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- PDB-7f1t: Crystal structure of the human chemokine receptor CCR5 in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f1t
タイトルCrystal structure of the human chemokine receptor CCR5 in complex with MIP-1a
要素C-C motif chemokine 3,C-C chemokine receptor type 5,Rubredoxin,C-C chemokine receptor type 5
キーワードSIGNALING PROTEIN / G protein-coupled Receptor / Chemokine receptor CCR5 / MIP-1a
機能・相同性
機能・相同性情報


chemokine (C-C motif) ligand 5 binding / lymphocyte chemotaxis / granulocyte chemotaxis / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of microglial cell migration / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / negative regulation of macrophage apoptotic process / regulation of behavior / astrocyte cell migration / alkane catabolic process ...chemokine (C-C motif) ligand 5 binding / lymphocyte chemotaxis / granulocyte chemotaxis / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of microglial cell migration / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / negative regulation of macrophage apoptotic process / regulation of behavior / astrocyte cell migration / alkane catabolic process / chemokine receptor activity / CCR5 chemokine receptor binding / eosinophil degranulation / CCR chemokine receptor binding / regulation of sensory perception of pain / negative regulation of bone mineralization / signaling / positive regulation of microglial cell activation / cell activation / C-C chemokine receptor activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / chemokine-mediated signaling pathway / C-C chemokine binding / T cell chemotaxis / eosinophil chemotaxis / response to cholesterol / positive regulation of calcium ion transport / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / dendritic cell chemotaxis / phospholipase activator activity / positive regulation of calcium ion import / chemoattractant activity / macrophage chemotaxis / negative regulation of osteoclast differentiation / exocytosis / Interleukin-10 signaling / monocyte chemotaxis / cellular response to interleukin-1 / host-mediated suppression of viral transcription / Binding and entry of HIV virion / cellular defense response / coreceptor activity / cytoskeleton organization / neutrophil chemotaxis / positive regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of interleukin-1 beta production / cell chemotaxis / calcium-mediated signaling / cellular response to type II interferon / response to toxic substance / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of inflammatory response / chemotaxis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / positive regulation of tumor necrosis factor production / osteoblast differentiation / calcium ion transport / cellular response to tumor necrosis factor / kinase activity / cell-cell signaling / positive regulation of neuron apoptotic process / MAPK cascade / regulation of cell shape / actin binding / virus receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to lipopolysaccharide / G alpha (i) signalling events / electron transfer activity / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein kinase activity / endosome / immune response / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / iron ion binding / negative regulation of gene expression / external side of plasma membrane / apoptotic process / positive regulation of gene expression / cell surface / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CC chemokine receptor 5 / Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubredoxin domain / Rubredoxin / CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine receptor family ...CC chemokine receptor 5 / Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubredoxin domain / Rubredoxin / CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine receptor family / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / : / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Rubredoxin / C-C motif chemokine 3 / C-C chemokine receptor type 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Clostridium pasteurianum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Zhang, H. / Chen, K. / Tan, Q. / Han, S. / Zhu, Y. / Zhao, Q. / Wu, B.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31730027 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31825010 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis for chemokine recognition and receptor activation of chemokine receptor CCR5.
著者: Hui Zhang / Kun Chen / Qiuxiang Tan / Qiang Shao / Shuo Han / Chenhui Zhang / Cuiying Yi / Xiaojing Chu / Ya Zhu / Yechun Xu / Qiang Zhao / Beili Wu /
要旨: The chemokine receptor CCR5 plays a vital role in immune surveillance and inflammation. However, molecular details that govern its endogenous chemokine recognition and receptor activation remain ...The chemokine receptor CCR5 plays a vital role in immune surveillance and inflammation. However, molecular details that govern its endogenous chemokine recognition and receptor activation remain elusive. Here we report three cryo-electron microscopy structures of G protein-coupled CCR5 in a ligand-free state and in complex with the chemokine MIP-1α or RANTES, as well as the crystal structure of MIP-1α-bound CCR5. These structures reveal distinct binding modes of the two chemokines and a specific accommodate pattern of the chemokine for the distal N terminus of CCR5. Together with functional data, the structures demonstrate that chemokine-induced rearrangement of toggle switch and plasticity of the receptor extracellular region are critical for receptor activation, while a conserved tryptophan residue in helix II acts as a trigger of receptor constitutive activation.
履歴
登録2021年6月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-C motif chemokine 3,C-C chemokine receptor type 5,Rubredoxin,C-C chemokine receptor type 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5112
ポリマ－55,4451
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.133, 204.356, 69.012
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.530, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 C-C motif chemokine 3,C-C chemokine receptor type 5,Rubredoxin,C-C chemokine receptor type 5 / G0/G1 switch regulatory protein 19-1 / Macrophage inflammatory protein 1-alpha / MIP-1-alpha / PAT ...G0/G1 switch regulatory protein 19-1 / Macrophage inflammatory protein 1-alpha / MIP-1-alpha / PAT 464.1 / SIS-beta / Small-inducible cytokine A3 / Tonsillar lymphocyte LD78 alpha protein / C-C CKR-5 / CC-CKR-5 / CCR-5 / CCR5 / CHEMR13 / HIV-1 fusion coreceptor / Rd


分子量: 55445.453 Da / 分子数: 1
変異: T15C,T108C,C150Y,M156A,G255N,A376D,R417A,T427A,K446E
由来タイプ: 組換発現
詳細: Fusion protein of MIP-1a and CCR5 from Homo sapiens, inserted with Rubredoxin from Clostridium pasteurianum
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Clostridium pasteurianum (バクテリア)
遺伝子: CCL3, G0S19-1, MIP1A, SCYA3, CCR5, CMKBR5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P10147, UniProt: P51681, UniProt: P00268
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 100mM HEPES, pH 6.0, 250mM ammonium sulfate, 30% (v/v) PEG 400, 8% (v/v) PPG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 18209 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.985 / Net I/σ(I): 31.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / Num. unique obs: 888 / CC1/2: 0.808

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTERv.2.8.0精密化
HKL-2000v717データ削減
HKL-2000v717データスケーリング
PHASER1.19.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MBS

4mbs


解像度: 2.6→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 884 -
Rwork0.228 --
obs-17242 94.9 %
原子変位パラメータBiso mean: 117.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3371 0 1 0 3372
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01253463
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.70944722
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0809541
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009589
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.67591203
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.64 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3494 55 -
Rwork0.306 1040 -
obs--75.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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