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- PDB-7e1g: Structure of MreB3 from Spiroplasma eriocheiris -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e1g
タイトルStructure of MreB3 from Spiroplasma eriocheiris
要素Cell shape-determining protein MreB
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Cytoskeleton / actin homolog
機能・相同性
機能・相同性情報


cell morphogenesis / regulation of cell shape / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cell shape determining protein MreB / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock protein 70, conserved site / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Cell shape-determining protein MreB
類似検索 - 構成要素
生物種Spiroplasma eriocheiris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Takahashi, D. / Miyata, M. / Imada, K.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP17H01544 日本
Japan Science and TechnologyJPMJCR19S5 日本
引用ジャーナル: Open Biology / 年: 2022
タイトル: ATP-dependent polymerization dynamics of bacterial actin proteins involved in Spiroplasma swimming.
著者: Takahashi, D. / Fujiwara, I. / Sasajima, Y. / Narita, A. / Imada, K. / Miyata, M.
履歴
登録2021年2月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell shape-determining protein MreB
B: Cell shape-determining protein MreB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,3996
ポリマ－78,3382
非ポリマー1,0614
水13,745763
1
A: Cell shape-determining protein MreB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6993
ポリマ－39,1691
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area16420 Å2
手法PISA
2
B: Cell shape-determining protein MreB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6993
ポリマ－39,1691
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area15800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.290, 56.270, 120.531
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.56, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Cell shape-determining protein MreB


分子量: 39168.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Spiroplasma eriocheiris (バクテリア)
遺伝子: mreB3, mreB, SERIO_v1c12260 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3XJK5
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 763 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 30% (w/v) PEG 4000, 0.1 M Acetate-NaOH pH 4.6, 200 mM NH4Ac, 5 mM AMPPNP, 5mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月29日
放射モノクロメーター: Double-crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→56.3 Å / Num. obs: 66116 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 18.86 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 3545 / CC1/2: 0.658 / Rpim(I) all: 0.372

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
BSSデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7E1C

7e1c


解像度: 1.75→50.987 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2135 2006 3.04 %
Rwork0.1744 --
obs0.1756 66020 96.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→50.987 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5115 0 64 763 5942
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065231
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8917187
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.4164270
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053842
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004879
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.79380.25341480.22834479X-RAY DIFFRACTION96
1.7938-1.84230.29931290.23124431X-RAY DIFFRACTION95
1.8423-1.89650.28021450.23154502X-RAY DIFFRACTION96
1.8965-1.95770.27681440.21624519X-RAY DIFFRACTION96
1.9577-2.02770.24841440.19654514X-RAY DIFFRACTION96
2.0277-2.10890.22681440.18574518X-RAY DIFFRACTION96
2.1089-2.20480.2591370.18144559X-RAY DIFFRACTION97
2.2048-2.32110.20241480.17494556X-RAY DIFFRACTION97
2.3211-2.46650.19921400.17414585X-RAY DIFFRACTION97
2.4665-2.65690.23661450.17364604X-RAY DIFFRACTION97
2.6569-2.92430.2281390.17424604X-RAY DIFFRACTION97
2.9243-3.34740.19241450.1674668X-RAY DIFFRACTION98
3.3474-4.2170.19291440.14674696X-RAY DIFFRACTION98
4.217-50.9870.17311540.16024779X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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