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万見
- PDB-7e1h: crystal structure of RD-BEF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e1h
タイトルcrystal structure of RD-BEF
要素DNA-binding response regulator
キーワードSIGNALING PROTEIN / Response regulator / receiver domain / phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / DNA-binding response regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.805 Å
データ登録者Hong, S. / Zhang, X. / Zhang, P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32025020, 31971120 中国
引用ジャーナル: Acta Biochim.Biophys.Sin. / 年: 2023
タイトル: Structural basis of phosphorylation-induced activation of the response regulator VbrR.
著者: Hong, S. / Guo, J. / Zhang, X. / Zhou, X. / Zhang, P. / Yu, F.
履歴
登録2021年2月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding response regulator
B: DNA-binding response regulator
C: DNA-binding response regulator
D: DNA-binding response regulator
E: DNA-binding response regulator
F: DNA-binding response regulator
G: DNA-binding response regulator
H: DNA-binding response regulator
I: DNA-binding response regulator
J: DNA-binding response regulator
K: DNA-binding response regulator
L: DNA-binding response regulator
M: DNA-binding response regulator
N: DNA-binding response regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,75720
ポリマ－183,48614
非ポリマー2716
水53,5052970
1
A: DNA-binding response regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1963
ポリマ－13,1061
非ポリマー902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area70 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area6150 Å2
手法PISA
2
B: DNA-binding response regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1963
ポリマ－13,1061
非ポリマー902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area70 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area5950 Å2
手法PISA
3
C: DNA-binding response regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1061
ポリマ－13,1061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area60 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area6110 Å2
手法PISA
4
D: DNA-binding response regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1061
ポリマ－13,1061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6150 Å2
手法PISA
5
E: DNA-binding response regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1963
ポリマ－13,1061
非ポリマー902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6130 Å2
手法PISA
6
F: DNA-binding response regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1061
ポリマ－13,1061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6090 Å2
手法PISA
7
G: DNA-binding response regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1061
ポリマ－13,1061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6170 Å2
手法PISA
8
H: DNA-binding response regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1061
ポリマ－13,1061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5930 Å2
手法PISA
9
I: DNA-binding response regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1061
ポリマ－13,1061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6260 Å2
手法PISA
10
J: DNA-binding response regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1061
ポリマ－13,1061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6150 Å2
手法PISA
11
K: DNA-binding response regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1061
ポリマ－13,1061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6180 Å2
手法PISA
12
L: DNA-binding response regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1061
ポリマ－13,1061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6220 Å2
手法PISA
13
M: DNA-binding response regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1061
ポリマ－13,1061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6280 Å2
手法PISA
14
N: DNA-binding response regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1061
ポリマ－13,1061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.858, 130.858, 271.355
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

-
要素

#1: タンパク質
DNA-binding response regulator


分子量: 13106.112 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
遺伝子: C1S91_03975 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2R9VV79
#2: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2970 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M CH3COONa 3H2O pH 4.5, and 25% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 99444 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.174 / Rpim(I) all: 0.083 / Rrim(I) all: 0.193 / Χ2: 0.81 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.8-2.95.10.90463770.6250.4420.8180.826100
2.9-3.025.40.73863840.7440.3490.8180.824100
3.02-3.155.30.54963670.8440.260.6090.8100
3.15-3.325.20.38763890.9070.1860.430.805100
3.32-3.534.90.27264220.930.1350.3050.84399.9
3.53-3.85.40.20763700.9570.0970.2290.847100
3.8-4.185.30.14764110.9720.0690.1630.867100
4.18-4.7850.09863810.9850.0480.110.82999.9
4.78-6.025.40.09664130.9890.0450.1060.75100
6.02-305.10.06564680.9970.0310.0720.70999.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KFC

4kfc


解像度: 2.805→29.467 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 768.18 / 位相誤差: 27.5 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 1933 4.01 %
Rwork0.226 95981 -
obs0.2273 99444 78.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 96.38 Å2 / Biso mean: 38.0373 Å2 / Biso min: 0.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.805→29.467 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12665 0 15 2970 15650
Biso mean--23.9 40 -
残基数----1611
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.8082-2.85660.3109670.3109181128
2.8566-2.90850.3439900.3167216734
2.9085-2.96440.305910.2979277844
2.9644-3.02480.28891170.286328652
3.0248-3.09050.29961170.2653370059
3.0905-3.16230.25431410.2526394762
3.1623-3.24120.28321450.2437419166
3.2412-3.32870.27421670.2362443970
3.3287-3.42650.26431700.2302474574
3.4265-3.53690.22791780.2162508580
3.5369-3.6630.24622080.2154570190
3.663-3.80930.27771980.2052598894
3.8093-3.98220.25332130.2056604196
3.9822-4.19140.23222120.1981611396
4.1914-4.4530.20992250.1948602396
4.453-4.79510.23672150.191605195
4.7951-5.27450.21382110.2047610696
5.2745-6.03070.26832070.2371608796
6.0307-7.57130.28682180.2679599494
7.5713-27.38430.26711990.2722572890

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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