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万見
- PDB-7ear: A positively charged mutant Cry3Aa endotoxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ear
タイトルA positively charged mutant Cry3Aa endotoxin
要素Crystaline entomocidal protoxin
キーワードTOXIN / crystal-forming / protein delivery / cell-permeable / endosome-escapable
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated cytolysis of host cell / sporulation resulting in formation of a cellular spore / toxin activity / signaling receptor binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Pesticidal crystal protein, central domain / delta endotoxin / Pesticidal crystal protein, central domain superfamily / Pesticidal crystal protein, C-terminal / delta endotoxin / Pesticidal crystal protein / Pesticidal crystal protein, N-terminal / Pesticidal crystal protein, N-terminal domain superfamily / delta endotoxin, N-terminal domain / Galactose-binding-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Crystaline entomocidal protoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus thuringiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Yang, Z. / Lee, M.M. / Chan, M.K.
引用ジャーナル: Biomaterials / 年: 2021
タイトル: Efficient intracellular delivery of p53 protein by engineered protein crystals restores tumor suppressing function in vivo.
著者: Yang, Z. / Lee, M.M.M. / Chan, M.K.
履歴
登録2021年3月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Crystaline entomocidal protoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2931
ポリマ－73,2931
非ポリマー00
水3,891216
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.840, 132.890, 103.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-911-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Crystaline entomocidal protoxin / Pos3Aa


分子量: 73292.977 Da / 分子数: 1
変異: N391K,N395K,E423K,Q430K,D432K,E433K,T436K,T461K,D462K,E463K,E466K
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis (バクテリア)
遺伝子: cry3Aa, EEL55_22485, GH840_26515 / 発現宿主: Bacillus thuringiensis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9S6N9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.18 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM HEPES/Sodium hydroxide pH7.5, 20% v/v 1,4-butanediol, 200mM Sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→66.54 Å / Num. obs: 38330 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.552 / Num. unique obs: 5821 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1dlc

1dlc


解像度: 2.2→66.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 4.914 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2165 1998 5 %RANDOM
Rwork0.1801 ---
obs0.182 38330 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 103.57 Å2 / Biso mean: 30.035 Å2 / Biso min: 8.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→66.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4698 0 0 216 4914
Biso mean---29.68 -
残基数----584
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0134821
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174336
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6521.6466543
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3531.57410083
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4835583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.13122.948251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.30115803
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7781522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2616
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025398
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021056
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 128 -
Rwork0.232 2829 -
all-2957 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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