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- PDB-7dyv: Human JMJD5 in complex with MN and 5-(benzylamino)pyridine-2,4-di... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dyv
タイトルHuman JMJD5 in complex with MN and 5-(benzylamino)pyridine-2,4-dicarboxylic acid.
要素Bifunctional peptidase and arginyl-hydroxylase JMJD5
キーワードOXIDOREDUCTASE / JmjC domain-containing protein 5 / JMJD5 / dioxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


[protein]-arginine 3-hydroxylase / peptidyl-arginine 3-dioxygenase activity / histone H3K36 demethylase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / Protein hydroxylation / aminopeptidase activity / regulation of signal transduction by p53 class mediator / circadian regulation of gene expression / protein destabilization / G2/M transition of mitotic cell cycle ...[protein]-arginine 3-hydroxylase / peptidyl-arginine 3-dioxygenase activity / histone H3K36 demethylase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / Protein hydroxylation / aminopeptidase activity / regulation of signal transduction by p53 class mediator / circadian regulation of gene expression / protein destabilization / G2/M transition of mitotic cell cycle / p53 binding / chromosome / fibroblast proliferation / endopeptidase activity / in utero embryonic development / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / proteolysis / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / KDM8-like, N-terminal ARM repeats / Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
5-(benzylamino)pyridine-2,4-dicarboxylic acid / : / Bifunctional peptidase and arginyl-hydroxylase JMJD5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Nakashima, Y. / Brewitz, L. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: 5-Substituted Pyridine-2,4-dicarboxylate Derivatives Have Potential for Selective Inhibition of Human Jumonji-C Domain-Containing Protein 5.
著者: Brewitz, L. / Nakashima, Y. / Piasecka, S.K. / Salah, E. / Fletcher, S.C. / Tumber, A. / Corner, T.P. / Kennedy, T.J. / Fiorini, G. / Thalhammer, A. / Christensen, K.E. / Coleman, M.L. / Schofield, C.J.
履歴
登録2021年1月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月16日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32023年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional peptidase and arginyl-hydroxylase JMJD5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5893
ポリマ－27,2621
非ポリマー3272
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area11240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.338, 65.339, 78.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Bifunctional peptidase and arginyl-hydroxylase JMJD5 / JmjC domain-containing protein 5 / Jumonji C domain-containing protein 5 / L-arginine (3R)-hydroxylase KDM8


分子量: 27261.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM8, JMJD5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q8N371, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q8N371, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-HRF / 5-(benzylamino)pyridine-2,4-dicarboxylic acid


分子量: 272.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H12N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.07 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM HEPES sodium, 200mM magnesium chloride hexahydrate, 25% w/v PEG 3350, 1mM manganese chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97622 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→50.25 Å / Num. obs: 37023 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 30.22 Å2 / CC1/2: 0.821 / Rmerge(I) obs: 0.711 / Net I/σ(I): 3.4
反射 シェル解像度: 1.92→1.95 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 1.277 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 980 / CC1/2: 0.196 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6F4P

