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Yorodumi- PDB-7e1i: Crystal structure of Pr55Gag-matrix domain in complex with IP6 at... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7e1i | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Pr55Gag-matrix domain in complex with IP6 at ambient temperature in space group P1 | |||||||||
Components | Capsid protein p24 | |||||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / HIV-1 / Matrix protein / Myo-inositol hexakisphosphate / Serial femtosecond X-ray crystallography / Ambient-temperature crystallography | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationviral nucleocapsid / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() Human immunodeficiency virus 1 | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / FREE ELECTRON LASER / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 3.301 Å | |||||||||
Authors | DeMirci, H. / Destan, E. | |||||||||
| Funding support | United States, Turkey, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Crystal structure of Pr55Gag-matrix domain in complex with IP6 at ambient temperature in space group P1 Authors: DeMirci, H. / Destan, E. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7e1i.cif.gz | 615.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7e1i.ent.gz | 525.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7e1i.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7e1i_validation.pdf.gz | 4 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7e1i_full_validation.pdf.gz | 4.2 MB | Display | |
| Data in XML | 7e1i_validation.xml.gz | 46 KB | Display | |
| Data in CIF | 7e1i_validation.cif.gz | 61.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/7e1i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/7e1i | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 13642.536 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Human immunodeficiency virus 1 / Gene: gag / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-IHP / Has ligand of interest | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 4.5 Å3/Da / Density % sol: 72.65 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 20% (w/v) polyethylene glycol 3350 (PEG 3350) as a precipitant and 100 mM MES-NaOH |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 293 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: FREE ELECTRON LASER / Site: SLAC LCLS / Beamline: CXI / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: CS-PAD CXI-1 / Detector: PIXEL / Date: Dec 1, 2018 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.3→25 Å / Num. obs: 35663 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 62.3 % / CC1/2: 0.958 / Net I/σ(I): 2.67 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 3.301→24.574 Å / SU ML: 0.78 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.01 / Phase error: 52.71 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 425.17 Å2 / Biso mean: 173.641 Å2 / Biso min: 0.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.301→24.574 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Human immunodeficiency virus 1
X-RAY DIFFRACTION
United States,
Turkey, 2items
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