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Yorodumi- PDB-7e1i: Crystal structure of Pr55Gag-matrix domain in complex with IP6 at... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7e1i | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Pr55Gag-matrix domain in complex with IP6 at ambient temperature in space group P1 | |||||||||
 Components | Capsid protein p24 | |||||||||
 Keywords | VIRAL PROTEIN / HIV-1 / Matrix protein / Myo-inositol hexakisphosphate / Serial femtosecond X-ray crystallography / Ambient-temperature crystallography | |||||||||
| Function / homology |  Function and homology informationviral nucleocapsid / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding Similarity search - Function  | |||||||||
| Biological species | ![]()  Human immunodeficiency virus 1 | |||||||||
| Method |  X-RAY DIFFRACTION /  FREE ELECTRON LASER /  FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 3.301 Å  | |||||||||
 Authors | DeMirci, H. / Destan, E. | |||||||||
| Funding support |   United States,   Turkey, 2items 
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 Citation |  Journal: To Be PublishedTitle: Crystal structure of Pr55Gag-matrix domain in complex with IP6 at ambient temperature in space group P1 Authors: DeMirci, H. / Destan, E.  | |||||||||
| History | 
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule:  Molmil Jmol/JSmol | 
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format |  7e1i.cif.gz | 615.6 KB | Display |  PDBx/mmCIF format | 
|---|---|---|---|---|
| PDB format |  pdb7e1i.ent.gz | 525.3 KB | Display |  PDB format | 
| PDBx/mmJSON format |  7e1i.json.gz | Tree view |  PDBx/mmJSON format | |
| Others |  Other downloads | 
-Validation report
| Summary document |  7e1i_validation.pdf.gz | 4 MB | Display |  wwPDB validaton report | 
|---|---|---|---|---|
| Full document |  7e1i_full_validation.pdf.gz | 4.2 MB | Display | |
| Data in XML |  7e1i_validation.xml.gz | 46 KB | Display | |
| Data in CIF |  7e1i_validation.cif.gz | 61.7 KB | Display | |
| Arichive directory |  https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/7e1i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/7e1i | HTTPS FTP  | 
-Related structure data
| Similar structure data | 
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]() 
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| 1 | ![]() 
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| 2 | ![]() 
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| 3 | ![]() 
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| 4 | ![]() 
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| Unit cell | 
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Components
| #1: Protein | Mass: 13642.536 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]()  Human immunodeficiency virus 1 / Gene: gag / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-IHP / Has ligand of interest | Y |  | 
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method:  X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1  | 
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 4.5 Å3/Da / Density % sol: 72.65 % | 
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5  Details: 20% (w/v) polyethylene glycol 3350 (PEG 3350) as a precipitant and 100 mM MES-NaOH  | 
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 293 K / Serial crystal experiment: N | 
|---|---|
| Diffraction source | Source:  FREE ELECTRON LASER / Site:  SLAC LCLS   / Beamline: CXI / Wavelength: 1 Å | 
| Detector | Type: CS-PAD CXI-1 / Detector: PIXEL / Date: Dec 1, 2018 | 
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | 
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | 
| Reflection | Resolution: 3.3→25 Å / Num. obs: 35663 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 62.3 % / CC1/2: 0.958 / Net I/σ(I): 2.67 | 
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Processing
| Software | 
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| Refinement | Method to determine structure:  FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 3.301→24.574 Å / SU ML: 0.78  / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.01  / Phase error: 52.71  / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 425.17 Å2 / Biso mean: 173.641 Å2 / Biso min: 0.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.301→24.574 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION 
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| Refinement TLS group | 
  | 
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Controller
About Yorodumi




Human immunodeficiency virus 1
X-RAY DIFFRACTION
United States,  
Turkey, 2items 
Citation







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