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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dso | |||||||||
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タイトル | Anthranilate phosphoribosyltransferase from Saccharomyces cerevisiae in complex with 4-fluoroanthranilate | |||||||||
要素 | Anthranilate phosphoribosyltransferase | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Glycosyltransferase (グリコシルトランスフェラーゼ) / Tryptophan biosynthesis (トリプトファン) / anthranilate phosphoribosyltransferase activity | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 anthranilate phosphoribosyltransferase / anthranilate phosphoribosyltransferase activity / tryptophan biosynthetic process / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å | |||||||||
データ登録者 | Wu, X. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021 タイトル: Crystal structures of anthranilate phosphoribosyltransferase from Saccharomyces cerevisiae. 著者: Wu, X. / Zhang, M. / Kuang, Z. / Yue, J. / Xue, L. / Zhu, M. / Zhu, Z. / Khan, M.H. / Niu, L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7dso.cif.gz | 152.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7dso.ent.gz | 117.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7dso.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/7dso ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/7dso | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41839.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TRP4, YDR354W, D9476.4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P07285, anthranilate phosphoribosyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-FA0 / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.08 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20 % PEG 4000, 0.1 M Tris PH8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.34→50 Å / Num. obs: 33480 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 25.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.34→2.39 Å / 冗長度: 13.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 1649 / Rpim(I) all: 0.133 / Rrim(I) all: 0.496 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7DSM 解像度: 2.34→46.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 7.009 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.335 / ESU R Free: 0.241 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 110.96 Å2 / Biso mean: 40.034 Å2 / Biso min: 23.14 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.34→46.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.345→2.406 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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