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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dt9 | ||||||
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タイトル | D30N HIV Protease in complex with Saquinavir | ||||||
![]() | Protease | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / HIV Protease / Drug resistance / AIDS | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bihani, S.C. / Hosur, M.V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: D30N HIV Protease in complex with Saquinavir 著者: Bihani, S.C. / Hosur, M.V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 113.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 72.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7dpqS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21932.789 Da / 分子数: 1 / 変異: D30N,C95M,D1030N,C1095A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: pol / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ROC / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.31 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: NaCl (1.5M), Sodium acetate buffer (50 mM, pH 4.5) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.89→32.81 Å / Num. obs: 14267 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 26.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 21.43 |
反射 シェル | 解像度: 1.89→1.99 Å / Rmerge(I) obs: 0.685 / Num. unique obs: 1919 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7DPQ 解像度: 1.89→32.81 Å / SU ML: 0.2181 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.8359 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.95 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.89→32.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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