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- PDB-7dvv: Heme sensor protein PefR from Streptococcus agalactiae bound to o... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7dvv | ||||||||||||
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Title | Heme sensor protein PefR from Streptococcus agalactiae bound to operator DNA (28-mer) | ||||||||||||
![]() |
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![]() | TRANSCRIPTION / heme-binding / helix-turn-helix | ||||||||||||
Function / homology | ![]() | ||||||||||||
Biological species | Streptococcus agalactiae serotype III![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
Model details | heme sensor protein | ||||||||||||
![]() | Nishinaga, M. / Nagai, S. / Nishitani, Y. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Sawai, H. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Heme controls the structural rearrangement of its sensor protein mediating the hemolytic bacterial survival. Authors: Nishinaga, M. / Sugimoto, H. / Nishitani, Y. / Nagai, S. / Nagatoishi, S. / Muraki, N. / Tosha, T. / Tsumoto, K. / Aono, S. / Shiro, Y. / Sawai, H. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 192.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 148.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 458.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 470.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 14.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 19.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7dvrC ![]() 7dvsSC ![]() 7dvtC ![]() 7dvuC ![]() 4llnS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 17817.852 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: heme sensor protein Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: NEM316 / Gene: gbs1402 / Plasmid: pET-22b / Production host: ![]() ![]() #2: DNA chain | | Mass: 8579.605 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() #3: DNA chain | | Mass: 8623.598 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.59 Å3/Da / Density % sol: 65.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 25%(w/v) PEGMME 2000, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M MES |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jan 22, 2018 / Details: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.49→47.06 Å / Num. obs: 26423 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.992 % / Biso Wilson estimate: 75.503 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 1.321 / Net I/σ(I): 14.63 / Num. measured all: 357952 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7DVS, 4LLN Resolution: 2.49→47.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 27.848 / SU ML: 0.256 / SU R Cruickshank DPI: 0.302 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.302 / ESU R Free: 0.231 Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 229.69 Å2 / Biso mean: 86.059 Å2 / Biso min: 32.13 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.49→47.06 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.495→2.559 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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