PDB-7em1: Crystal structure of the PI5P4Kbeta-ITP complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7em1

タイトル

Crystal structure of the PI5P4Kbeta-ITP complex

要素

Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

Lipid Kinase (キナーゼ) / Phosphoinositide signaling

機能・相同性

機能・相同性情報

1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase /

1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase activity / 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 4,5-bisphosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs in the nucleus /

1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity / autophagosome-lysosome fusion / positive regulation of autophagosome assembly / PI5P Regulates TP53 Acetylation / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs at the plasma membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Senda, M. / Senda, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: The GTP responsiveness of PI5P4K beta evolved from a compromised trade-off between activity and specificity.
著者: Takeuchi, K. / Ikeda, Y. / Senda, M. / Harada, A. / Okuwaki, K. / Fukuzawa, K. / Nakagawa, S. / Yu, H.Y. / Nagase, L. / Imai, M. / Sasaki, M. / Lo, Y.H. / Ito, D. / Osaka, N. / Fujii, Y. / ...

履歴

登録	2021年4月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年6月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7em1.cif.gz	260.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7em1.ent.gz	207.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7em1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/7em1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/7em1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6k4gC 6k4hC 7em2C 7em3C 7em4C 7em5C 7em6C 7em7C 7em8C 3x04S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (6) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (6)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta

B: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta

ヘテロ分子

91.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.192, 186.857, 104.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta / 1-phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase 2-beta / Diphosphoinositide kinase 2-beta / ...1-phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase 2-beta / Diphosphoinositide kinase 2-beta / Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type II beta / PIP4KII-beta / PtdIns(5)P-4-kinase isoform 2-beta 分子量: 44928.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIP4K2B, PIP5K2B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P78356, 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase
#2: 化合物	ChemComp-IDP / INOSINE-5'-DIPHOSPHATE / IDP 分子量: 428.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₄O₁₁P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CZU / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-3,4-bis(oxidanyl)-5-(6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate / Inosine-5'-triphosphate / ITP / Inosine triphosphate 分子量: 508.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₄O₁₄P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 9%(w/v) PEG4000, 0.1 M sodium citrate pH 6.0, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M lithium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月22日
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→69.69 Å / Num. obs: 31457 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.6 % / R_merge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 23.57
反射シェル	解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 9.1 % / R_merge(I) obs: 0.845 / Num. unique obs: 4447 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
Coot		モデル構築
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3X04

3x04

解像度: 2.65→45.653 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.43

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2659	1572	5 %
R_work	0.2277	-	-
obs	0.2297	31448	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→45.653 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4673	0	85	0	4758

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4865
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.018	6637
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.587	2939
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	766
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	849

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.65-2.7355	0.4347	141	0.3824	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7355-2.8333	0.3757	141	0.3273	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8333-2.9467	0.4061	141	0.313	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9467-3.0808	0.3315	142	0.2912	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0808-3.2432	0.3292	140	0.2954	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2432-3.4463	0.3455	142	0.2703	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4463-3.7123	0.2815	143	0.239	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7123-4.0857	0.2549	143	0.2091	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0857-4.6764	0.1796	144	0.1803	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6764-5.8897	0.2432	145	0.2022	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8897-45.653	0.2587	150	0.2185	2863	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.335	1.0673	1.0662	4.3173	1.4775	6.0126	0.1558	-0.2412	-0.1323	-0.1108	-0.1977	1.2062	-0.2312	-0.1403	0.0007	0.5926	-0.0059	0.0532	0.4789	0.0143	0.62	36.7197	39.6423	-9.3813
2	4.1104	2.2037	1.6764	4.4931	0.8972	5.2756	-0.2853	0.2648	-0.1234	-0.5491	0.3979	-0.2725	-0.004	0.541	-0.1978	0.5245	0.0637	0.1319	0.4362	0.0062	0.4603	45.9229	38.4125	-14.2378
3	6.8584	0.4117	0.3912	5.736	2.4866	6.9914	-0.1586	-0.4657	0.194	0.3481	-0.0774	0.6182	-0.2677	0.0349	0.2358	0.4785	-0.0168	0.0686	0.4651	-0.0676	0.5239	41.1971	47.7277	-2.8373
4	2.4025	0.3758	0.4401	7.2549	4.7824	5.4818	-0.2345	-0.035	0.6497	-0.3969	0.3775	-0.0233	-0.9739	0.5497	-0.1411	0.5522	-0.1192	0.1043	0.6713	0.0429	0.6666	49.53	59.7529	-4.102
5	3.8935	2.4401	3.0927	5.3932	1.4405	2.549	-0.3141	-0.3315	-0.0085	-0.1485	-0.1756	0.0761	-0.7793	0.3106	0.1397	0.5607	0.0029	0.0616	0.612	-0.2058	0.7558	52.1653	62.3352	5.3145
6	9.3576	0.5176	-0.3637	5.3874	-1.4006	4.7998	0.4082	-1.1926	0.7278	0.802	-0.0705	-1.0414	-0.3049	0.6702	-0.1438	0.7906	-0.1103	-0.0241	0.825	-0.1741	0.6868	49.5626	58.743	14.7358
7	1.4659	1.8824	1.5953	4.8445	-1.3601	6.2005	-0.4731	0.6331	0.4451	-0.7113	0.5913	-0.8198	-0.5616	0.3884	-0.4008	0.7399	-0.1353	0.1871	0.7611	-0.2239	1.0373	57.077	66.4102	-1.8446
8	7.0508	2.067	0.4821	2.9373	0.9965	2.6352	-0.0016	0.1901	0.0744	-0.2324	0.1684	-0.3134	-0.0512	0.2058	-0.1767	0.605	0.0585	0.0598	0.4273	-0.0028	0.413	35.0593	25.6428	-16.9715
9	8.5633	0.2438	1.364	4.7619	-1.2294	6.1691	-0.1073	0.3899	-0.346	-0.3953	-0.0232	-0.0567	0.6697	0.0466	0.1198	0.7276	-0.0485	0.0088	0.2877	-0.0511	0.4571	30.444	13.6262	-17.3735
10	1.6658	0.0497	-0.0993	2.4288	-0.5077	3.2309	0.0895	0.3583	-0.8469	-0.6368	0.0811	0.2196	1.4044	-0.0912	-0.1414	1.0756	-0.0468	-0.0626	0.5481	-0.082	0.8189	26.8127	-1.1261	-19.31

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 33 through 59 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 60 through 109 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 110 through 153 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 154 through 254 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 255 through 301 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 302 through 360 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 361 through 416 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 33 through 109 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 110 through 173 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 174 through 416 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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