PDB-2vck: Structure of Phycoerythrobilin Synthase PebS from the Cyanophage ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vck

タイトル

Structure of Phycoerythrobilin Synthase PebS from the Cyanophage P-SSM2 in Complex with the bound Substrate Biliverdin IXa

要素

CYANOBACTERIAL PHYCOERYTHROBILIN

キーワード

OXIDOREDUCTASE / CYANOPHAGES / BILIVERDIN IXA / PHYCOBILIN REDUCTASE / PHYCOBILIN SYNTHESIS / PROCHLOROCOCCUS / PHYCOERYTHROBILIN / BILIVERDIN REDUCTASE / FERREDOXIN DEPENDENT

機能・相同性

機能・相同性情報

phycoerythrobilin synthase / phytochromobilin biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, iron-sulfur protein as acceptor / cobalt ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

PROCHLOROCOCCUS PHAGE P-SSM2 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Dammeyer, T. / Hofmann, E. / Frankenberg-Dinkel, N.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Phycoerythrobilin Synthase (Pebs) of a Marine Virus: Crystal Structures of the Biliverdin Complex and the Substrate-Free Form.
著者: Dammeyer, T. / Hofmann, E. / Frankenberg-Dinkel, N.

履歴

登録	2007年9月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年5月8日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval ..._exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vck.cif.gz	198.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vck.ent.gz	160.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vck.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/2vck ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/2vck	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vclSC 2vgrC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5boa-4 2x9i-1 2bue-d 7brd-1 3wx5-1 6r73-2 5fra-3 1xvo-d 2x9i-4 3wx5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CYANOBACTERIAL PHYCOERYTHROBILIN

B: CYANOBACTERIAL PHYCOERYTHROBILIN

C: CYANOBACTERIAL PHYCOERYTHROBILIN

D: CYANOBACTERIAL PHYCOERYTHROBILIN

ヘテロ分子

113 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CYANOBACTERIAL PHYCOERYTHROBILIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CYANOBACTERIAL PHYCOERYTHROBILIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: CYANOBACTERIAL PHYCOERYTHROBILIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: CYANOBACTERIAL PHYCOERYTHROBILIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.560, 67.570, 81.280
Angle α, β, γ (deg.)	92.26, 109.07, 106.58
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	VAL	VAL	4	A	A	22 - 52	22 - 52
2	1	THR	THR	VAL	VAL	4	B	B	22 - 52	22 - 52
3	1	THR	THR	VAL	VAL	4	C	C	22 - 52	22 - 52
4	1	THR	THR	VAL	VAL	4	D	D	22 - 52	22 - 52
1	2	GLY	GLY	ASP	ASP	4	A	A	57 - 137	57 - 137
2	2	GLY	GLY	ASP	ASP	4	B	B	57 - 137	57 - 137
3	2	GLY	GLY	ASP	ASP	4	C	C	57 - 137	57 - 137
4	2	GLY	GLY	ASP	ASP	4	D	D	57 - 137	57 - 137
1	3	GLY	GLY	THR	THR	4	A	A	147 - 203	147 - 203
2	3	GLY	GLY	THR	THR	4	B	B	147 - 203	147 - 203
3	3	GLY	GLY	THR	THR	4	C	C	147 - 203	147 - 203
4	3	GLY	GLY	THR	THR	4	D	D	147 - 203	147 - 203
1	4	VAL	VAL	LYS	LYS	4	A	A	208 - 233	208 - 233
2	4	VAL	VAL	LYS	LYS	4	B	B	208 - 233	208 - 233
3	4	VAL	VAL	LYS	LYS	4	C	C	208 - 233	208 - 233
4	4	VAL	VAL	LYS	LYS	4	D	D	208 - 233	208 - 233
1	5	LYS	LYS	LYS	LYS	5	A	A	21	21
2	5	LYS	LYS	LYS	LYS	5	B	B	21	21
3	5	LYS	LYS	LYS	LYS	5	C	C	21	21
4	5	LYS	LYS	LYS	LYS	5	D	D	21	21

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.991, -0.13379, -0.00458), (0.1277, -0.93448, -0.33232), (0.04018, -0.32992, 0.94315)	-20.4309, 31.99888, 8.9747
2	given	(0.99979, -0.01746, -0.01064), (-0.01756, -0.9998, -0.0091), (-0.01048, 0.00928, -0.9999)	2.28744, 35.183, -20.05858
3	given	(-0.99055, -0.13704, -0.00617), (-0.12997, 0.92317, 0.36174), (-0.04388, 0.35912, -0.93226)	-22.73905, 3.98705, -28.78696

#1: タンパク質	CYANOBACTERIAL PHYCOERYTHROBILIN / PHYCOBILIN REDUCTASE / CYANOPHAGE PHYCOERYTHROBILIN SYNTHASE PEBS 分子量: 27621.107 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) PROCHLOROCOCCUS PHAGE P-SSM2 (ファージ) プラスミド: PGEX-6P-3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q58MU6, phycoerythrobilin synthase
#2: 化合物	ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA / 19,24-ジヒドロ-1-ヒドロキシ-3,7,13,18-テトラメチル-2,17-ジビニル-19-オキソ-22H-ビリ(以下略) 分子量: 582.646 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₃₄N₄O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 575 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION PROTEIN:RESERVOIR 2:1, pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97887
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月30日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97887 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→49 Å / Num. obs: 91993 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 8.1 % / B_iso Wilson estimate: 21 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VCL

2vcl

解像度: 1.8→49.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 2.473 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.225	4819	5.2 %	RANDOM
R_work	0.184	-	-	-
obs	0.187	87171	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.29 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.08 Å²	0.08 Å²	0.17 Å²
2-	-	0.57 Å²	0.45 Å²
3-	-	-	-0.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→49.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6928	0	172	575	7675

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	7373
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.468	1.974	9985
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.81	5	844
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	0.021	0
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.349	14.922	1246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.258	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	989
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5786
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	3443
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.316	0.2	4892
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	576
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.165	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.178	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.061	1.5	4296
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.522	2	6791
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.233	3	3564
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.248	4.5	3188
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1569	medium positional	0.36	0.5
2	B	1569	medium positional	0.3	0.5
3	C	1569	medium positional	0.33	0.5
4	D	1569	medium positional	0.37	0.5
1	A	5	loose positional	3.3	5
2	B	5	loose positional	4.05	5
3	C	5	loose positional	3.45	5
4	D	5	loose positional	3.84	5
1	A	1569	medium thermal	0.87	2
2	B	1569	medium thermal	1.13	2
3	C	1569	medium thermal	1.1	2
4	D	1569	medium thermal	0.89	2
1	A	5	loose thermal	1.7	10
2	B	5	loose thermal	1.69	10
3	C	5	loose thermal	0.7	10
4	D	5	loose thermal	0.45	10

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.219	6763	-
R_free	-	0	-
obs	-	-	100 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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