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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7btc | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Rheb Y35N mutant bound to GDP | ||||||
Components | GTP-binding protein Rheb | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / mTORC1 / small GTPase / Rheb | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationregulation of type B pancreatic cell development / MTOR signalling / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Amino acids regulate mTORC1 / negative regulation of cold-induced thermogenesis / small GTPase-mediated signal transduction / Macroautophagy / oligodendrocyte differentiation / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / mTORC1-mediated signalling ...regulation of type B pancreatic cell development / MTOR signalling / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Amino acids regulate mTORC1 / negative regulation of cold-induced thermogenesis / small GTPase-mediated signal transduction / Macroautophagy / oligodendrocyte differentiation / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / mTORC1-mediated signalling / regulation of macroautophagy / positive regulation of TOR signaling / protein kinase activator activity / cellular response to nutrient levels / endomembrane system / positive regulation of TORC1 signaling / protein serine/threonine kinase activator activity / Regulation of PTEN gene transcription / TP53 Regulates Metabolic Genes / spliceosomal complex / response to virus / GDP binding / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / regulation of cell cycle / postsynaptic density / Golgi membrane / lysosomal membrane / GTPase activity / protein kinase binding / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / magnesium ion binding / signal transduction / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.101 Å | ||||||
Authors | Zhang, C. / Zhang, T. / Ding, J. | ||||||
| Funding support | China, 1items
| ||||||
Citation | Journal: J Mol Cell Biol / Year: 2020Title: Molecular basis for the functions of dominantly active Y35N and inactive D60K Rheb mutants in mTORC1 signaling. Authors: Zhang, C. / Liu, Y. / Zhang, Y. / Wang, X. / Zhang, T. / Ding, J. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7btc.cif.gz | 286.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7btc.ent.gz | 233.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7btc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7btc_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7btc_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | |
| Data in XML | 7btc_validation.xml.gz | 29 KB | Display | |
| Data in CIF | 7btc_validation.cif.gz | 39.8 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/7btc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/7btc | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7btaC ![]() 7btdC ![]() 1xtqS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 20099.895 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: GTPase domain / Mutation: Y35N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: RHEB, RHEB2 / Plasmid: pET22b / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-GDP / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.21 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: evaporation / pH: 5.5 Details: 0.10% n-Octyl-beta-D-glucoside: 0.1 M Sodium citrate tribasic, pH 5.5: 22% PEG 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.9778 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 23, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9778 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. obs: 41416 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 34.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.113 / Χ2: 0.67 / Net I/σ(I): 4.1 / Num. measured all: 524442 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 1XTQ Resolution: 2.101→39.328 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Phase error: 24.33 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 111.74 Å2 / Biso mean: 45.5736 Å2 / Biso min: 16.23 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.101→39.328 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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China, 1items
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