PDB-7f5n: Crystal structure of TCPTP catalytic domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7f5n

タイトル

Crystal structure of TCPTP catalytic domain

要素

Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 2

キーワード

HYDROLASE / Protein Tyrosine Phosphatase / TCPTP / PTPN2

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of interleukin-2-mediated signaling pathway / negative regulation of positive thymic T cell selection / positive regulation of PERK-mediated unfolded protein response / negative regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / negative regulation of macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / negative regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of macrophage differentiation / negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein ...negative regulation of interleukin-2-mediated signaling pathway / negative regulation of positive thymic T cell selection / positive regulation of PERK-mediated unfolded protein response / negative regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / negative regulation of macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / negative regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of macrophage differentiation / negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / negative regulation of chemotaxis / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / Interleukin-37 signaling / syntaxin binding / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / STAT family protein binding / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / insulin receptor recycling / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / negative regulation of lipid storage / T cell differentiation / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Regulation of IFNG signaling / protein tyrosine phosphatase activity / positive regulation of gluconeogenesis / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / B cell differentiation / erythrocyte differentiation / endosome lumen / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Negative regulation of MET activity / PKR-mediated signaling / receptor tyrosine kinase binding / negative regulation of inflammatory response / integrin binding / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / negative regulation of cell population proliferation / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Singh, J.P. / Lin, M.-J. / Hsu, S.-F. / Lee, C.-C. / Meng, T.-C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Crystal Structure of TCPTP Unravels an Allosteric Regulatory Role of Helix alpha 7 in Phosphatase Activity.
著者: Singh, J.P. / Lin, M.J. / Hsu, S.F. / Peti, W. / Lee, C.C. / Meng, T.C.

履歴

登録	2021年6月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年12月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7f5n.cif.gz	202.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7f5n.ent.gz	155.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7f5n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/7f5n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/7f5n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7f5oC 1l8kS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6xv1-1 5mgn-2 4mx5-d 2vc4-d 1bzh-d 6hoy-2 4rh9-d 5mf6-1 1uq5-d 4huo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (14) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (5) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (5) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #128 - 2010年8月インターフェロン (Interferons) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (14)
#145 - 2012年1月
伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping)
類似性 (5)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (5)
#224 - 2018年8月
レグマイン (Legumain)
類似性 (1)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)
#128 - 2010年8月
インターフェロン (Interferons)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 2

B: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 2

C: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 2

111 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 2

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
36.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 2

登録者が定義した集合体
36.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 2

登録者が定義した集合体
36.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.570, 68.056, 73.244
Angle α, β, γ (deg.)	112.932, 106.459, 92.459
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 2 / T-cell protein-tyrosine phosphatase / TCPTP 分子量: 36930.824 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPN2, PTPT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17706, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.4 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.15 M Ammonium nitrate, 0.1 M MES (pH-6.0), 20% v/v PEG smear medium, 5% v/v Ethylene glycol and 5.5 mM lysine dipeptide additive

-
データ収集

回折	平均測定温度: 107 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2019年8月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→20 Å / Num. obs: 63299 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 2.2 % / CC_1/2: 0.99 / CC star: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.017 / Net I/σ(I): 41.6
反射シェル	解像度: 1.93→2 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.083 / Mean I/σ(I) obs: 9.7 / Num. unique obs: 6637 / CC_1/2: 0.98 / CC star: 0.99 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1L8K

1l8k

解像度: 1.93→19.948 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 3.572 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.172 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2376	3120	4.966 %
R_work	0.1834	59707	-
all	0.186	-	-
obs	-	62827	91.178 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.787 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.153 Å²	0.09 Å²	0.072 Å²
2-	-	-0.064 Å²	0.017 Å²
3-	-	-	0.087 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→19.948 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7191	0	0	410	7601

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	7360
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6700
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.616	1.647	9955
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.353	1.576	15577
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.903	5	867
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.822	22.069	435
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.566	15	1317
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.1	15	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	934
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	8149
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1598
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	1446
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	6460
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	3538
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	3413
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	342
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.045	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.247	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.276	0.2	109
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.202	2.434	3489
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.2	2.433	3488
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.296	3.628	4349
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.296	3.63	4350
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.649	2.78	3871
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.648	2.782	3872
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.225	4.027	5606
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.224	4.028	5607
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.024	28.08	8317
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.966	28.009	8246

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.93-1.98	0.238	211	0.196	4249	X-RAY DIFFRACTION	88.3868
1.98-2.034	0.24	233	0.195	4465	X-RAY DIFFRACTION	94.9091
2.034-2.092	0.233	200	0.193	4415	X-RAY DIFFRACTION	96.852
2.092-2.156	0.229	238	0.188	4243	X-RAY DIFFRACTION	96.5733
2.156-2.226	0.244	217	0.19	4040	X-RAY DIFFRACTION	93.8078
2.226-2.303	0.307	135	0.267	2483	X-RAY DIFFRACTION	59.5677
2.303-2.388	0.238	197	0.172	3846	X-RAY DIFFRACTION	97.1875
2.388-2.484	0.257	199	0.176	3743	X-RAY DIFFRACTION	96.7837
2.484-2.593	0.257	204	0.183	3594	X-RAY DIFFRACTION	96.9372
2.593-2.717	0.257	194	0.19	3368	X-RAY DIFFRACTION	96.1144
2.717-2.861	0.275	180	0.189	3224	X-RAY DIFFRACTION	95.6986
2.861-3.031	0.235	150	0.185	3004	X-RAY DIFFRACTION	94.1493
3.031-3.235	0.242	165	0.188	2805	X-RAY DIFFRACTION	93.3962
3.235-3.487	0.226	120	0.188	2504	X-RAY DIFFRACTION	90.2028
3.487-3.808	0.228	99	0.177	2026	X-RAY DIFFRACTION	78.0676
3.808-4.238	0.22	93	0.168	1946	X-RAY DIFFRACTION	82.0523
4.238-4.858	0.19	90	0.148	1927	X-RAY DIFFRACTION	92.4805
4.858-5.864	0.225	77	0.165	1676	X-RAY DIFFRACTION	95.3235
5.864-7.957	0.197	85	0.167	1387	X-RAY DIFFRACTION	98.33
7.957-19.94	0.255	33	0.205	762	X-RAY DIFFRACTION	86.6013

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