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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dwa | ||||||
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タイトル | Structure of a novel beta-mannanase BaMan113A with mannotriose, N236Y mutation | ||||||
要素 | Endo-beta-1,4-mannanase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Complex | ||||||
機能・相同性 | Glycoside Hydrolase Family 113 / Glycoside hydrolase superfamily / Endo-beta-1,4-mannanase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus sp. N16-5 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, W.T. / Liu, W.D. / Zheng, Y.Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2021 タイトル: Functional and structural investigation of a novel beta-mannanase BaMan113A from Bacillus sp. N16-5. 著者: Liu, W. / Ma, C. / Liu, W. / Zheng, Y. / Chen, C.C. / Liang, A. / Luo, X. / Li, Z. / Ma, W. / Song, Y. / Guo, R.T. / Zhang, T. #1: ジャーナル: To Be Published タイトル: Functional and structural investigation of a Novel beta-Mannanase BaMan113B from Bacillus sp. N16-5 著者: Liu, W.T. / Liu, W.D. / Zheng, Y.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7dwa.cif.gz | 164.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7dwa.ent.gz | 125.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7dwa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7dwa_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7dwa_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7dwa_validation.xml.gz | 32.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7dwa_validation.cif.gz | 50.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/7dwa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/7dwa | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40638.762 Da / 分子数: 2 / 変異: E142A,N236Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. N16-5 (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A140EH91 #2: 多糖 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.79 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tacsimate pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→25 Å / Num. obs: 115136 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.5 % / CC1/2: 0.933 / Net I/σ(I): 18.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / Num. unique obs: 11385 / CC1/2: 0.943 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3CIV 解像度: 1.62→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.346 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 79.68 Å2 / Biso mean: 14.269 Å2 / Biso min: 4.99 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.62→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.62→1.662 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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