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- PDB-7edb: EcoT38I restriction endonuclease complexed with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7edb
タイトルEcoT38I restriction endonuclease complexed with DNA
要素
  • DNA (5'-D(*GP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*TP*CP*TP*GP*C)-3')
  • EcoT38I restriction endonuclease
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Endonuclease
機能・相同性Restriction endonuclease, type II, SacI / SacI restriction endonuclease / endonuclease activity / metal ion binding / TRIETHYLENE GLYCOL / DNA / DNA (> 10) / EcoT38I restriction endonuclease
機能・相同性情報
生物種Escherichia phage P2 (ファージ)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Kita, K. / Mikami, B.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16380061 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural analysis of EcoT38I restriction endonuclease
著者: Kita, K. / Mikami, B.
履歴
登録2021年3月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EcoT38I restriction endonuclease
B: EcoT38I restriction endonuclease
E: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*G)-3')
F: DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*TP*CP*TP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,46424
ポリマ－85,8344
非ポリマー1,63020
水5,747319
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14260 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area30060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.291, 156.291, 173.049
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Space group name HallP642(x,y,z+1/6)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+2/3
#3: y,-x+y,z+1/3
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+1/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+2/3

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 EcoT38I restriction endonuclease


分子量: 38944.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia phage P2 (ファージ) / 遺伝子: ecoT38IR / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q83VS8

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DNA鎖 , 2種, 2分子 EF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*G)-3')


分子量: 4001.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*TP*CP*TP*GP*C)-3')


分子量: 3943.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 7種, 339分子

#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.91 % / 解説: bipyramid
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 28% PEG400 0.2 M Calcium chloride 0.1 M Potassium chloride 0.05 M Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→46.41 Å / Num. obs: 49667 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.15 % / Biso Wilson estimate: 39.43 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 26.24
反射 シェル解像度: 2.39→2.54 Å / 冗長度: 12.15 % / Rmerge(I) obs: 0.571 / Mean I/σ(I) obs: 6.07 / Num. unique obs: 7888 / CC1/2: 0.973 / Rrim(I) all: 0.595 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7E8R

