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- PDB-7dvs: Crystal structure of Apo (heme-free) PefR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dvs
タイトルCrystal structure of Apo (heme-free) PefR
要素MarR family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / Heme / transcription regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulator MarR-type, conserved site / MarR-type HTH domain signature. / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
MarR family transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus agalactiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Muraki, N. / Aono, S.
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Heme controls the structural rearrangement of its sensor protein mediating the hemolytic bacterial survival.
著者: Nishinaga, M. / Sugimoto, H. / Nishitani, Y. / Nagai, S. / Nagatoishi, S. / Muraki, N. / Tosha, T. / Tsumoto, K. / Aono, S. / Shiro, Y. / Sawai, H.
履歴
登録2021年1月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MarR family transcriptional regulator
B: MarR family transcriptional regulator
C: MarR family transcriptional regulator
D: MarR family transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,2394
ポリマ－75,2394
非ポリマー00
水00
1
A: MarR family transcriptional regulator
B: MarR family transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6202
ポリマ－37,6202
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2810 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area16150 Å2
手法PISA
2
C: MarR family transcriptional regulator
D: MarR family transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6202
ポリマ－37,6202
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area13930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.980, 46.020, 135.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.810, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Auth seq-ID: 3 - 140 / Label seq-ID: 19 - 156

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1(chain 'A' and (resid 3 through 16 or (resid 17...AA
2(chain 'B' and (resid 3 through 47 or (resid 48...BB

-
要素

#1: タンパク質
MarR family transcriptional regulator / Transcriptional regulator / MarR family


分子量: 18809.873 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア)
遺伝子: AX245_08385, C6N10_09725, DX05_07110, E8E04_04745, F5043_04730, GD434_04460, NCTC6175_00806, RDF_1281
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: R4Z9I5

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 24% (w/v) polyethylene glycol 4000, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M sodium acetate (pH4.6), 16% (v/v) 1,3-butanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 23177 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 78.93 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rrim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.653 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1674 / CC1/2: 0.836 / Rrim(I) all: 0.759 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LW6