6f4p


解像度: 1.92→50.25 Å / SU ML: 0.2905 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.1621
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2401 3705 10.01 %
Rwork0.2044 33318 -
obs0.2079 37023 98.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→50.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1864 0 20 129 2013
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00252131
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58842933
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0465301
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0036393
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2138798
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.92-1.950.40891400.38431264X-RAY DIFFRACTION96.83
1.95-1.970.35531440.35871240X-RAY DIFFRACTION94.6
1.97-20.38251390.33721234X-RAY DIFFRACTION95.55
2-2.030.29531410.29181246X-RAY DIFFRACTION96.72
2.03-2.060.3861460.30671302X-RAY DIFFRACTION98.44
2.06-2.10.30931350.29841267X-RAY DIFFRACTION98.94
2.1-2.130.31291400.26421253X-RAY DIFFRACTION97.75
2.13-2.170.27231430.26621279X-RAY DIFFRACTION98.41
2.17-2.210.31041450.25461305X-RAY DIFFRACTION99.25
2.21-2.260.26151430.28251268X-RAY DIFFRACTION98.74
2.26-2.310.28451430.23141281X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.360.25591450.2271299X-RAY DIFFRACTION98.77
2.36-2.420.25931440.21641281X-RAY DIFFRACTION99.16
2.42-2.480.30591400.21291294X-RAY DIFFRACTION99.93
2.48-2.560.24731450.20981289X-RAY DIFFRACTION99.17
2.56-2.640.24261490.21121290X-RAY DIFFRACTION99.38
2.64-2.730.23531420.22841301X-RAY DIFFRACTION99.38
2.73-2.840.29321370.20881265X-RAY DIFFRACTION97.7
2.84-2.970.30241330.20111287X-RAY DIFFRACTION99.58
2.97-3.130.21411480.18061297X-RAY DIFFRACTION99.79
3.13-3.330.19441450.16641298X-RAY DIFFRACTION99.86
3.33-3.580.21511470.17011289X-RAY DIFFRACTION99.86
3.58-3.940.17641440.15531304X-RAY DIFFRACTION99.93
3.94-4.510.16891410.14461294X-RAY DIFFRACTION99.93
4.52-5.680.16941410.16481305X-RAY DIFFRACTION99.93
5.69-50.250.27891450.2221286X-RAY DIFFRACTION99.51
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5604521098-0.185900299020.2274198254473.189095048370.425725409844.89725411286-0.152464990833-0.2749958609550.281505173870.07692711858730.1574353873610.563481107024-0.171563894437-0.611871306283-0.101243149640.2545264273660.08646226224230.00963140679160.39562627920.01438025506480.346722449871-26.101778560822.021417225-21.2270471914
21.62348597037-1.021230478632.001198680760.733867104329-1.507648388053.41074750779-0.284710075691-0.4672717323160.1085143158090.4430341089290.290817670473-0.0755640670503-0.250240238225-0.278846412326-0.02283565385130.3243745505180.03710267290260.02002400476610.390232111951-0.03237279645750.263313082522-10.760648458312.7581539638-5.66229035952
37.148731460020.38991522951-3.444814830832.282280530140.17746427439.34542606510.1488620571670.1532789576640.118042453899-0.01944536900650.100910572655-0.016041009561-0.0465104643856-0.0844278270043-0.2830257245080.2287209273890.0693480870005-0.03695792850970.217149704365-0.03646672185980.2809739684121.771848218272.53515525106-17.6595461465
44.9285835917-0.409034483951-3.356789726347.86942362166-0.548607451316.4565880652-0.0674609901954-0.121902757363-0.1363621946660.0837569172394-0.349016793969-0.1663551370220.312163067780.4946808411080.1526791712760.2186730029570.0403087055055-0.01698226350990.3288669867790.001129734845970.3132802551855.894069724363.42446619144-13.9367262413
51.58042770091-0.643551621880.7011880633391.70923978346-0.9596795848912.08706229372-0.041070761083-0.188020252001-0.06378740913130.05518648713410.03301197552130.02095621594930.127011411251-0.156137599088-0.05592388583040.276894036133-0.01366956045950.01701218357410.273218195565-0.01442524865850.260577951692-10.48651386848.33660186781-16.4989357355
61.913392096530.293885880196-0.8265941069011.38424371522-0.8827871540112.270584909550.001490633993580.201185766757-0.0132743020089-0.03722747255130.06919599097710.0360578167236-0.00616525857736-0.00890555586818-0.03555075355030.2163346863410.0147854156591-0.001570209027480.180398103838-0.01547869800210.223564544787-8.7537414231618.3656928567-29.3484502075
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 182 through 205 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 206 through 230 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 231 through 248 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 249 through 262 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 263 through 333 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 334 through 416 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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