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- PDB-7e0w: Crystal Structure of BCH domain from S. pombe -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e0w
タイトルCrystal Structure of BCH domain from S. pombe
要素Putative Rho GTPase-activating protein C1565.02c
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Intertwined / Anti-parallel / Dimeric structure
機能・相同性
機能・相同性情報


: / phospholipid transfer activity / intermembrane phospholipid transfer / GTPase activator activity / Golgi apparatus / signal transduction
類似検索 - 分子機能
Divergent CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Rho GTPase activation protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative Rho GTPase-activating protein C1565.02c
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Chichili, V.P.R. / Jobichen, C. / Sivaraman, J.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education (MoE, Singapore)R154-000-625-112 シンガポール
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: A novel intertwined anti-parallel dimeric structure of scaffold BCH domain regulates RhoA and RhoGAP functions
著者: Chichili, V.P.R. / Chew, T.W. / Er, S.Y. / Chin, C.F. / Shankar, S. / Jobichen, C. / Pan, Q.C. / Zhou, Y.T. / Yeong, F.M. / Low, B.C. / Sivaraman, J.
履歴
登録2021年1月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative Rho GTPase-activating protein C1565.02c
B: Putative Rho GTPase-activating protein C1565.02c
C: Putative Rho GTPase-activating protein C1565.02c
D: Putative Rho GTPase-activating protein C1565.02c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,6438
ポリマ－74,8664
非ポリマー7774
水00
1
A: Putative Rho GTPase-activating protein C1565.02c
D: Putative Rho GTPase-activating protein C1565.02c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8214
ポリマ－37,4332
非ポリマー3882
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6420 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area15810 Å2
手法PISA
2
B: Putative Rho GTPase-activating protein C1565.02c
C: Putative Rho GTPase-activating protein C1565.02c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8214
ポリマ－37,4332
非ポリマー3882
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6290 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area15820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.390, 108.390, 250.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質
Putative Rho GTPase-activating protein C1565.02c


分子量: 18716.518 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: SPAC1565.02c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9P3B1
#2: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.31 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Bis-Tris propane pH 7.0 and 2.1M NaCl.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 36910 / % possible obs: 87.7 % / 冗長度: 5.5 % / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.93 Å / Num. unique obs: 2453 / Rsym value: 0.338

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→49.736 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 146.76 / 位相誤差: 25.71
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2603 2143 5.94 %
Rwork0.2284 --
obs0.2317 36099 88.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→49.736 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4856 0 52 0 4908
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055038
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8386806
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.2982922
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048736
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004844
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8003-2.87040.488660.43081106X-RAY DIFFRACTION38
2.8704-2.9480.48431080.39511842X-RAY DIFFRACTION64
2.948-3.03470.38951300.35732235X-RAY DIFFRACTION76
3.0347-3.13260.34981390.32042372X-RAY DIFFRACTION82
3.1326-3.24460.31921460.28622440X-RAY DIFFRACTION84
3.2446-3.37440.28511410.26772502X-RAY DIFFRACTION86
3.3744-3.5280.27261500.24962516X-RAY DIFFRACTION87
3.528-3.71390.26971580.24112655X-RAY DIFFRACTION91
3.7139-3.94640.25571650.21842675X-RAY DIFFRACTION92
3.9464-4.2510.21321640.19912721X-RAY DIFFRACTION93
4.251-4.67840.20681570.17412738X-RAY DIFFRACTION94
4.6784-5.35450.20391550.18762744X-RAY DIFFRACTION94
5.3545-6.74270.25361600.21662758X-RAY DIFFRACTION94
6.7427-46.13720.25941600.22432787X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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