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- PDB-4ygi: Crystal Structure of SUVH5 SRA bound to fully hydroxymethylated CG DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ygi
タイトルCrystal Structure of SUVH5 SRA bound to fully hydroxymethylated CG DNA
要素
  • Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH5
  • Polydeoxyribonucleotide
キーワードTRANSFERASE/DNA / SUVH5 SRA / Fully hydroxymethylated CG / 5-hydroxymethylcytosine / 5hmC binding protein. / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / histone H3K9me2 methyltransferase activity / histone methyltransferase activity / chromosome, centromeric region / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / epigenetic regulation of gene expression / methylation / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Histone H3-K9 methyltransferase, plant / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / SRA-YDG / PUA domain-like / SRA-YDG / SRA-YDG superfamily / SAD/SRA domain / YDG domain profile. / SET and RING finger associated domain. Domain of unknown function in SET domain containing proteins and in Deinococcus radiodurans DRA1533. ...: / Histone H3-K9 methyltransferase, plant / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / SRA-YDG / PUA domain-like / SRA-YDG / SRA-YDG superfamily / SAD/SRA domain / YDG domain profile. / SET and RING finger associated domain. Domain of unknown function in SET domain containing proteins and in Deinococcus radiodurans DRA1533. / Pre-SET motif / Pre-SET domain / Pre-SET domain profile. / N-terminal to some SET domains / Cysteine-rich motif following a subset of SET domains / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / PUA-like superfamily / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH5
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Rajakumara, E.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Mechanistic insights into the recognition of 5-methylcytosine oxidation derivatives by the SUVH5 SRA domain
著者: Rajakumara, E. / Nakarakanti, N.K. / Nivya, M.A. / Satish, M.
履歴
登録2015年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月2日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH5
B: Polydeoxyribonucleotide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9675
ポリマ－21,8942
非ポリマー733
水28816
1
A: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH5
B: Polydeoxyribonucleotide
ヘテロ分子

A: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH5
B: Polydeoxyribonucleotide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,93410
ポリマ－43,7884
非ポリマー1466
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area5010 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area16480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.980, 76.980, 72.111
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH5 / Histone H3-K9 methyltransferase 5 / H3-K9-HMTase 5 / Protein SET DOMAIN GROUP 9 / Suppressor of ...Histone H3-K9 methyltransferase 5 / H3-K9-HMTase 5 / Protein SET DOMAIN GROUP 9 / Suppressor of variegation 3-9 homolog protein 5 / Su(var)3-9 homolog protein 5


分子量: 18515.920 Da / 分子数: 1 / 断片: SUVH5 SRA DOMAIN, UNP residues 362-528 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SUVH5, SDG9, SET9, At2g35160, T4C15.17 / プラスミド: PETSUMO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 DE3 / 参照: UniProt: O82175, histone-lysine N-methyltransferase
#2: DNA鎖 Polydeoxyribonucleotide


分子量: 3378.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CHEMICALLY SYNTHESIZED / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M Sodium chloride, 0.1M BIS-TRIS pH 6.5, 25%(w/v) Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0718 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月8日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0718 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 7060 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 70.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 2.579 / Net I/av σ(I): 35.506 / Net I/σ(I): 21.7 / Num. measured all: 32545
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.6-2.694.70.752.46821.93199.1
2.69-2.84.80.5726801.72499
2.8-2.934.80.3877011.76199.9
2.93-3.084.80.266951.90799.9
3.08-3.284.80.1327002.30499.6
3.28-3.534.60.0857002.89399.3
3.53-3.884.60.0667003.13999.3
3.88-4.454.50.0547073.56199
4.45-5.64.30.0497263.84898.1
5.6-504.10.0357692.95795.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3Q0B

3q0b


解像度: 2.6→33.956 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2826 331 4.7 %Random
Rwork0.2345 6708 --
obs0.2367 7039 98.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 106.93 Å2 / Biso mean: 68.383 Å2 / Biso min: 44.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→33.956 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1133 204 207 16 1560
Biso mean--63.99 68.1 -
残基数----150
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031381
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6071910
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.024211
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003215
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.28515
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5956-3.26980.39051720.29793278345099
3.2698-33.95860.25441590.21883430358998

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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