of Science & Technology (DST, India)EMR/2017/005066 インド
引用
ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021
タイトル: Comparative kinetic analysis of ascorbate (Vitamin-C) recycling dehydroascorbate reductases from plants and humans.
著者: Das, B.K. / Kumar, A. / Sreekumar, S.N. / Ponraj, K. / Gadave, K. / Kumar, S. / Murali Achary, V.M. / Ray, P. / Reddy, M.K. / Arockiasamy, A.
#1: ジャーナル: Biochem Biophys Res Commun / 年: 2016
タイトル: Non-native ligands define the active site of Pennisetum glaucum (L.) R. Br dehydroascorbate reductase.
著者: Krishna Das, B. / Kumar, A. / Maindola, P. / Mahanty, S. / Jain, S.K. / Reddy, M.K. / Arockiasamy, A.
履歴
登録2021年7月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dehydroascorbate reductase
B: Dehydroascorbate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,14311
ポリマ－51,2792
非ポリマー8659
水1,54986
1
A: Dehydroascorbate reductase
ヘテロ分子

B: Dehydroascorbate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,14311
ポリマ－51,2792
非ポリマー8659
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x+1/2,-y+1/2,-z+1/41
Buried area2800 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area19650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.561, 97.561, 109.064
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Dehydroascorbate reductase


分子量: 25631.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cenchrus americanus (植物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: U5XYA0, glutathione dehydrogenase (ascorbate)
#2: タンパク質 Dehydroascorbate reductase


分子量: 25647.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cenchrus americanus (植物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: U5XYA0, glutathione dehydrogenase (ascorbate)
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.44 % / 解説: Bipyramidal crystals
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1M Sodium acetate pH 4.6, 2.0M Ammonium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→50 Å / Num. obs: 16093 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 50.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.157 / Χ2: 0.675 / Net I/σ(I): 4.3 / Num. measured all: 219205
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.63-2.68120.67670.8150.1760.6260.57597.8
2.68-2.7212.70.5877760.8920.1670.6110.57798.2
2.72-2.7813.10.5137810.9270.1430.5330.55299.1
2.78-2.8313.50.4847950.9360.1340.5030.55698.6
2.83-2.8913.50.4297670.950.1180.4460.56298.5
2.89-2.9613.70.3827910.9570.1040.3960.58198.6
2.96-3.0413.50.3247870.9710.0890.3360.68398.7
3.04-3.1213.80.287940.9820.0760.290.60199
3.12-3.2113.80.2547880.9850.0690.2640.68198.9
3.21-3.3113.80.2247860.9880.0610.2320.65299.2
3.31-3.43140.1898010.990.0510.1960.6599.4
3.43-3.5714.10.167950.9930.0430.1660.66599.5
3.57-3.7314.10.1388120.9960.0370.1430.72899.5
3.73-3.9314.10.1238060.9960.0330.1270.73599.3
3.93-4.1714.10.1138110.9970.0310.1170.71499.8
4.17-4.514.10.1078030.9970.0290.1110.86199.5
4.5-4.9514.10.1038350.9970.0280.1060.71199.8
4.95-5.6613.90.1028240.9970.0280.1060.70799.8
5.66-7.1313.60.1038510.9980.0280.1070.68599.6
7.13-5012.80.0529230.9990.0150.0540.94199

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (20-APR-2021)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
BALBES位相決定
Coot0.8.9.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EVO

5evo


解像度: 2.63→48.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU R Cruickshank DPI: 0.62 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.713 / SU Rfree Blow DPI: 0.307 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.306
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 655 4.08 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.207 16072 99.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.0312 Å20 Å20 Å2
2--4.0312 Å20 Å2
3----8.0623 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.63→48.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3248 0 45 86 3379
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0093371HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.054596HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1094SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes549HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3371HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.97
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.17
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion434SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2855SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.63→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2265 22 4.37 %
Rwork0.248 481 -
obs--97.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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