PDB-7f1e: Structure of METTL6 bound with SAM

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7f1e

タイトル

Structure of METTL6 bound with SAM

要素

tRNA N(3)-methylcytidine methyltransferase METTL6

キーワード

TRANSFERASE / RNA methyltransferase / RNA

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA (cytidine-3-)-methyltransferase activity / tRNA modification / tRNA methylation / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / enzyme binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.589 Å

データ登録者

Li, S. / Liao, S. / Xu, C.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021
タイトル: Structural basis for METTL6-mediated m3C RNA methylation.
著者: Li, S. / Zhou, H. / Liao, S. / Wang, X. / Zhu, Z. / Zhang, J. / Xu, C.

履歴

登録	2021年6月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年1月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7f1e.cif.gz	203.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7f1e.ent.gz	161.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7f1e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7f1e_validation.pdf.gz	986.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7f1e_full_validation.pdf.gz	994.1 KB	表示
XML形式データ	7f1e_validation.xml.gz	20.1 KB	表示
CIF形式データ	7f1e_validation.cif.gz	26.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/7f1e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/7f1e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4necS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2aa5-2 4pwo-d 4zx2-d 4pwp-d 7o1o-d 3pfd-2 3ekl-d 3ekz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: tRNA N(3)-methylcytidine methyltransferase METTL6

B: tRNA N(3)-methylcytidine methyltransferase METTL6

ヘテロ分子

67.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: tRNA N(3)-methylcytidine methyltransferase METTL6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
33.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: tRNA N(3)-methylcytidine methyltransferase METTL6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.457, 83.457, 129.686
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質	tRNA N(3)-methylcytidine methyltransferase METTL6 / Methyltransferase-like protein 6 分子量: 33491.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METTL6 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q8TCB7, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.52 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Sodium acetate pH5.2, 2.0M sodium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.589→26.857 Å / Num. obs: 41739 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.5 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 20.8
反射シェル	解像度: 2.589→2.63 Å / R_merge(I) obs: 1.056 / Num. unique obs: 870 / CC_1/2: 0.699

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4nec

4nec

解像度: 2.589→26.857 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2265	3061	7.33 %
R_work	0.1908	38678	-
obs	0.1934	41739	76.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 149.64 Å² / B_iso mean: 51.4533 Å² / B_iso min: 14.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.589→26.857 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3842	0	54	45	3941
B_iso mean	-	-	38.75	42.09	-
残基数	-	-	-	-	485

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.5895-2.6299	0.34	67	0.3761	870	38
2.6299-2.673	0.3552	86	0.3365	1074	46
2.673-2.719	0.3196	84	0.3024	1131	50
2.719-2.7684	0.2911	94	0.2892	1158	50
2.7684-2.8216	0.3272	94	0.2924	1155	51
2.8216-2.8792	0.3022	90	0.277	1189	51
2.8792-2.9417	0.2973	92	0.2761	1130	50
2.9417-3.01	0.3334	96	0.2744	1210	53
3.01-3.0852	0.2833	111	0.2451	1305	57
3.0852-3.1685	0.271	127	0.2274	1600	69
3.1685-3.2616	0.2593	159	0.218	1915	84
3.2616-3.3667	0.2302	179	0.2166	2224	96
3.3667-3.4867	0.2116	175	0.1993	2252	99
3.4867-3.626	0.2365	184	0.1847	2273	99
3.626-3.7906	0.2172	188	0.1779	2259	99
3.7906-3.9899	0.233	186	0.1677	2266	98
3.9899-4.2389	0.1936	175	0.1772	2236	99
4.2389-4.5648	0.1904	180	0.1513	2291	99
4.5648-5.0214	0.1956	176	0.1471	2256	100
5.0214-5.7419	0.207	180	0.1719	2308	100
5.7419-7.2109	0.2541	174	0.1918	2292	100
7.2109-26.857	0.1725	164	0.1631	2284	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 25.5556 Å / Origin y: -27.9604 Å / Origin z: 25.2045 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1343 Å²	-0.0375 Å²	-0.0147 Å²	-	0.233 Å²	-0.0267 Å²	-	-	0.1937 Å²
L	0.4475 °²	0.0155 °²	-0.2152 °²	-	0.6865 °²	0.0235 °²	-	-	1.0079 °²
S	0.0716 Å °	-0.2144 Å °	0.0654 Å °	-0.2251 Å °	-0.0213 Å °	0.0788 Å °	-0.0769 Å °	-0.1745 Å °	0.0025 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	15 - 270
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	28 - 270
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	301
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	301
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 46

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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