[日本語] English
万見
- PDB-7ezz: Crystal structure of Salmonella typhi outer membrane phospholipas... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ezz
タイトルCrystal structure of Salmonella typhi outer membrane phospholipase (OMPLA) dimer with bound calcium
要素Phospholipase A1
キーワードHYDROLASE / Outer membrane phospholipase / OMPLA / Outer membrane protein / Calcium-binding / beta-barrel / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase A2 activity => GO:0004623 / phospholipase A2 activity => GO:0004623 / phospholipase A1 / phosphatidylserine 1-acylhydrolase activity / 1-acyl-2-lysophosphatidylserine acylhydrolase activity / phospholipase A1 activity / phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / lipid catabolic process / cell outer membrane ...phospholipase A2 activity => GO:0004623 / phospholipase A2 activity => GO:0004623 / phospholipase A1 / phosphatidylserine 1-acylhydrolase activity / 1-acyl-2-lysophosphatidylserine acylhydrolase activity / phospholipase A1 activity / phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / lipid catabolic process / cell outer membrane / membrane => GO:0016020 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A1 / Phospholipase A1 superfamily / Phospholipase A1
類似検索 - ドメイン・相同性
DODECANE / Phospholipase A1
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhi (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Perumal, P. / Raina, R. / Sreeshma, N.S. / Arockiasamy, A. / Sundarabaalaji, N.
資金援助 インド, 4件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR13735/BRB/10/786/2011 and BT/PR28080/BID/7/836/2018. インド
Department of Science & Technology (DST, India)PDF/2016/003347 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR8636/BRB/10/530/2007 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR10275/GBD/27/88/2007 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Salmonella typhi outer membrane phospholipase (OMPLA) dimer with bound calcium
著者: Perumal, P. / Raina, R. / Sreeshma, N.S. / Arockiasamy, A. / Sundarabaalaji, N.
履歴
登録2021年6月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2021年6月23日ID: 5DQX
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Phospholipase A1
B: Phospholipase A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,72410
ポリマ－59,1332
非ポリマー1,5908
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5990 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area21210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.584, 83.448, 95.644
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth seq-ID: 33 - 289 / Label seq-ID: 1 - 257

Dom-IDComponent-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB

-
要素

#1: タンパク質 Phospholipase A1 / Detergent-resistant phospholipase A / DR-phospholipase A / Outer membrane phospholipase A / OM PLA ...Detergent-resistant phospholipase A / DR-phospholipase A / Outer membrane phospholipase A / OM PLA / Phosphatidylcholine 1-acylhydrolase


分子量: 29566.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhi (サルモネラ菌)
遺伝子: pldA, STY3602, t3340 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express Iq / 参照: UniProt: P0A232, phospholipase A1, phospholipase A2
#2: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン


分子量: 170.335 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.18 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M sodium iodide, 0.1 M sodium phosphate (pH 7.0), and 33% v/v PEG 300

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年1月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.654→62.879 Å / Num. obs: 17368 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.249 / Rpim(I) all: 0.106 / Rrim(I) all: 0.271 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 109007
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.654-2.71360.93152178690.7210.3961.014296.6
7.653-62.8795.70.06749238670.9990.0310.07416.298.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
autoPROC1.0.5data processing
autoPROC1.0.5データスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QD6

1qd6


解像度: 2.76→47.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.851 / SU B: 16.311 / SU ML: 0.323 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.391 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2717 802 4.8 %RANDOM
Rwork0.2244 ---
obs0.2266 16069 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 91.73 Å2 / Biso mean: 29.007 Å2 / Biso min: 5.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.66 Å20 Å2-0 Å2
2---2.63 Å2-0 Å2
3----2.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.76→47.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4077 0 96 54 4227
Biso mean--34.39 21.47 -
残基数----511
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0124274
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.481.6615814
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8065507
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.29922.622225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.67315616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2191522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2541
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023322
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 8177 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.762→2.833 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 63 -
Rwork0.275 1164 -
all-1227 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る