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万見
- PDB-7e7e: The co-crystal structure of ACE2 with Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e7e
タイトルThe co-crystal structure of ACE2 with Fab
要素
  • (h11B11-Fab) x 2
  • Processed angiotensin-converting enzyme 2
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / ACE2 Fab
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction ...positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / maternal process involved in female pregnancy / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / metallocarboxypeptidase activity / carboxypeptidase activity / negative regulation of signaling receptor activity / Attachment and Entry / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / viral life cycle / blood vessel diameter maintenance / brush border membrane / regulation of transmembrane transporter activity / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cilium / metallopeptidase activity / endocytic vesicle membrane / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / virus receptor activity / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / Induction of Cell-Cell Fusion / Potential therapeutics for SARS / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / membrane raft / apical plasma membrane / endoplasmic reticulum lumen / cell surface / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Collectrin-like domain profile. / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Peptidase family M2 domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Angiotensin-converting enzyme 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Xiao, J.Y. / Zhang, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: A broadly neutralizing humanized ACE2-targeting antibody against SARS-CoV-2 variants.
著者: Du, Y. / Shi, R. / Zhang, Y. / Duan, X. / Li, L. / Zhang, J. / Wang, F. / Zhang, R. / Shen, H. / Wang, Y. / Wu, Z. / Peng, Q. / Pan, T. / Sun, W. / Huang, W. / Feng, Y. / Feng, H. / Xiao, J. ...著者: Du, Y. / Shi, R. / Zhang, Y. / Duan, X. / Li, L. / Zhang, J. / Wang, F. / Zhang, R. / Shen, H. / Wang, Y. / Wu, Z. / Peng, Q. / Pan, T. / Sun, W. / Huang, W. / Feng, Y. / Feng, H. / Xiao, J. / Tan, W. / Wang, Y. / Wang, C. / Yan, J.
履歴
登録2021年2月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Processed angiotensin-converting enzyme 2
H: h11B11-Fab
L: h11B11-Fab
B: Processed angiotensin-converting enzyme 2
C: h11B11-Fab
D: h11B11-Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,9338
ポリマ－237,8026
非ポリマー1312
水00
1
A: Processed angiotensin-converting enzyme 2
H: h11B11-Fab
L: h11B11-Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,9664
ポリマ－118,9013
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Processed angiotensin-converting enzyme 2
C: h11B11-Fab
D: h11B11-Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,9664
ポリマ－118,9013
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.779, 115.462, 224.668
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Processed angiotensin-converting enzyme 2


分子量: 70386.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE2, UNQ868/PRO1885 / 発現宿主: Comamonas sp. Hi5 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9BYF1
#2: 抗体 h11B11-Fab


分子量: 24955.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Pseudoalteromonas sp. AB293f (バクテリア)
#3: 抗体 h11B11-Fab


分子量: 23558.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Pseudoalteromonas sp. AB293f (バクテリア)
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.34 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate(pH 6.5),30% (v/v) PEG 550

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→50 Å / Num. obs: 48694 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.415 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 3.8→3.87 Å / Rmerge(I) obs: 1.739 / Num. unique obs: 2472

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R4L

1r4l


解像度: 3.8→49.84 Å / SU ML: 0.72 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 1284 4.98 %
Rwork0.2755 24504 -
obs0.2781 25788 99.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 284.13 Å2 / Biso mean: 118.6854 Å2 / Biso min: 36.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.8→49.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16055 0 2 0 16057
Biso mean--148.4 --
残基数----2016
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.8-3.950.45581340.38762561269595
3.95-4.130.43331410.350126862827100
4.13-4.350.41311410.31262682282399
4.35-4.620.33281430.284626982841100
4.62-4.980.36171410.27727132854100
4.98-5.480.32331450.261227312876100
5.48-6.270.3351410.290227462887100
6.27-7.890.28981460.26227782924100
7.89-49.840.23571520.20962909306199
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -66.4715 Å / Origin y: 10.4899 Å / Origin z: -23.6932 Å
111213212223313233
T0.4002 Å20.0218 Å2-0.0312 Å2-0.4787 Å20.0085 Å2--0.4792 Å2
L0.014 °2-0.0398 °20.0042 °2-0.0652 °20.0521 °2--0.1106 °2
S0.0296 Å °-0.0201 Å °-0.0274 Å °-0.032 Å °-0.0131 Å °-0.0263 Å °0.0018 Å °0.0309 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA23 - 803
2X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 217
3X-RAY DIFFRACTION1allL1 - 210
4X-RAY DIFFRACTION1allB19 - 803
5X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 217
6X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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