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万見
- PDB-7edn: Crystal structure of the eukaryotic decoding site in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7edn
タイトルCrystal structure of the eukaryotic decoding site in complex with Ag(I)
要素RNA (5'-R(P*UP*GP*CP*GP*UP*CP*GP*CP*GP*UP*CP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3')
キーワードRNA / Metal-mediated base pair / Silver / Decoding site / Ribosomal RNA
機能・相同性SILVER ION / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kondo, J. / Suzuki, C.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)24245037 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the eukaryotic decoding site in complex with Ag(I)
著者: Kondo, J. / Suzuki, C.
履歴
登録2021年3月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(P*UP*GP*CP*GP*UP*CP*GP*CP*GP*UP*CP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6274
ポリマ－7,3711
非ポリマー2563
水00
1
A: RNA (5'-R(P*UP*GP*CP*GP*UP*CP*GP*CP*GP*UP*CP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3')
ヘテロ分子

A: RNA (5'-R(P*UP*GP*CP*GP*UP*CP*GP*CP*GP*UP*CP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2548
ポリマ－14,7432
非ポリマー5126
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_955-x+4,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.176, 28.102, 37.711
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.350, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*GP*CP*GP*UP*CP*GP*CP*GP*UP*CP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3')


分子量: 7371.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-AG / SILVER ION


分子量: 107.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ag / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: MOPS, MPD, spermine, calcium nitrate, silver nitrate, G418

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→36.84 Å / Num. obs: 3135 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.374 % / Biso Wilson estimate: 64.023 Å2 / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rrim(I) all: 0.128 / Χ2: 1.053 / Net I/σ(I): 6.88 / Num. measured all: 10577
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.6-2.683.3920.3282.492680.9410.38998.2
2.68-2.773.480.3252.692540.9250.385100
2.77-2.863.4530.2553.552670.9390.302100
2.86-2.973.4320.1274.692360.9960.15197.1
2.97-3.093.2660.1385.472480.9830.167100
3.09-3.232.9690.1337.052260.9760.1799.6
3.23-3.393.1020.1156.842150.9870.14296.8
3.39-3.573.1940.1347.812060.9740.162100
3.57-3.793.1720.1218.171920.9780.14996.5
3.79-4.053.4610.1089.861910.9920.128100
4.05-4.383.6870.09610.291630.990.11198.8
4.38-4.793.5490.09610.191750.9840.113100
4.79-5.363.6420.11210.371340.9680.13297.1
5.36-6.193.6620.110.611300.9770.118100
6.19-7.583.4290.08110.541050.9850.097100
7.58-10.723.5620.10510.92800.980.12398.8
10.72-36.843.2220.08410.53450.9790.10295.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.17.1精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3td0

3td0


解像度: 2.6→36.84 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 34.11 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The SF file contains friedel pairs under F_plus and F_minus columns.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2518 308 9.95 %
Rwork0.1877 2787 -
obs0.1939 3095 98.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 116.13 Å2 / Biso mean: 70.2578 Å2 / Biso min: 35.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→36.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 470 3 0 473
Biso mean--83.51 --
残基数----22
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 2 / % reflection obs: 98 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.6-3.270.34121560.247613821538
3.28-36.840.22671520.171514051557

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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