7e8r


解像度: 2.39→46.41 Å / SU ML: 0.2409 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.7094
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: TLS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1969 2484 5 %
Rwork0.1618 47174 -
obs0.1636 49658 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→46.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5429 512 97 319 6357
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00746238
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8758579
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05041001
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005998
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.58372315
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.39-2.440.30011360.22022585X-RAY DIFFRACTION99.67
2.44-2.490.21551360.1972573X-RAY DIFFRACTION99.96
2.49-2.540.25631350.18722563X-RAY DIFFRACTION99.78
2.54-2.60.24611360.17962580X-RAY DIFFRACTION99.89
2.6-2.670.23511350.19172565X-RAY DIFFRACTION99.93
2.67-2.740.25341360.19572599X-RAY DIFFRACTION99.96
2.74-2.820.20961370.19092584X-RAY DIFFRACTION99.93
2.82-2.910.25931360.19052590X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.010.27081370.18472594X-RAY DIFFRACTION99.96
3.01-3.130.21341370.19212609X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.280.25671370.18182608X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.450.21541370.16872599X-RAY DIFFRACTION100
3.45-3.670.16221380.15262617X-RAY DIFFRACTION100
3.67-3.950.19881390.14752639X-RAY DIFFRACTION100
3.95-4.350.16031390.12752657X-RAY DIFFRACTION100
4.35-4.970.14311400.12572658X-RAY DIFFRACTION100
4.97-6.260.16011430.15032713X-RAY DIFFRACTION100
6.26-46.410.17251500.15672841X-RAY DIFFRACTION98.84
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9212367114-0.02853101795540.2553137567571.75009356528-0.01037722009192.05005294506-0.05208068948750.1868841605750.212623117671-0.2558139990290.027659250129-0.191701044273-0.169840916180.2317070695180.01168692317810.363605201171-0.05029083261650.07474551504950.272175626766-0.03658270843540.360747695337-44.00068171582.13828794284-34.4822885946
22.314617040351.04797422348-0.1588641229771.42442905010.08436017517230.894615232309-0.260710460050.6110767394950.0355801684642-0.3259285424130.1591316819890.112207423171-0.004057174116010.1400245440090.09182723062840.479988368704-0.0191708928933-0.009748709093160.393590898059-0.06447749877920.320039994357-70.5263314622-16.0754095415-42.3042111271
31.103984705120.4833441458640.2855421941210.670743330254-0.02237658625651.32337342909-0.0298242534972-0.07155854387080.263314551905-0.0629482248209-0.0355424323780.213572866546-0.271023262854-0.1504544577490.07040393429420.3675307556330.0367354814974-0.007448686316120.292994540987-0.07671635342510.394450830775-73.6192771668-11.9854971937-25.761676885
41.714903304160.668658449350.3244303223450.9472164850410.03806106581313.099871034880.0884234693457-0.264698230498-0.3076768578750.0530732777412-0.0597670660325-0.05969710644030.489630127729-0.200899445899-0.008170776478950.407433244237-0.02144872671460.01079086889230.275024941413-0.05464843386280.335476013745-75.4884552821-23.8995080105-23.0729662277
53.063145213290.259414759763-0.1879747391881.60758571709-0.05178841926551.2241116595-0.2899446225870.5790085257650.383218611979-0.3211863132370.232785675526-0.00916338898238-0.1732519422920.1580522385910.07986232383420.510643538004-0.05948128287580.01615028492810.3747308085950.006153448083050.322587082384-68.9625105994-11.5265263153-42.8122603396
61.089669236360.0680286478872-0.1486172842651.011827054860.1614878320712.33228472826-0.0143942183578-0.0573620495369-0.1047388325370.1999966137120.0276680971367-0.07362548953570.2168257759570.143149107688-0.01625531257550.3512304700890.0641708669590.004188123626680.256475822438-0.07092580499450.307609373617-51.1965906466-20.8708698809-3.44900983702
72.7452790592-0.6011358528981.631138782660.121396182039-0.3355210190050.941174968110.0585061958842-0.790607762196-0.01244776119630.158278478045-0.1121856484380.3750625518460.648445769562-0.7572940017250.04468610023920.562771651049-0.2209785920340.007907309949620.8279011927250.05339757055010.368238890462-85.2990229077-26.3979650671-14.9189225794
83.046972893840.00981997828877-0.02656265320193.065140028270.2533884859072.998026537930.2883974123890.265292855711-0.209288694996-0.28738097179-0.2924697472440.3229450129210.49609336858-0.6304268269010.003040856892580.510395928462-0.0854250578991-0.08028741555080.484017269881-0.07880371221940.459489790451-96.6498018537-28.4219727578-37.4914084605
93.327966377291.313406331410.2937987204132.01828006674-0.549177890862.510189596430.0257846867117-0.0504366504383-0.389972532865-0.224166236472-0.1722360850340.1208463792840.640252499409-0.3418515955020.1695206228640.594414105339-0.101257669031-0.04691092176210.394957971536-0.1230773275890.443113257509-89.8417360366-33.5782730197-36.0784885295
101.097873671580.225762566844-0.1549738677830.07256727019840.03032442998610.90701289968-0.0316012748018-0.0964024954040.0858795628558-0.02454441671750.0212965722251-0.229179338253-0.007079031234550.002493599080640.02080979801580.4098537512070.04423933956910.01801784125830.330161106963-0.114016958030.347139804532-53.9648482858-13.3690864376-19.9030444586
110.7576662668320.1591193477940.2462321323770.400196103544-0.03747804398090.69538180957-0.0615199574311-0.02234194952050.0711679653991-0.07419389407020.0111554374970.0369446729524-0.1181703831320.07093678860560.04895104792740.4246967852010.03424165521480.04784724763160.279121853203-0.1036645521570.339759111644-54.0854099904-8.58672482062-20.1962873588
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 163 )AA1 - 1631 - 163
22chain 'A' and (resid 164 through 210 )AA164 - 210164 - 210
33chain 'A' and (resid 211 through 252 )AA211 - 252211 - 252
44chain 'A' and (resid 253 through 315 )AA253 - 315253 - 315
55chain 'A' and (resid 316 through 350 )AA316 - 350316 - 351
66chain 'B' and (resid 1 through 163 )BB1 - 1631 - 166
77chain 'B' and (resid 164 through 192 )BB164 - 192167 - 197
88chain 'B' and (resid 193 through 238 )BB193 - 238198 - 241
99chain 'B' and (resid 239 through 349 )BB239 - 349242 - 352
1010chain 'E' and (resid 1 through 13 )EC1 - 13
1111chain 'F' and (resid 1 through 12 )FD1 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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