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- PDB-7eaf: Crystal structure of SAM-I riboswitch with the Actinomyces-1 k-turn -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eaf
タイトルCrystal structure of SAM-I riboswitch with the Actinomyces-1 k-turn
要素RNA (94-MER)
キーワードRNA / SAM / Riboswitch
機能・相同性: / S-ADENOSYLMETHIONINE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Huang, L. / Lilley, D.M.J.
資金援助 中国, 英国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Education (MoE, China) 中国
Cancer Research UKA18604 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Structure and folding of four putative kink turns identified in structured RNA species in a test of structural prediction rules.
著者: Huang, L. / Liao, X. / Li, M. / Wang, J. / Peng, X. / Wilson, T.J. / Lilley, D.M.J.
履歴
登録2021年3月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (94-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7659
ポリマ－30,5191
非ポリマー1,2458
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area15030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.460, 61.460, 157.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-102-

BA

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要素

#1: RNA鎖 RNA (94-MER)


分子量: 30519.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (バクテリア)
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 化合物
ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.65 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 40 MM NA-CACODYLATE (PH 7.0), 80 MM KCL, 40 MM BACL2, 12 MM SPERMINE-HCL, 12% (V/V) MPD.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 7963 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 66.96 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.154 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 7.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1123 / CC1/2: 0.771 / Rpim(I) all: 0.656 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FK3

5fk3


解像度: 2.85→29.22 Å / SU ML: 0.4498 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 45.4143
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2976 367 4.87 %
Rwork0.2621 7172 -
obs0.2639 7539 99.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 75.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→29.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2026 34 5 2065
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00422325
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96533627
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0438480
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006697
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.90421154
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-3.260.36731060.30252330X-RAY DIFFRACTION98.82
3.26-4.110.28221210.2512346X-RAY DIFFRACTION98.8
4.11-29.220.29121400.25692496X-RAY DIFFRACTION99.4
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -9.32676536 Å / Origin y: -9.95773684407 Å / Origin z: -23.0866878138 Å
111213212223313233
T0.725310504013 Å20.140789299773 Å20.0960715586856 Å2-0.592518506556 Å20.0863391107419 Å2--0.513179685662 Å2
L1.14406158049 °21.49978855029 °20.152405604736 °2-1.21493705298 °2-0.195771229289 °2--2.25907628295 °2
S-0.093813728766 Å °-0.147748414929 Å °0.226609401949 Å °-0.0766723219089 Å °0.260941565748 Å °-0.154801237559 Å °0.135245084704 Å °-0.00190368786849 Å °-0.146956928436 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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