+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7dvs | ||||||
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Title | Crystal structure of Apo (heme-free) PefR | ||||||
Components | MarR family transcriptional regulator | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / Heme / transcription regulator | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptococcus agalactiae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Muraki, N. / Aono, S. | ||||||
Citation | Journal: Commun Biol / Year: 2021 Title: Heme controls the structural rearrangement of its sensor protein mediating the hemolytic bacterial survival. Authors: Nishinaga, M. / Sugimoto, H. / Nishitani, Y. / Nagai, S. / Nagatoishi, S. / Muraki, N. / Tosha, T. / Tsumoto, K. / Aono, S. / Shiro, Y. / Sawai, H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7dvs.cif.gz | 245.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7dvs.ent.gz | 166.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7dvs.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/7dvs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/7dvs | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7dvrC 7dvtC 7dvuC 7dvvC 6lw6 S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Auth seq-ID: 3 - 140 / Label seq-ID: 19 - 156
|
-Components
#1: Protein | Mass: 18809.873 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus agalactiae (bacteria) Gene: AX245_08385, C6N10_09725, DX05_07110, E8E04_04745, F5043_04730, GD434_04460, NCTC6175_00806, RDF_1281 Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: R4Z9I5 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.57 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 24% (w/v) polyethylene glycol 4000, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M sodium acetate (pH4.6), 16% (v/v) 1,3-butanediol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL44XU / Wavelength: 0.9 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Apr 21, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→50 Å / Num. obs: 23177 / % possible obs: 97.7 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 78.93 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rrim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 18.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.67 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.653 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1674 / CC1/2: 0.836 / Rrim(I) all: 0.759 / % possible all: 97.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6LW6 6lw6 Resolution: 2.6→46.59 Å / SU ML: 0.3696 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 34.4974
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 107.13 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→46.59 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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