6lw6
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.6→46.59 Å / SU ML: 0.3696 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 34.4974
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2877 1157 5 %Random selection
Rwork0.2363 ---
obs0.239 23158 97.53 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 107.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→46.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3704 0 0 0 3704
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00713767
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88535119
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0496620
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0067647
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.29432275
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.720.35681440.29492734X-RAY DIFFRACTION97.39
2.72-2.860.41621450.28252750X-RAY DIFFRACTION99.11
2.86-3.040.3131440.27682738X-RAY DIFFRACTION99.11
3.04-3.280.4291480.2852818X-RAY DIFFRACTION99.36
3.28-3.60.29931450.25422756X-RAY DIFFRACTION99.38
3.6-4.130.25431460.20732810X-RAY DIFFRACTION99.36
4.13-5.20.22971490.20492828X-RAY DIFFRACTION99.5
5.2-46.590.30251360.24672567X-RAY DIFFRACTION87.5
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.553903239520.08786439153381.867871565554.54576762087-1.922742614322.29763886384-0.687106297906-0.1904018325280.3868215393370.08322126716220.141109030615-0.119571014703-1.829205084541.506606120870.4394479969460.658533248854-0.174041134635-0.04202768207570.548946831553-0.0189783825980.778467456758134.8923989891.28183265907187.030278804
23.60129746068-3.209536769880.8683720434452.97524318705-1.766295037754.23955625276-0.4306936670870.354252456319-0.702132184587-0.5065469589330.5335939582650.2805214867520.95277492433-0.687447470666-0.08400999863870.880508856194-0.2374632674640.0298451945540.751207855471-0.08746388731130.769912178769116.391607763-3.58009560387171.478701717
31.85823218121-2.49276186705-0.639781743864.4449231465-0.4095293805126.46858175145-0.3185058095240.5509166845960.45102104379-0.2344630486130.4172831847240.254858741741-0.698072649427-0.175676177067-0.1507659694320.750351831733-0.401275391832-0.1229509341770.907790888860.1798118981050.843100448551106.9865937952.46465843198172.871263712
44.39019129081-1.162675939442.520998697522.772365091091.899137532226.9696873377-0.4039304573051.7968288766-0.351338642356-0.653725433780.01551686068350.0371481771591.124451695040.3143343322810.3547448322280.918152394329-0.4053495544780.09899328120920.8993583585160.05831612027010.796367435641126.189445213-4.92808777336170.573469381
53.82130743184-0.193458098029-4.222625713513.0600268001-3.29078658039.02027068135-0.765781502999-0.5142450679530.347700863895-0.3161516954580.681528391685-0.2111894239970.9711480508120.112706930649-0.01647092159370.747270385756-0.0371824356570.004394393194430.657965985183-0.07075119246570.823501256927123.879458818-7.95012149206192.696389645
62.95108298432-0.4883508863241.714926327451.68282161826-2.70267083583.94361362489-0.0299718314853-0.2006545467980.9025753436120.08316624447870.262714881348-0.0337084891919-2.59492575114-1.57036856361-0.5306410835470.8439875549510.0758077616541-0.0635164688420.713562056926-0.03031440004360.947466894103125.3781591574.21406727778203.247349486
77.62613984256-2.15480281339-1.230114756798.86700006813-2.822717438665.761359348620.6710407173761.15023563622-0.468085985122-1.02512736852-0.8055593912841.110174597170.5109170031810.03848110196930.01831648235580.7532223188880.106935011561-0.1126680329280.925942036062-0.08460079038050.824584053616140.482726696-8.58281470434216.871133414
83.93232631137-3.27932281894-0.766423071196.570063450651.373820661676.495956830140.532690602780.6182610932660.0466574058577-1.13557427058-0.655295943881-1.16360949814-0.720104466778-0.02059178083560.09654286102830.7914983927770.09359989427010.03276381038720.7457667161080.1086539109820.776912683312150.649294048-4.33036895065220.031166788
96.266777751180.8315957938531.34308698214-0.696366906954-0.3214666251856.20599666258-0.407517825389-0.6967302245020.03331783185410.02111016680940.2566259839420.2210192517830.0836545535356-1.127032904040.1764917438360.6090286983920.163378066769-0.009335389950090.778410313756-0.03943294776870.78558305865131.105495417-5.96242111299218.813206968
102.86389346743-0.751843322923-4.308266260288.178035550270.9616038892228.40732467957-0.873300857873-0.522090516056-2.3459386224-0.034335910322-0.426794623524-0.1115936755621.30878694810.9630790023271.049498783031.010300093150.03260799516080.1024320849160.663612945920.04382917205690.806440950733131.077896189-11.3272032487194.719627672
112.927411277622.35516168398-2.443572173282.996591541371.017833457459.544148886270.6767028866610.05742505690840.247686899170.0229470912755-0.484595999389-0.156111325947-0.612401107763-0.00155675290822-0.3547562568391.24454147178-0.244141263026-0.03361353743011.612890698050.2633463766760.824517956319136.577672123-7.30671273444153.323675467
126.32993337511.697986383460.2828215255146.76238543930.6531605212896.86961653864-0.5459097082740.969902475777-0.563004127159-0.9658036047340.674231863072-0.2254381544470.247305736852-0.373316637976-0.2104294091850.906531368435-0.2396488190620.1077468318210.84209418761-0.1164369870130.755333670719138.613407632-30.3170603297165.610579435
136.09040631659-4.10810296958-1.591228688174.7025089101-0.5296424687752.983203212560.04051188848920.2493000895950.3737995292690.674985403210.744813375835-0.411320879411-0.574349760503-0.450791863109-0.8841057297741.00313861274-0.0798564079043-0.0001804503155060.6018229157790.009082809647590.759739828201130.524920547-13.5638847731164.496229922
142.8211764331-0.0566312353458-1.499333664886.908908670580.5392547919420.8875504522970.540542680728-0.141341356218-0.847043700609-0.4767385245660.115383686332-0.119294254729-0.6718201062681.11811539386-0.8286667883891.595822800740.2020773711350.09949047559451.686635362260.3600229887031.08589013234143.207512768-12.5335820406133.299538263
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 26 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 51 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 52 through 96 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 97 through 115 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 116 through 140 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 3 through 26 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 27 through 62 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 63 through 90 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 91 through 122 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 123 through 140 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 3 through 33 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 34 through 96 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 97 through 118 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 4 through 26 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 27 through 51 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 52 through 76 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 77 through 141 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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