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万見
- PDB-7eb6: Crystal structure of GTP-binding protein-like domain of AGAP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eb6
タイトルCrystal structure of GTP-binding protein-like domain of AGAP1
要素Arf-GAP with GTPase, ANK repeat and PH domain-containing protein 1
キーワードCELL ADHESION / AGAP1 / GTP-binding protein-like domain / leukemia
機能・相同性
機能・相同性情報


GTPase activator activity / phospholipid binding / protein transport / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / ARFGAP/RecO-like zinc finger / small GTPase Rab1 family profile. / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. ...: / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / ARFGAP/RecO-like zinc finger / small GTPase Rab1 family profile. / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Rab subfamily of small GTPases / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / PH-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Arf-GAP with GTPase, ANK repeat and PH domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.014 Å
データ登録者Cheng, N. / Zhang, H. / Zhang, S. / Ma, X. / Meng, G.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81970132, 81770142 中国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of the GTP-binding protein-like domain of AGAP1.
著者: Cheng, N. / Zhang, H. / Zhang, S. / Ma, X. / Meng, G.
履歴
登録2021年3月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arf-GAP with GTPase, ANK repeat and PH domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3551
ポリマ－19,3551
非ポリマー00
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.390, 100.390, 48.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Arf-GAP with GTPase, ANK repeat and PH domain-containing protein 1 / AGAP-1 / Centaurin-gamma-2 / Cnt-g2 / GTP-binding and GTPase-activating protein 1 / GGAP1


分子量: 19354.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGAP1, CENTG2, KIAA1099 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UPQ3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.7 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2020年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.014→35.493 Å / Num. obs: 9136 / % possible obs: 99.57 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.949 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 3.014→3.122 Å / Num. unique obs: 458 / CC1/2: 0.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IWR

2iwr


解像度: 3.014→35.493 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2649 909 9.95 %
Rwork0.2327 8227 -
obs0.2359 9136 98.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 138.27 Å2 / Biso mean: 43.3223 Å2 / Biso min: 10.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.014→35.493 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1308 0 0 4 1312
Biso mean---16.91 -
残基数----165
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.0141-3.20280.36971480.317133698
3.2028-3.44990.32011540.2832137199
3.4499-3.79670.31681590.2613136499
3.7967-4.34530.23811590.213140799
4.3453-5.47140.21051410.1875137699
5.4714-35.4930.22391480.2098137398
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.2952 Å / Origin y: -18.0363 Å / Origin z: -19.1304 Å
111213212223313233
T0.1201 Å20.0432 Å20.0488 Å2-0.0868 Å20.092 Å2--0.114 Å2
L1.2598 °20.0485 °2-0.2276 °2-0.948 °2-0.4411 °2--0.5759 °2
S-0.2152 Å °0.2597 Å °-0.5017 Å °0.4681 Å °-0.0886 Å °-0.2543 Å °-0.1918 Å °-0.0385 Å °-0.4059 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain 'A' and resid 69 through 233)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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